我与生信技能不得不说的二三事

上一期是:  博士后艰难转型生信

下面是 2020线上实习生 的分享

兜兜转转、跌跌撞撞也是算是接触生信来差不多一年的时间了。回头想一想,还真的是一件很奇妙的事情。学到的东西、遇见的人、思考过的问题,真的让我感动不已。

其实整个学习生信的时间里面,生信技能树就算是我的引路人了,手把手带着我打开了生信的大门。回忆过去的一年里,生信技能树就像一根细丝,把每一个重要的时刻像珠子一样串起来。

谨以此文感谢生信技能树对知识的无私分享,以及jimmy老师的教导。感激万分

一、初接触生信

其实我本科的时候,也许听过“生信”的概念,但是也没什么了解过。那时候我们的老师也没见过什么做生信的。第一次真正的接触到生信,还是我大四的时候,去深圳的一家公司做实习生,但是我做的是微生物的培养,当时和我们微生物组同时一起吃饭聊天的时候,聊到薪资,肯定绕不开生信组的,都说他们生信组的薪资比我们高出一截。当时我得初接触生信的概念就两个:①、薪资比湿实验高。②、平时的工作是编程处理数据。

然后我厚着脸皮,跑去人家生信组,加了一个前辈的微信。当时我们的聊天是这样的:

 

就是这样,我第一次站到了生信的大门之前,也是我第一次接触到了以后生信路上的良师“生信技能树”。

二、那些徘徊在生信门前的日子

接下来的日子,就是看刷生信技能树的视频的了。学linux,学R,跟着生信技能树的一些题目来模拟联系(好像是R语言练习题,初级中级)。当时也做了不少笔记,跟着模仿了不少代码如何写的。但是当时的情况就是:迷迷糊糊,你知道代码是这样写的,你能模仿着敲一遍,但是让你自己写,你一个字都写不出来。

不断的徘徊在生信的门前,真的是苦求入门不得。

 

三、慢慢的窥见生信门后的世界

接下来就是去广州读研的。选导师的时候,本来选好了学校里面一位做生信很厉害的导师,但是当时他找我去聊了很久的天,从下午聊到差不多傍晚。具体聊啥我都忘了,大概的结论就是两个:①、我不读博,老师觉得那在生信上走不远,没要我。②、如果是非计算机的学生,没有往软件开发,算法开发那边走,其实也是拾人牙慧而已。

其实回想起来,当时的心情是很忐忑的,也是有些怀疑自己的,然后我思来想去实在是自己搞不懂这个问题,然后就找到了生信学习群上的前辈问咨询想法。当时的聊天是这样的:

 

当然了,后来很多前辈们,都很热心的给出了建议。真的是非常感激。也谢谢花花老师O(∩_∩)O。

后来的决定,选了一个差不多是测序方面的导师,但是和生信差别有一些。平时就自己学习,练习。

四、转折点--给jimmy老师发邮件

因为当时是自己一点点摸索的,对我来说实在是太难了。而且课题组有没有相应的课题。没有实际需求的话,真的很多东西就是空中楼阁一样。后面觉得这样下去实在是不行,就决定给jimmy老师发一个自我介绍的邮件,希望能得到jimmy老师的一些建议。

jimmy老师真的是超级好人,真的是,后面我每次完成作业,都给我提出了建议。受益匪浅。我现在的导师都对我没那么认真。

真的超级感谢jimmy老师的。由衷的感谢!

 
 

后来呢,jimmy老师还给我介绍了一家在广州的生信公司,让我去实习,但是当时因为是疫情比较紧张,所以没去成。不过公司的师兄也一样在线上教导着我很多生信的知识。其中教导一句话我现在还是记忆犹新的“代码很重要,但是更重要的是其背后的生物知识。”。感谢钱师兄那段时间的指导。感谢。

五、不开心的一段时光。

就是我们实验室那边的问题。今年整个半年以来,一直扑在外面采集水样。到处跑,就没停过脚步。广州、福建、四川、金沙江、浙江、贵阳、广西、深圳、珠海....。真的是苦不堪言。也是这样,手里的生信的活停了很长的一段时间。说来真的是很惭愧。

不过现在采样的工作总算停了下来。后面的的项目就是做环境DNA这个了。(比较偏门,其实和微生物的宏基因组差不多,主要是做水样的物种组成分析)。前面出差的时间,挤了点时间出来看看了python,复习了之前学过的知识点。也不算一事无成吧(自我安慰,哈哈)。

六、总结

这一路走来,也曾经很迷茫过,很焦虑过。担心生信学不会,学不好,担心毕业要求达不到,担心生信的未来职业规划如何?

各种各种的问题,其实最后解决的方法还是脚下的每一步路。认真读每一篇文章,认真写每一段代码,往前走,每一步都走踏实。也许未来没能那些贴近你的想象,但其实也不会差的了。

共勉。

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