从iso文件到可以随时移植的虚拟机vdi镜像 （Ubuntu20版本和R语言4.0版本）

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我从ubuntu官网下载了ubuntu20.04版本的系统iso文件，我是想将这个iso镜像按照自己的需求进行配置，最后形成一个可以随时将这个文件移植到任何电脑的一个系统。

镜像下载地址：https://ubuntu.com/download

step1：vbox安装iso文件

这部分教程参考：https://www.cnblogs.com/rocedu/p/6012545.html

这是很详细的教程照着做就好了。有以下几点注意一下：

  • 设置共享剪切板的拖放

    -作为分享的虚拟机，我的密码是：

    wentao

注意：上来第一个问题就是虚拟机屏幕显示大小问题：当开始只能显示一个很小的界面：先不用管，注意后续安装增强工鞥那可以解决问题。

step1：设置root密码

sudo passwd
#在提示下两次输入密码
#后完成设置

镜像设置

ubuntu18镜像

#备份
sudo cp /etc/apt/sources.list /etc/apt/sources.list.bak
#打开文件替换源
sudo gedit /etc/apt/sources.list

#在/etc/apt/sources.list文件中将全部文件替换成下面内

##清华源
deb https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/ubuntu/ bionic main restricted universe multiverse
deb-src https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/ubuntu/ bionic main restricted universe multiverse
deb https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/ubuntu/ bionic-updates main restricted universe multiverse
deb-src https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/ubuntu/ bionic-updates main restricted universe multiverse
deb https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/ubuntu/ bionic-backports main restricted universe multiverse
deb-src https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/ubuntu/ bionic-backports main restricted universe multiverse
deb https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/ubuntu/ bionic-security main restricted universe multiverse
deb-src https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/ubuntu/ bionic-security main restricted universe multiverse
deb https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/ubuntu/ bionic-proposed main restricted universe multiverse
deb-src https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/ubuntu/ bionic-proposed main restricted universe multiverse

##更新
sudo apt-get update
sudo apt-get upgrade

ubuntu20镜像 （更新）

#备份
sudo cp /etc/apt/sources.list /etc/apt/sources.list.bak
#打开文件替换源
sudo gedit /etc/apt/sources.list

#在/etc/apt/sources.list文件中将全部文件替换成下面内

deb http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/ubuntu/ focal main restricted
deb http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/ubuntu/ focal-updates main restricted
deb http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/ubuntu/ focal universe
deb http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/ubuntu/ focal-updates universe
deb http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/ubuntu/ focal multiverse
deb http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/ubuntu/ focal-updates multiverse
deb http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/ubuntu/ focal-backports main restricted universe multiverse
deb http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/ubuntu/ focal-security main restricted
deb http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/ubuntu/ focal-security universe
deb http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/ubuntu/ focal-security multiverse

##更新
sudo apt-get update
sudo apt-get upgrade

step2：conda安装

  • 首先安装conda：

    下载地址：

    https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/我下载了一个最新版的linux版本到Shared_Folder中的src文件夹中。

这里的conda文件名称需要更换为自己的操作。

#2、提权
chmod +x Miniconda3-4.5.11-Linux-x86_64.sh
#3、运行安装
./Miniconda3-4.5.11-Linux-x86_64.sh #按照提示输入：enter-yes-yes
#安装完成重启terminal生效

补充一批镜像

conda config --add channels conda-forge
conda config --add channels defaults
conda config --add channels r
conda config --add channels bioconda
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
#最后一个是换国内的镜像
#查看已经添加的channels
conda config --get channels

安装谷歌浏览器

下载 google-chrome-stable_current_amd64.deb ，执行如下代码

sudo dpkg -i google-chrome-stable_current_amd64.deb

安装 QQ

form here to download QQ for linux .deb filehttps://im.qq.com/linuxqq/download.html

then run :

sudo dpkg -i google-chrome-stable_current_amd64.deb

安装conda环境

这里我们这个镜像用于多组学数据处理，所以我需要按照不同的组学安装不同的虚拟环境

首先是 扩增子数据分析

  • Qiime为代表的python2镜像及其工具

安装Qiime1使用conda虚拟环境安装

conda create -n qiime1 python=2.7 qiime matplotlib=1.4.3 mock nose -c bioconda

  • 提示错误，找不到qiime了，这个镜像难道不可以安装了吗？

    在今年上半年我还安装过一次（发现是conda镜像没有很好的指定导致的-错误信息已在前面conda设置下载进项除做了更改）

#查看当前环境
conda info --envs
#激活环境
source activate qiime1
#查看命令
qiime --help
#关闭环境
conda deactivate

