微生物网络中为什么不能使用三大传统相关?
三大相关
Pearson’s,Spearman’s和Kendall 我们经常使用,并用于表征微生物群落之间的互作关系,其实许多文章都表明了仅仅计算这种相关并不能表达微生物群落的相关。
MicrcobiomeAnalyst:给出答案
MicrobiomeAnalyst 网页交互式分析微生物组数据神器进一步强调了不能简单的通过三大相关表征微生物群落内部的相关。
Keywords: MicrobiomeAnalyst,website
Title: Using MicrobiomeAnalyst for comprehensive statistical, functional, and meta-analysis of microbiome data
DOI: 10.1038/s41596-019-0264-1
Journal: Nature Protocols [IF 11.334]
First Authors: Jasmine Chong
Correspondence: Jianguo Xia
Affiliation: Institute of Parasitology, McGill University, Ste-Anne-de-Bellevue, Quebec, Canada
Published: 2020-01-15
稳健的相关-SparCC PIEC-EASI
需要更加稳健的方法,例如SparCC和稀疏逆协方差估计以进行生态联系和统计推断(SPIEC-EASI)方法。
因此,MicrobiomeAnalyst封装了一下两种方法:
SparCC使用对数比率转换并执行多次迭代,以识别与背景相关性离群的分类单元对。SPIEC-EASI使用图形网络模型推断整个相关网络。
SPIEC-EASI使用图形网络模型推断整个相关网络。
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