基于生态系统的海洋空间规划是实现海洋可持续发展的重要工具，由传统的部门管理上升至区域空间管理是新时期海洋空间规划的重要特征。基于生态系统的海洋空间规划可在区域内进行跨部门的海域空间分配方案的评估和决策权衡，从而实现多目标的可持续管理。本研究已总结目前国际通行的各种基于生态系统的海洋空间规划原则和方法，可为我国海洋空间规划的实践提供启示和借鉴。
基于生态系统的管理的标志性特点是区域空间管理。由于海洋生态系统具有开放性和连通性的特点，在基于生态系统的海洋空间规划的工作原则中，原则2和原则6即充分关注跨边界规划和管理的问题。这里的跨边界以生态系统完整性为优先，既包括跨行政区域边界，也包括跨部门管理边界。
上述2条原则对我国的海洋空间规划具有重要的借鉴意义。我国此前“陆海分治”的管理体系导致空间规划缺乏在复合生态系统和陆海统筹等更高层面的整合和设计。海洋问题的产生具有重要的陆源影响因素，单纯的“就海管海”难以充分实现生态系统管理的目标。此外，目前我国的海洋空间规划普遍受行政边界的制约，而规划区域相邻生态系统的保存状态和开发活动往往会从外部对规划区域产生影响，规划区域内部的生态状况和开发活动也会对其外部区域产生外溢影响。因此，对相邻区域的跨界影响及其评估或协调机制亟待在海洋空间规划中进一步引起重视。
目前我国的海洋空间规划从以用海需求引导空间分区的方式（海洋功能区划），逐渐扩展至以海洋生态系统的基本类型及其特征引导空间规划的途径（海洋生态保护红线），在向基于生态系统的管理转变方面有重大进展。但在规划的具体技术方法上仍存在一些问题，包括空间决策的基础信息依据不足以及科学工具和方法的应用不足等。基于生态系统的海洋空间规划需要充分的海洋生物地理空间数据支持，但海洋生态系统的特点决定海洋观测具有困难性和复杂性，这也导致长期以来我国海洋生物地理空间数据相对匮乏：(1)在国家尺度上，缺乏准确的国家海洋生态系统类型分布图、国家海洋生物多样性分布图、渔业资源分布图以及海洋生态系统威胁状况和保护水平分布图等可用于辅助决策的战略性数据产品；(2)在区域尺度上，缺乏长期、连续、标准统一和覆盖全面的海洋观测数据。这些基础信息对于海洋空间规划的科学决策，尤其是多部门和多目标的复杂决策十分重要，基础信息的缺乏会导致空间单元边界模糊不清、保护程度误判和保护管理目标难以量化等问题。基础数据信息的缺乏同时制约基于生态系统的规划工具和方法的使用，造成目前海洋空间规划评估方法的科学性不足和分区范围界定的科学依据不充分等问题，直接影响规划的准确性和可操作性。未来的海洋空间规划应更充分地运用各种生态系统方法，包括生态系统服务价值评估、人类活动影响程度评估、情景分析和承载力评估等，以提升规划的科学性和指导性。
