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SimpleITK学习（一）基本概念

断断续续使用simpleitk处理CT和X光图片有些时间了，但是学的知识都比较零散，没有形成系统的概念，于是对着SimpleITK的英文文档https://simpleitk.readthedocs.io/en/master/index.html学习一遍，再结合自己的一点经验，做一点总结。

SimpleITK是ITK的简化接口，使用起来更加方便，有多种语言接口，我平时用的都是python版，安装比较简单，pip install SimpleITK即可

SimpleITK是专门处理医学影像的软件，在SimpleITK中，图像的概念与我们在计算机视觉中常用的RGB图像差异很大，后者只是一个多维矩阵，是一个数学上的概念，而在SimpleITK中，图像是一种物理实体，图像中的每一个像素都是物理空间中的一个点，不光有着像素值，还有着坐标，间距，方向等概念

下图是一个直观的解释

size：图像在各维度的像素个数

spacing：图像各维度上像素之间的距离（物理层面的，有单位，一般为mm)

physical extent：图像在物理空间中的大小

Origin：图像原点的坐标（物理层面的，有单位，一般为mm，与spacing保持一致）

direction：采用方向余弦矩阵，也就是图像自身坐标系相对于世界坐标系（固定不动的）的角度，再直白点就是新坐标系在原坐标系上各个方向的投影，百度百科https://baike.baidu.com/item/方向余弦

为了强调此处的图像不仅仅是一个数字组成的矩阵，用图说话

两幅图的内容能看出来是一样的，但是像素间距不同

再看

两幅图内容一样，但是方向和坐标原点都不同，在SimpleITK中是不同的图像