茶树PPI网络数据库

Genome-wide interologous interactome map (TeaGPIN) of Camellia sinensis

茶树全基因组内源相互作用图谱（TeaGPIN）

茶是由山茶的幼叶制成的，由于其抗氧化性能，浓郁的口感和香气，是一种全球性的非酒精性饮料。尽管可获得这种具有医学和商业意义的植物的基因组数据，但与其亚细胞相互作用组图有关的研究却很少。在这项工作中，我们提出了茶的全基因组内源蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络，称为TeaGPIN，由12033个节点和216107个相互作用组成，使用茶的基因组草图和从49个模板植物中详尽收集的已知PPI开发而成。TeaGPIN交互使用域间交互以及内部对话信息来确定优先级。报告了由5983个节点和58,867个边缘组成的高可信度TeaGPIN，并使用蛋白质共定位相似性进一步评估了其相互作用。基于三个网络中心点（程度，中间性和特征向量），通过将TeaGPIN与10,000个基于Erdős-Rényi和Barabási-Albert的相应随机网络模型的实现进行比较，据报道茶中的1302个关键蛋白的p值<0.01。使用KEGG和GO注释评估TeaGPIN的功能内容，并探索其模块化体系结构。在转录因子上进行基于网络的表征，蛋白质参与类黄酮的生物合成和光合作用途径，以寻找参与各种调控过程的新型候选物。我们相信，拟议的TeaGPIN将在了解与生长和发育相关的各种机制以及防御生物和非生物干扰方面提供有益的见解。