博士后艰难转型生信

上一期是: 团队中第一个吃单细胞螃蟹的人

下面是 第五期学员 的分享

这次的主题是和生信的故事,不跑题。

初识NGS

2013年第一次在学院的墙上看到高通量NGS测序的时候,只道了句神奇。

因为当时的课题用不到这些,做的偏化学方向。后来有同学说自己在分析测序数据的很痛苦,也是不能理解,那些同学现在已经很厉害了在自己的小领域。后来才知道曾老师那个时候也在北京,已经开始做生信相关的工作。我却还是平平常常的做着多少年以后可能对别人也没有太大帮助的实验。

博士毕业后找工作感觉自己的课题不适合继续深入做研究,想换个方向,当时就面试了一个肿瘤表观实验室的博后,当老师问我什么是泛素化的时候,我蒙了,就和当年本科毕业老师问我细菌的英文是什么一样,我突然觉得自己学术浅薄,没有刻苦专研的能力,想继续学习,想成为科学家,呵呵。

还是去做了博后,换方向是很痛苦的,拿着比深圳博后低几倍的工资,开始了我的转方向,经过几年,可以说是又读了一个博士,目前是细胞生物学,分子生物学,高通量测序,药物分析等相关药学研究我都可以说是很快上手了。神奇的是,生物信息学又出来了。

初识生信

2018年开始了解生信,当时做了一些测序,还没有意识到自己可以做分析,在和公司的沟通中,深刻体会到不懂被蒙的无力,就去报了个测序服务公司的生物信息学寻培训班班,当时算是入门了,他们测序服务公司的思路主要是推自己的服务程序。但是当时没有意识到不懂R想做分析终究不是长久之计。目前的发展看他们测序服务公司已经偏离的初心。

怎么认识生信技能树

2018年和码农朋友多次讨论到目前的大数据分析,想到17年的时候他就和我说过大数据,当时没太在意,几年时间大数据已经深入到我们生活的每个角落。朋友把生信技能树推荐给了我,说专业做代码的码农都在跟着一个非专业的学习。再次感谢我的朋友,虽然我现在还没有成功的跑下来一次程序,但是我已经在努力进入状态了。

多次报生信技能树班失败

2019年曾多次想报班,但是都没有成行,当时他们还来了我隔壁城市,由于身体原因,当时没去成。朋友圈有同学都在学习R。2020年开始了新的课题,虽然是疫情,但是每天都在做实验看文献,也看来好多直播课,做了单细胞空转等测序,实验很忙,还是没有报班,攒了一堆数据,所以目前就是迫切想学习如何分析。数据分析沟通过很多公司不是不愿意接就是收费太高,良心商家强烈建议我自己学习来分析,良心商家也是生信技能树的成员。

第一次开始上课了

2021年终于在多方努力下和身边的人一起报了马拉松,学起来很吃力,目前也不能完整的跑出来一个程序,上次跑了个图还是在朋友的帮助下完成的。朋友当时看我敲代码,打趣的说(你这速度可以啊,盲敲啊,我作为一个生信人都不会,速度很慢,你这再把代码熟练起来解决问题要比我快啊。)哈哈哈,我就当是鼓励我好好学习代码了。

而且在马拉松学习过程中了解了好多辅助学习的工具,目前就在用小洁老师推荐的yuque写这个故事。在和生信技能树相关的老师沟通的时候,我感受到了他们那种带着大家一起种树的鼓舞,你种的你维护然后越长越大,结的果都是你的,不知道园丁会教多久,但是我要尽快把树种上啊。曾老师团队给我了很大鼓舞,目前确定学习的方向是对并且可以长期坚持的。但是面对这样的学习条件还是有点自卑,觉得自己没有全力以赴的去学习,还处于文盲阶段,不好意思和老师们交流,还是先努力跑完一个流程再说。

反思

前年还不会设计课题的我,今天如果有经费我有好多有意思的想法和课题,当然都是可以实施的。不过还是要接受现实 ,基金一直没中,可能要转岗一段时间,努力在这期间把生信学扎实,也是个机会吧。一直希望找到自己喜欢又可以坚持下去的事情,但是现在发现没有什么事情是白做的,目前的每一步都在为未来你要做的事情填砖加瓦。感谢。

后记

我全文都在聊生信,行文应该是符合逻辑的,完成了《生信故事会》栏目定下的要求。

如果你也是还在生命科学领域奋斗的博士后或者新PI,麻烦停下来脚本看一看生物信息学,尤其是《生信技能树》团队的工作,你的一个选择,一次努力,是会终身受益的!

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