经典的miRNA靶标预测数据库

“胡，starbase是干嘛的？”

“不就是预测miRNA与mRNA结合的数据库嘛。”

“还有呢？”

“。。。。。。”

相信大家都听说过starbase，很火，是的，连实验外包公司都用它，能不火嘛！但是你对它真正了解多少呢？好啦，下面我们就来系统的介绍一下它。首先，官网地址要知道：http://starbase.sysu.edu.cn/

starbase是从高通量的CLIP-Seq实验数据和降解组实验数据中搜寻micorRNA靶标，提供了各式各样的可视化界面去探讨microRNA的靶标，包含了miRNA-mRNA、miRNA-lncRNA、miRNA-circRNA、miRNA-ceRNA和RNA-protein等的调控关系。总而言之，该数据库从多维测序数据中识别出超过110万个miRNA-ncRNA，250万个miRNA-mRNA，210万个RBP-RNA和150万个RNA-RNA相互作用，它还提供了进行miRNA，lncRNA，假基因和mRNA的存活和差异表达分析的平台。

根据官网地址，打开后主页面如下：

根据其菜单栏模块多少就能知道该数据库内容极其丰富

，下面小编就几个常用的模块来简单介绍一下该数据库的用法。

1.     miRNA-Target

预测miRNA的靶基因。该模块提供miRNA-mRNA、miRNA-lncRNA、miRNA-pseudogene、miRNA-circRNA和miRNA-sncRNA的相互作用网络，这里我们以miRNA-mRNA为例，展示如何根据特定的miRNA预测与其结合的mRNA，具体操作如下图所示。

以hsa-let-7a-5p为例，通过左侧面板进行具体设置。比如我们搜索人体内该miRNA的结合靶标时，进行如下设置即可。其中mammal代表哺乳动物，CLIP Data可以调整支持CLIP-seq实验的次数以控制预测的严格性，Program Number选择实验数目，Predicted Program可以选择使用哪些预测软件来进行预测：

提交后结果如下：

点击上图基因NAP1L1所在行TargetScan列的

，可以看到TargetScan预测的hsa-let-7a-5p与基因NAP1L1的具体结合位点。

点击AgoExpNum处的52，可以看到测序类型、来源及参考等信息。

接下来我们可以点击基因GNG5所在行的Pan-Cancer所在列的数字6

可以发现has-let-7a-5p与靶基因GNG5在6个肿瘤疾病中呈负相关性。

当我们想知道某一miRNA是否和某一具体mRNA是否有结合时，可以同时输入miRNA和mRNA信息，如下图，提交即可

下图可以看到hsa-let-7a-5p与ACTB存在结合位点，但只有软件microT证实。

当然，我们也可以根据某一特定mRNA来预测与其结合的miRNA，如图所示，输入过程同上，只是microRNA一栏空置不要输入，结果如下，红色方框即为与目的基因ACTB结合的所有miRNA。

2.     Degradome-RNA

提供了一种分析RNA降解模式的综合方法，针对miRNA介导的降解片段进行测序，筛选鉴定miRNA调控的靶基因，准确性更高。包含2个子模块，即miRNA-mRNA和miRNA-ncRNA。这里我们以miRNA-mRNA为例，分析miRNA定向切割的靶标。

具体操作方法如1，这里我们以hsa-let-7a-2-3p为例，进行后续分析。提交后结果如下：

以基因PTMA所在行为例，点击GeneID列的  ENSG00000187514，可以链接至基因PTMA的ENSEMBL数据库。点击CleaveEventNum列的数字2，可以显示hsa-let-7a-2-3p切割PTMA的2个具体位点。

点击CleaveExpNum的数字4，发现有4项证据证明hsa-let-7a-2-3p在chr2:232576622-232576622[+]处切割，图中可以看到该结论在同一项研究内的HeLa细胞和K562细胞均被证实。

3.     RNA-RNA

可全面预测候选ncRNA及其靶标之间的RNA-RNA相互作用。主要包括sncRNA-RNA 、lncRNA-RNA、mRNA-RNA、pseudogene-RNA及miRNA-RNA5个模块。具体方法如1，按需输入即可。

4.     ceRNA-Network

该模块提供3个子模块，即mRNA-ceRNA、lncRNA-ceRNA和pseudogene-ceRNA。分别用于通过竞争性结合microRNA来可视化mRNA，lncRNA，转录的假基因及其亲本基因之间的串扰。

5.     RBP-Target

该模块为目前可用的各种细胞类型提供了最完整的RBP-ncRNA相互作用。该模块有5个子模块，包括RBP-mRNA、RBP-lncRNA、RBP-pseudogene、RBP-circRNA 及RBP-sncRNA。结合shRNA筛选数据和确切的RBP-RNA相互作用，我们系统地探索了K562和HepG2细胞系中敲除RBP时RBP靶标的反应。以RBP-mRNA相互作用为例，探索一下有多少RBP可以调节mRNA-TP53。具体操作同上，均是点点点，只不过我们这里“RBP” 参数下输入“all”，“target”参数下输入“TP53”，然后提交即可。具体结果解释同上。

好啦，今天就先介绍到这里。其实这个数据库整体操作起来并不难，当我们不明白具体什么意思时尽可以点点点，放心，电脑不会坏

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