集合多种功能的转录调控数据库

我们知道基因在表达的过程当中，收到很多因素的调控。其中转录因子对于基因的调控就是其中的一种方式。目前对于转录调控的研究，在高通量测序方面主要还是通过类似chip-seq这类的方式来进行研究。对于转录调控的预测主要也是看是否存在某一个转录因子的chip-seq数据库。目前已经有了很多转录因子调控的调控的数据库。比较经典的有：JASPAR、CHEA3等等。今天就来介绍一个新发表的转录因子调控数据库。hTFtarget(http://bioinfo.life.hust.edu.cn/hTFtarget#!/)。

1. 内置数据介绍

之前我们在介绍ENCODE时候也介绍过，这个组织做了多种转录因子的chip-seq数据。另外还有一些其他作者可能做的新的转录因子的chip-seq数据储存于SRA数据库。所以作者就收集了这两个公共数据库当中的转录因子的chip-seq数据(569个转录因子)。在收集好数据之后，经过了常规的流程化分析之后，就得到所有转录因子调控的基因。基于上面分析的结果，进而构建了这个数据库。

2. 主要功能介绍

这个数据库不仅可以检索转录因子调控的基因，还可以检索某一个基因收到那些转录因子调控。另外也可以多个转录因子之间对那些基因存在共调控关系。功能还是比较丰富的。所以今天就来介绍一个这个新的数据库吧

2.1 转录因子调控基因查询

如果我们有目标转录因子，想要查看这个转录音主要调控那些基因的话，可以使用这个功能。在这个功能里面，我们可以直接浏览所有的转录因子，选择自己想要看的转录因子以及相对应做的结果的细胞系，

然后点击Details即可获得在具体细胞系当中目标转录因子可能调控的基因了。

2.2 寻找目标基因的转录因子

如果我们想要查找一个基因收到什么转录因子调控的话，可以使用这个功能，我们只需要输入想要查找的基因即可。在搜索到目标基因之后，点击details即可获得所有相关的结果。

2.3 共调控查询

我们知道一个基因肯定不止收到一个转录因子调控，同时一个转录因子也调控多个基因。如果我们想要查询多个转录因子都调控哪些基因的话，可以尝试使用这个功能。我们要做的就是输入想要查询的基因即可。例如我们想要查询MYC和GATA1这两个转录因子调控哪些基因。在输入完，点击提交之后，就可以获得相关的基因了。

2.4 转录因子相关性查询

有时候我们在研究一个转录因子的时候，想要知道这个转录因子和哪些转录因子调控的基因相似。这个时候就可以使用这个功能了。在这个界面，我们的需要点击界面左侧的具体细胞系，然后选择目标转录因子即可。

以上结果当中，其条形图越长的代表其相关性越大。

数据库使用场景

以上就是这个数据库的基本功能。基本的使用场景的话，只要是研究转录调控的其实都可以使用的。而且数据库包含了各种功能。应该能满足左右大多数人的需要的。