《黄帝内经》中也有不妥、错误、不科学、唯心的地方，还有不够完善的地方

《黄帝内经》中有不妥和错误，也有受时代和科学不够发展的限制具有不科学或唯心的地方，还有不够完善的地方。
不妥的地方。如：《素问·至真要大论篇》中说：“《大要》曰：君一臣二，奇之制也；君二臣四，偶之制也；君二臣三，奇之制也；君二臣六，偶之制也；故曰：近者奇之，远者偶之，汗者不以奇，下者不以偶，…… ”这一段的意思是说；《大要》中说：开药方，如果君药是一味药，臣药是二味药。这是奇方的制度；君药是二味药，臣药是四味药。这是偶方的制度；如果君药是二味药，臣药是三味药。这是奇方的制度；如果君药是二味药，臣药是六味药。这是偶方的制度；所以说；病程近的用奇方，病程远的用偶方。使病人发汗不用奇方，攻下的药不用偶方。这种说法不妥。因为医生处方用药是根据病情和病人年龄、性别、体质等各方面的情况而处方用药，而病程长短与用偶方或用奇方在治疗效果上没有关系。发汗药方也可用奇方，攻下药方也可用偶方。如：葱豉汤，只有葱白、淡豆豉两味药，它治风寒、风热初起，是治近病，按上述说的“近者奇之，远者偶之，”的说法，应该用奇方。但用的是偶方。再如：安神丸是由朱砂、黄连二味药为君药，生地、当归、甘草三味为臣药，是奇方。按“近者奇之，远者偶之”的说法，安神丸是治慢性病的，即治病程远的，应该用偶方，但这里却用的是奇方。所以“近者奇之，远者偶之”的说法不妥。
如；《灵枢·病传》中说：“病先发于心，一日而之肺，三日而之肝，五日而之脾，三日不已，死。冬夜半，夏日中。”又说：“病先发于肺，三日而之肝，一日而之脾，五日而之胃，十日不已，死。冬日入，夏日出。”还说：“病先发于肝，三日而之脾，五日而之胃，三日而之肾，三日不已，死。冬日入，夏蚤食。”“病先发于脾，一日而之胃，二日而之肾，三日而之膂膀胱，十日不已，死。冬入定，夏晏食。病先发于胃，五日而之肾，三日而之膂膀胱，五日而上之心，二日不已，死。冬夜半，夏日昳。……”疾病的传变不一定都按照上述的传变规律进行。死的时间，也不一定在他们说的那个时间。
又如：《灵枢·淫邪发梦》中说：“厥气客于心，则梦见丘山烟火；客于肺，则梦飞扬，见金铁之奇物；客于肝，则梦三山林树木；客于脾，则梦见丘陵大泽，坏屋风雨；客于肾，则梦临渊，没居水中