安装qiime2

  • Qiime2为代表的python3镜像及其工具

断了好几次之后终于安装成功了

也是用虚拟环境https://docs.qiime2.org/2019.4/install/native/#install-qiime-2-within-a-conda-environment

wget https://data.qiime2.org/distro/core/qiime2-2019.10-py36-linux-conda.yml
conda env create -n qiime2-2019.10 --file qiime2-2019.10-py36-linux-conda.yml
#激活环境
source activate qiime2-2019.4
#关闭环境
conda deactivate

vsearch +usearch32位

conda install vsearch

R和rstudio （R语言已跟新到4.0）

  • R4.0 安装方法 ubuntu  https://rtask.thinkr.fr/installation-of-r-4-0-on-ubuntu-20-04-lts-and-tips-for-spatial-packages/

sudo apt install apt-transport-https software-properties-common
#sudo apt-key adv --keyserver keyserver.ubuntu.com --recv-keys E298A3A825C0D65DFD57CBB651716619E084DAB9
#sudo add-apt-repository 'deb https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu bionic-cran35/'

sudo add-apt-repository 'deb https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu focal-cran40/'

sudo apt install libclang-dev
# 密匙会经常失败，使用下面方式配制
#sudo apt-key adv --keyserver keyserver.ubuntu.com --recv-keys E298A3A825C0D65DFD57CBB651716619E084DAB9
sudo apt update
gpg --keyserver hkp://keyserver.ubuntu.com:80 --recv-keys E298A3A825C0D65DFD57CBB651716619E084DAB9
gpg -a --export E298A3A825C0D65DFD57CBB651716619E084DAB9 | sudo apt-key add -
sudo apt install r-base r-base-core r-recommended r-base-dev

这时候R语言成功安装到环境中了但是这次我安装的是1.2版本

# Ubuntu 18.04 / Linux Mint 19
sudo apt -y install wget
wget https://download1.rstudio.org/desktop/bionic/amd64/rstudio-1.2.5019-amd64.deb
sudo dpkg -i rstudio-1.2.1578-amd64.deb

install rstudio serve

略

sudo rstudio-server start
sudo rstudio-server status

运行 rstudio-server

http://127.0.0.1:8787/

安装R包

在安装R包之前先安装一下几个依赖：

sudo apt-get install libcurl4-openssl-dev
sudo apt-get -y build-dep libcurl4-gnutls-dev
sudo apt-get install libcurl4-gnutls-dev
sudo apt-get install libxml2-dev
sudo apt-get install libcurl4-openssl-dev
sudo apt-get install libudunits2-dev
sudo apt-get install libgdal-devsudo apt-get install gfortran
sudo apt-get install build-essential
sudo apt-get install libxt-dev
sudo apt-get install libcurl4-openssl-dev
sudo apt-get install libxml++2.6-dev
sudo apt-get install libssl-dev
sudo apt-get install libxml2-dev
sudo apt-get install libfontconfig1-dev
sudo apt-get install libcairo2-dev
sudo apt-get install libxt-dev
sudo apt-get install libopenmpi-dev

如何处理错误

https://itsfoss.com/could-not-get-lock-error/

N: Be aware that removing the lock file is not a solution and may break your system. E: Unable to acquire the dpkg frontend lock (/var/lib/dpkg/lock-frontend), is another process using it?

处理方法

ps aux | grep -i apt
sudo kill 740install.packages("devtools", dependencies = T)
library(devtools)

各种依赖需要解决，所以还是挺麻烦的；这里献上我的代码（基本布置的环境，后期根据需求在安装一些其他的包）：

install("phyloseq")
install("microbiome")
install("microbiomeSeq")

umerijaz/microbiomeSeq

现在一个基于扩增子分析的vdi虚拟镜像就做好了。下一节，我们将带大家继续升级这个镜像文件；

安装搜狗输入法

出现乱码：在terminal中输入：

killall fcitx

然后重启fcitx，后可用

问题集锦/第二次配置

错误1：我发现共享文件夹无法安装

首先共享文件夹无法安装增强工具：

也不是为了熟悉这个过程，实在是第一个系统崩溃了，所以我有进行第二次的重新尝试，同样发现增强功能还是安装不上，这可能是普遍问题？？

#报错信息如下
This system is currently not set up to build kernel modules.
Please install the gcc make perl packages from your distribution.
VirtualBox Guest Additions: Running kernel modules will not be replaced until
the system is restarted
VirtualBox Guest Additions: Starting.
VirtualBox Guest Additions: Building the modules for kernel 4.18.0-15-generic.

