新的“洗牌”技术，1分钱测1个细胞的基因活性

美国华盛顿大学的Rosenberg等人报告了一项新技术——基于分割池连接的转录组测序（Split Pool Ligation-based Transcriptome sequencing，SPLiT-seq），该技术可以分类和追踪组织样本中不同类型的细胞。该方法能够在单细胞水平上可靠地追踪组织样本中的基因活性。

SPLiT-seq提供了对当前RNA测序技术的替代方法。标准的RNA测序方法对整个组织的RNA进行分析，但是这种方法无法告诉研究人员：组织样本中的各个细胞之间如何彼此不同。单细胞RNA测序允许从分离的细胞中提取RNA进行测序，但这种方法成本高，而且不适用于可能涉及大量不同细胞的实验。

新技术允许研究人员在不分离单个细胞的情况下进行单细胞RNA测序。使用SPLiT-seq，就可以测量单个细胞的基因活性，即使组织样本中有数千种不同的细胞。

SPLiT-seq将细胞经4轮“洗牌”分配到不同的池中（在第一轮中细胞被分配到96孔板中，在下一轮中，所有细胞汇集在一起，再重新分配到新的96孔板中）。在每一轮中，每个池中的RNA都形成自己独特的DNA“条形码”标记。在这个过程的最后，来自每个细胞的RNA都包含它自己独特的条形码组合。通过使用这种方法，研究人员能够测量来自小鼠大脑和脊髓组织样本的超过15.6万个细胞的基因活性，并确定样本中存在超过100种不同类型的细胞。

SPLiT-seq提供了详细的生物学信息，成本“仅为每个细胞一美分”，这比其他单细胞RNA测序方法要低得多。它可以帮助研究人员深入了解组织是如何发育的，并识别与帕金森病或癌症等复杂疾病的发病相关的基因表达变化。

参考文献：Science 2018;360:176-182