一键!构建最大似然树~ 简单又准确
写在前面
很多人都知道“建树”,NJ树,最大似然树 - ML,贝叶斯法建树~ 建树的目的常常有两个:
分类
推断演化顺序
其他 - 如分析基因家族扩张收缩等
很多人都会用 mega 来建树,因为他非常方便,导入序列,点击多序列比对,然后就建树(mega默认在建树前可以选择按有效位点比例剪切)。事实上,中间还缺一个关键步骤,我相信很多不接触演化的朋友完全不知道。那就是“筛选合适的氨基酸替换模型”。IQ-tree的横空出世,解决了这一问题。软件的流行,不仅仅在于其快慢,还在于其方便程度。
当然,要做最方便,那么最好是,多序列比对 和 比对结果修剪 都直接自动化起来。对于专门做演化,尤其是质体基因组的朋友,如果需要界面化工具,那么我一般推荐的是老铁张东开发的“Phylosuite”。当然,如果是 TBtools 用户,又想偷个懒,快速画个进化树看看,那么可以用今天推出的最新功能“One Step Build a ML Tree”。
一键构建进化树
一直以来,我不太想写这个功能,一者是觉得没必要,二者是懒得动。但前段时间在演示 TBtools 的使用时,我发现绝大多数人,其实跟我一样,能偷懒的地方也像偷懒。我们还是不够勤奋,无妨。有限的时间,还是要用在点上才好,于是我开放了早就写好的一键建树功能,大体如下:
输入蛋白序列(无需比对)
输出文件路径
点击开始
等待即可
期间,该功能会调用 Muscl 进行多序列比对,使用 trimAI 修剪比对结果,最后调用 IQ-tree 自动筛选氨基酸替换模型,然后建一个ML树。完成了,就输出进化树文本,并弹窗一个进化树,可以快速分析。
使用示例
打开 TBtools,先喝一碗主界面的鸡汤,然后选择到功能
总之,打开界面之后,几乎只需要做两个事情,把蛋白序列放进去,然后设置输出文件,点击 Start 即可。
如果设置直接文本输出,那么结果如下
建树完成会自动弹出一个绘制好的进化树
写在最后
Emmm,简单的工具,其实不需要说明书。