This system is currently not set up to build kernel modules.
Please install the gcc make perl packages from your distribution.
Press Return to close this window...

如下解决：

# 手动安装gcc make perl模块
sudo apt install perl
sudo apt install make
sudo apt install gcc#提示这个模块已有

从起电脑，我将虚拟盘片弹出，然后重新run，因为不能挂在两次，在重新安装增强工具—得以成功

错误2：无法安装

一下模块需要安装，但是却无法安装,这是由于镜像没有设置好导致的，所以之前的那个清华的镜像一定要弄好。要不然啥软件都不能安装。

# 手动安装gcc make perl模块
sudo apt install perl

错误3: 刚安装的ubuntu虚拟机窗口界面是很小的？无法修改？

但是在安装完成增强功能后就适应了电脑屏幕大小

错误4：下一个问题：共享文件夹带锁

我想这个问题之前没有遇到，在网上找了一圈，还是没有发现答案，就去外面找了，果然马上就找到方案了：

https://stackoverflow.com/questions/26740113/virtualbox-shared-folder-permissions

sudo adduser $USER vboxsf

重启—-得以解决，注意需要重启

经常去外面逛逛还是好的。

问题5：R和Rstudio之间关联问题

这次我参考了这个地址：参考地址：https://linuxize.com/post/how-to-install-r-on-ubuntu-18-04/还有这个地址，这个地址后面参考的https://computingforgeeks.com/how-to-install-r-and-rstudio-on-ubuntu-debian-mint/

sudo apt install apt-transport-https software-properties-common

sudo apt-key adv --keyserver keyserver.ubuntu.com --recv-keys E298A3A825C0D65DFD57CBB651716619E084DAB9
sudo add-apt-repository 'deb https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu bionic-cran35/'
#跟新
sudo apt update
#使用conda安装R解决依赖问题
conda install R

这时候R语言成功安装到环境中了rstudio和rstudio_sever的安装的安装-安装失败-换用conda装

conda install rstudio -c bioconda

尚未关联错误：

unable to find installation of R on the system (which R did return valid output);unable to lacate R binary by scanning standard lacations

这时候Rstudio也成功安装到环境中了，此时在terminal中可以启动Rstudio，但是在系统中却找不到rstudio的快捷方式。

失败安装过程rstudio无法和R关联，所以我选择同时使用conda安装两者。首先安装 gdebirstudio_sever安装我先不安装，rstudi官网安装指导：https://rstudio.com/products/rstudio/download-server/debian-ubuntu/

sudo apt-get install gdebi-core
wget https://download2.rstudio.org/server/trusty/amd64/rstudio-server-1.2.5001-amd64.deb
sudo gdebi rstudio-server-1.2.5001-amd64.deb
#查看ip
ifconfig -a

其这次我安装studio

wget https://download1.rstudio.org/rstudio-xenial-1.1.447-amd64.deb
sudo gdebi rstudio-xenial-1.1.447-amd64.deb

以上过程够尝试过，发现还是没办法解决问题

#卸载rstudio
sudo apt-get --purge remove

使用apt错误，但是重新启动terminal就好了

E: Could not get lock /var/lib/dpkg/lock-frontend - open (11: Resource temporarily unavailable)
E: Unable to acquire the dpkg frontend lock (/var/lib/dpkg/lock-frontend), is another process using it?

