30G的芯片数据还可以使用VPS下载

简介

入门生物信息学我们首先需要有可分析数据,才能进行后续操作。但目前国内网络环境的限制,使得我们很难畅快地从各大数据库下载数据。今天就为大家推荐一种简单快捷的下载方式——使用VPS下载,再使用FileZilla软件下载到本地。

VPS选择

这里我给大家推荐我一直使用的vultr公司的VPS服务器,大家可以使用我下面发的链接注册使用(PS.如果注册使用的人多我可以免费给大家提供FQ工具)。vultr公司VPS服务器优点:速度不错、稳定且性价比高;按小时计费,能够随时开通和删除服务器。当然大家也可以自行选择,Google搜索可以找到一大堆VPS。

购买VPS

vultr注册地址:https://www.vultr.com/?ref=8250130

Screen Shot 2019-11-04 at 11.14.31 AM

注册好后登陆即进入上述页面,点击Billing可以进行充值。

注意:充值可以选择支付宝或微信,但单次最少充值10美元;推荐选择外币信用卡或者Paypal充值,可选择任意金额,如果只用来下载数据那充值1美元就足够啦。

服务器配置及价格

5美元/月的服务器配置信息:单核 1G内存 25G SSD硬盘 带宽峰值100M 1000G流量/月

10美元/月的服务器配置信息:单核 2G内存 55G SSD硬盘 带宽峰值100M 2000G流量/月

20美元/月的服务器配置信息:2cpu 4G内存 80G SSD硬盘 带宽峰值100M 3000G流量/月

40美元/月的服务器配置信息:4cpu 8G内存 160G SSD硬盘 带宽峰值100M 4000G流量/月

充值完成后,可根据下图提示开通服务器。

注意:服务器的选择可根据自己下载文件大小选择,如下载30G大小的文件可选择10美元/月的服务器,开通后每小时10/30/24=0.0139美元,下载完成后即可把服务器删除,删除后就不会再扣费,算下来一小时成本不到0.1元。

开通及删除服务器步骤

第一步

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第二步

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第三步

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第四步:查看服务器信息及删除服务器

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通过上述步骤,我们已经成功部署了一台Ubuntu服务器。

注意:服务器类最好选择Ubuntu,自带wget不需要额外的环境配置。另外,下载工具也可以使用健明老师之前推荐的prefetch等,具体方法请自行查找。

接下来我们通过Terminal连接服务器,下载ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/geo/series/GSE60nnn/GSE60607/suppl/GSE60607_RAW.tar的数据。

#首先查看服务器能否在国内访问
ping 167.179.75.187
# Request timeout for icmp_seq 0
#一直显示即为无法连接IP,请重新部署服务器

#64 bytes from 149.248.2.86: icmp_seq=0 ttl=47 time=4729.195 ms
#有该显示即为可以连接上

#连接到服务器,IP地址及密码可在步骤四查看
ssh root@167.179.75.187
#复制粘贴输入密码即可登录
mkdir data
cd data
wget ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/geo/series/GSE60nnn/GSE60607/suppl/GSE60607_RAW.tar
#速度:最高可达17M/s左右,最低6M/s左右,全程基本保持最高速度,偶有波动;25.6G文件总耗时27min左右
ls -lh
#查看下载情况
#total 26G
#-rw-r--r-- 1 root root 26G Nov  4 08:14 GSE60607_RAW.tar

下载速度展示

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Screen Shot 2019-11-04 at 4.17.00 PM

使用FileZilla下载到本地

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Screen Shot 2019-11-04 at 4.17.58 PM

注意:下载到本地速度取决于自己的网速。下载完成后就可删除服务器,避免产生不必要的费用。以后下载再创建一个新服务器即可。

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