性能优异 | 安捷伦SureSelect人全外显子V8正式版——华大智造测序平台测评报告
随着中国关键医疗设备国产化政策的推进，华大智造（MGI）围绕DNBSEQTM核心技术推出了多款不同规格的测序仪和自动化解决方案以满足不同户用的需求。其中灵活高效型的MGISEQ-2000、超高通量级的DNBSEQ-T7可适配临床、科研和检测服务等各类应用场景，那V8在其平台上的表现到底如何呢？本期将为大家带来具体测评。
我们将从数据有效性、覆盖度、均一性以及变异检出能力这4个维度进行剖析。
材料与方法:
全外版本：SureSelect Human All Exon V8核心版本（35.1 Mb）【以下简称V8】
样本类型：细胞DNA，全血DNA
建库方案：DNA片段化采用酶切打断，MGIEasy外显子组酶切文库制备试剂盒；自动化文库构建平台MGISP-100；DNA 起始量200 ng，杂交方式单杂，操作流程按照官方说明书；每个样本取1000 ng捕获前文库与V8探针进行快速杂交获得预文库；预文库PCR 12个循环后纯化得终文库。
测序平台：MGISEQ-2000， DNBSEQ-T7
数据分析：测序数据均一化到目标区域大小100x（约5G数据量）；生信分析流程基于MegaBOLT服务器
01
高数据有效性
1.1 比对率（Mapping Rate）
比对率（ mapping rate ）反映了样本测序数据与参考基因组的相似性，是衡量整体测序准确性和是否存在污染性DNA的整体指标。比对率越高越好。对于人类全基因组重测序，比对率通常应该达到99%以上。
在本次测序中，V8在两种样本、两款测序仪上均展现出优异的比对率，各文库的比对率均超过99.5%。
1.2 捕获效率（Capture Rate/Efficiency）
捕获效率是指测得比对到目标区域的序列（有效序列）占全部比对到参考基因组的序列的比例；捕获效率的高低不影响数据质量，只影响数据的有效比例。捕获效率越高，则覆盖同样深度所需的数据量就越小，测序成本越低。
在本次测试中，用MGIEasy外显子组酶切文库制备试剂盒在MGISP-100上进行自动化文库构建的方案在两个平台上均展现了出色的捕获效率，这与酶切片段化方案可以获得更高的文库复杂度相一致。
1.3 数据冗余率（Duplication Rate）
在捕获建库过程中，PCR扩增会导致靶标序列的不同区域放大程度不一致，从而引入人为的偏差，生成一些重复数据。这些重复数据没价值且会浪费测序数据，因此越低越好。
在本次测评中，V8在两个测序平台均展现出了非常低的冗余率。
02
出色的覆盖度
覆盖度
覆盖度指测序数据经过拼接、比对后，被定位到目标区域序列上的比例。它反映了我们的测序结果对于我们目标测序区域的覆盖情况。同样的目标区域、相同测序总量下，覆盖度越均匀、越高越好。
在本次测评中，我们观察到，在两个测序平台下，V8均展现出了出色的覆盖度。1x覆盖度超过99%，20x 接近98%，30x 均超过97%。得益于超低的数据冗余率，使得数据量比上期少一半的情况下，覆盖度仍然与上一期表现一致。
03
出色的均一性
Fold-80 碱基罚分
Fold-80碱基罚分是指要将 80% 的碱基提高到平均覆盖率所需的额外测序的倍数。较低罚分值表明不同的靶标区域的覆盖深度的差异较小。在假设完美统一的情况下，罚分为1。
在本次测评中，V8在两个平台上均体现了出色的均一性，Fold-80碱基罚分均低于1.5。
04
出色的突变检出能力
对细胞系NA12878样本（Cell）和正常人基因组DNA（Blood）的突变位点（SNV和Indel）的检出情况进行分析，比对预期突变数量，突变的实际检出情况与标准高度一致，对SNV和Indel检测的灵敏度分别在99%以上与90%左右。
以上为本次MGI对安捷伦最新全外产品V8 测评数据的初步展示，通过MGI两个平台的测评，V8在数据有效性、覆盖度、均一性以及变异检出能力这4个维度均展现出可靠且优异的性能。此外，MGISP-100自动化方案也可与酶切建库产品完美兼容，减少人为误差，提高捕获效率和操作便利性。