CellMarker：细胞标记好帮手！

# 背景介绍

细胞标志物（Marker）是我们用来对细胞定义和分选的重要标志。在进行单细胞转录组数据分析时，非常关键的一步是根据细胞的特征性基因和特征性生物学功能去定义每一个细胞亚群。但是，有些时候，我们并不能记住所有细胞的特征性基因；另外，即使我们通过差异分析鉴定出某个亚群的特征性基因，我们也无法确定这些基因可以定义哪种类型的细胞。

CellMarker数据库，就是一个能为人类和小鼠组织中的各种细胞类型提供全面而准确的细胞标记资源。

CellMarker

http://biocc.hrbmu.edu.cn/CellMarker/

CellMarker于在2019年1月份发表于核酸研究 (Nucleic Acids Research)，由哈尔滨医科大学Yun Xiao等老师发表，该团队通过梳理100,000+发表的文献，梳理出人的158个组织 (亚组织)的467个细胞类型的13,605个Marker基因，和鼠的81个组织 (亚组织)的389个细胞类型的9, 148个Marker基因，都是可搜索，可浏览，可下载。

首页，会提供人和鼠的全局视图（单击右上角的图标可以切换至人/鼠模式 ）：

（这个图片也是很有玄机的，后面揭晓）

那么，回到问题本身：如何利用CellMarker查找不同细胞类型对应的marker基因，来跟我们筛选到的差异基因列表进行对比？

有如下三种方法进行检索：

（1）直接在图片上点击感兴趣的器官或组织具体细胞类型进行快速检索，很方便，很形象具体。（答案揭晓啦）

（2）通过右侧Quick Search快速检索；输入细胞类型、细胞marker或者组织，点击搜索之后就会看到特定细胞类型的所有marker信息。

（3）通过上方Search按钮进入，进入高级检索方式。

这三种方式得出的结果是有所差异的，区别是，方法1展示的是特定组织、特定细胞的marker信息，方法2、3展示的是所有组织类型中特定细胞的marker信息。

由于三种方法进入到的界面都一样，我们以第三种方法讲述下流程。

点击Search后进入到如下界面，展示了特定组织、特定细胞，同时可以在下面的伸缩框中选择组织、细胞进行重新搜索。选好组织类型和细胞类型后，点击submit。

PS：在右侧Marker search输入基因后可得到其在细胞的特异表达。

得到的界面如下：

词云图中越靠近中心，面积越大的标志物生物学证据越多。上图这个属于比较少的，就两个。

Result展示了特定组织、特定细胞的marker信息。有些会展示这些cell type的来源（包括但不限于单细胞测序、实验、综述、公司等），cell marker列，往下看就可以看到我们所要找的标记物。

点击最后一列“more details”超链接（上图），可以看到更加详细的信息。

marker的文章来源、研究类型等

Browse界面也可呈现如上内容，左边侧栏页面呈现细胞和组织的分层分类，Human、Mouse、Cell和Single-cell RNA sequencing，人和小鼠两个物种，从组织到细胞类型，逻辑很清晰。

相关的细胞标记将显示在右侧面板上，包括细胞类型的细胞标记和来自不同来源的条目的统计图。标志物的醒目程度可以反映了文献支持数的数量。

现在网站也支持大家补充对数据库进行补充，如果手里“有货”。也可以在submit模块提交新数据。一旦提交的记录入库，这些记录将在下一个版本中公开发布。

另外，如果觉得单个细胞类型来查比较麻烦的话，也可以点击网站上方Download下载对应的cell marker文件，直接跟自己的差异基因列表进行比对即可，这里提供下载的是txt格式的。

以上就是本期内容，感兴趣的小伙伴们可以登录网站先行体验一下~