R包安装错误 microbiomeSeq

这个问题到现在也不知道是什么原因：

我在github上提问了一下：https://github.com/umerijaz/microbiomeSeq/issues/41

Error: package or namespace load failed for ‘microbiomeSeq’:
object ‘bringToTop’ is not exported by 'namespace:grDevices'

Error when install rstudio

(Reading database ... 170206 files and directories currently installed.)
Preparing to unpack rstudio-1.2.5019-amd64.deb ...
Unpacking rstudio (1.2.5019) over (1.2.5019) ...
dpkg: dependency problems prevent configuration of rstudio:
rstudio depends on libclang-dev; however:
Package libclang-dev is not installed.

dpkg: error processing package rstudio (--install):
dependency problems - leaving unconfigured
Processing triggers for gnome-menus (3.13.3-11ubuntu1.1) ...
Processing triggers for desktop-file-utils (0.23-1ubuntu3.18.04.2) ...
Processing triggers for mime-support (3.60ubuntu1) ...
Processing triggers for hicolor-icon-theme (0.17-2) ...
Processing triggers for shared-mime-info (1.9-2) ...
Errors were encountered while processing:
rstudio

but when we install:

sudo apt-get install libclang-dev

another error occour :

Reading package lists... Done
Building dependency tree
Reading state information... Done
You might want to run 'apt --fix-broken install' to correct these.
The following packages have unmet dependencies:
libclang-dev : Depends: libclang-6.0-dev (>= 6.0~) but it is not going to be installed
E: Unmet dependencies. Try 'apt --fix-broken install' with no packages (or specify a solution).

so i must install :

sudo apt --fix-broken install

then, libclang-dev and rstudio were installed successfully

Error

conda create -n qiime1 python=2.7 qiime matplotlib=1.4.3 mock nose -c biocondaWARNING: A conda environment already exists at '/home/wentao/miniconda3/envs/qiime1'
Remove existing environment (y/[n])? n

Rmpi R package

configure: error: "Cannot find mpi.h header file" ERROR: configuration failed for package ‘Rmpi’sudo apt-get install libopenmpi-dev

error Cairo R package

configure: error: Cannot find cairo.h! Please install cairo (http://www.cairographics.org/) and/or ssudo apt-get install libcairo2-dev
sudo apt-get install libxt-dev#instal R package meneger
install.packages("BiocManager")
library("BiocManager")

install.packages("devtools", dependencies = T)
library(devtools)
install_github("umerijaz/microbiomeSeq")

# install big R packages
install("phyloseq")
library(phyloseq)

BiocManager::install("microbiome")
library("microbiome")
BiocManager::install("microbiomeSeq")
library("microbiomeSeq")
BiocManager::install("DESeq2")
library("DESeq2")

BiocManager::install("impute")
BiocManager::install("preprocessCore")
BiocManager::install("GO.db")
BiocManager::install("adespatial")
BiocManager::install("units")
BiocManager::install("spdep")
BiocManager::install("adegenet")
BiocManager::install("adephylo")

.libPaths()#得到所有包的文件路径
#在terminl中输入，讲这些路径全部可用
sudo chmod -R 777 "/home/wentao/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.6"
sudo chmod -R 777 "/usr/local/lib/R/site-library"
sudo chmod -R 777 "/usr/lib/R/site-library"
sudo chmod -R 777 "/usr/lib/R/library"

devtools::install_github("xia-lab/MetaboAnalystR")
library("MetaboAnalystR")

metr_pkgs <- c("Rserve", "ellipse", "scatterplot3d", "Cairo", "randomForest", "caTools", "e1071", "som", "impute", "pcaMethods", "RJSONIO", "ROCR", "globaltest", "GlobalAncova", "Rgraphviz", "preprocessCore", "genefilter", "pheatmap", "SSPA", "sva", "Rcpp", "pROC", "data.table", "limma", "car", "fitdistrplus", "lars", "Hmisc", "magrittr", "methods", "xtable", "pls", "caret", "lattice", "igraph", "gplots", "KEGGgraph", "reshape", "RColorBrewer", "tibble", "siggenes", "plotly")
list_installed <- installed.packages()
new_pkgs <- subset(metr_pkgs, !(metr_pkgs %in% list_installed[, "Package"]))

if(length(new_pkgs)!=0){
# source("https://bioconductor.org/biocLite.R")
BiocManager::install(new_pkgs, dependencies = TRUE, ask = FALSE)
print(c(new_pkgs, " packages added..."))
}
BiocManager::install("systemfonts")
install.packages("Rmpi")
install.packages("Cairo")
BiocManager::install("systemfonts")
BiocManager::install("xcms")
BiocManager::install("CAMERA")
BiocManager::install("fgsea")
BiocManager::install("MSnbase")

BiocManager::install("systemfonts")# fontconfig Rmpi gdtools freetypeharfbuzz rgl vdiffr

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