如何实现miRNA靶基因预测？

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miRNA是什么？

MicroRNA (miRNA) 是一类由内源基因编码的长度约为22 个核苷酸的非编码单链RNA分子，它们在动植物中参与转录后基因表达调控。到目前为止， 在动植物以及病毒中已经发现有28645个miRNA 分子(Release 21: June 2014) 。大多数miRNA 基因以单拷贝、多拷贝或基因簇(cluster) 的形式存在于基因组中(Lagos2Quintanaet al, 2001;Lau et al,2001) 。

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靶基因预测方法有哪些？

一、miRNA与靶基因的互补性

二、miRNA靶位点在不同物种之间的保守性

三、miRNA-mRNA双链之间的热稳定性

四、miRNA靶位点不会有复杂的二级结构

五、miRNA 5' 端于靶基因的结合能力强于3' 端

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实现miRNA靶基因预测的网站有哪些？

一、TargetScan（http://www.targetscan.org/）

二、miRDB （ http://www.mirdb.org/miRDB/）

三、PicTar （http://pictar.mdc-berlin.de/）

四、miRanda （ http://www.microrna.org/microrna/home.do）

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如何选取？

实现miRNA靶基因预测的网站有很多，在这里列举了常用的四个，分别在这四个网站下载目标miRNA的靶基因，取交集，这样得到的靶基因比在单个网站得到的可信度高。

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对得到的靶基因进行功能分析

希望本文能对大家有所帮助。