公共数据库基础生信分析汇总贴

通过差不多十天左右的推送,我们基本上把生信分析最最基本的套路从头到尾讲了一下。这里就把之前的帖子总结一下(顺便水一篇

),算是一个总结帖吧!基本的分析思路就是下面的一个流程:

对于这种分析套路我们写了两个帖子来介绍这个分析思路:

从荒岛求生看公共数据库生信分析文章

一篇最基本生信分析文献解读

对于具体的分析,我们第一步是使用GEO数据库来检索相关数据:GEO的介绍,我们写了两个相关的帖子:

GEO数据库介绍 (一)

GEO数据集详细介绍

在我们找到合适的数据集之后,我们需要对其进行差异表达分析。这里推荐使用GEO2R进行差异表达分析:

GEO2R差异表达分析软件

由于GEO的数据有很大的差异性,所以我们又用了两个帖子的来介绍一下可能遇到的不同的问题:

GEO数据库可能遇到的问题

GEO数据库可能遇到的问题 (二)

接下来是富集分析,由于很多人对于富集分析不是很了解,所以我们就通过先介绍了富集分析然后推荐了一个富集分析软件

GO分析和KEGG分析都是啥?

基因富集分析算法介绍

WebSestalt富集分析软件

富集分析完之后,我们需要通过蛋白相互作用分析来确定核心基因。由于核心基因的确认是基于网络分析来的,所以我们在介绍相互作用分析的同时也介绍了一些关于网络分析的基础知识

相互作用网络分析基础

STRING:蛋白相互作用数据库的使用

核心基因筛选:基于EXCEL

以上,通过这13个帖子我们就把基本的生信分析做完了。我们上述介绍的只是负责分析生信的数据,至于如何做出生信的一些图,比如热图、火山图、好看的富集分析图、好看的网络图等等,有时间再给大家介绍这些花里胡哨的图都代表什么意思,以及怎么用比较简单的方法实现。明天我们回归公众号的初始目的,继续开始介绍网络数据库。

如果看完觉得有所收获的话,点个“在看”再走哦~让大家共同学习~

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