日本战国时代，三章：以下克上，将军被弑
除了伊势长氏崛起于关东地方，成为新时代大名的代表外，日本各地也开始出现以下克上*，甚至成为一方之雄的新强权。
在中国地方，出云守护代尼子氏篡夺守护京极氏的实权，后来的尼子经久更是取代京极氏，成为出云守护。实际上，在尼子经久生前，尼子氏就扩张成与大内氏家督、因海外贸易而兴盛的大内义兴并驾齐驱，两人的总势力达十一国，成为中国地区的双雄。
在双雄争霸过程中，安艺国人毛利元就在尼子、大内两家之间夹缝求生，逐渐扩张自身力量，后来抓住大内氏内乱的机会，在严岛之战中击倒大内氏权臣陶晴贤，成为中国地区的新霸主。
美浓守护土岐氏亦遭到重臣长井规秀的驱逐而衰败。长井规秀日后继承了斋藤氏，改名为斋藤秀龙，法号道三，也称斋藤道三。他也是后来织田信长的岳父。
东海方面，尾张守护斯波氏亦大权旁落，由守护代岩仓与清洲两织田氏取而代之，而清洲织田氏旗下重臣织田信定、信秀父子日后取得实权，在织田信长继承家业后，更完全取代斯波氏、岩仓织田氏与清洲织田氏，成为尾张一国之主。
足利义辉
在日本战国时代，以下克上崛起的新兴势力，和旧有势力间的对立从未停歇，但最惨烈的莫过于是将军足利义辉被弑一事。
明应之变中被管领细川氏罢黜将军一职的足利义材，日后得到中国大名大内义兴的支持，在成功推翻第十一代将军足利义澄后，改名足利义稙再次任职将军。但是，由于足利义稙膝下无子，因此他又认养前将军义澄次子足利义维为养子。
永正15年（1518年），大内义兴返回所属领国，失去庇祐的足利义稙不敌管领细川氏，再次辞去将军一职，由前将军义澄长子足利义晴接任。然而，义晴因与管领细川晴元长期失和，在天文15年（1546年）辞退将军一职，由长子足利义辉接任第十四代将军。
1561年，发生在上杉谦信和武田信玄之间的第四次川中岛之战，这次战役的死伤数在战国时代居首。
足利义辉立志重振幕府声威，不但多次积极调停诸大名之间的纷争，更邀请上杉谦信、织田信长等有实力的大名上洛谒见将军。此时管领细川氏遭到权臣三好长庆夺权，后者掌握实权，而把幕府当作傀儡，成为当时有实力的大名之一。三好长庆死后，其重臣松永久秀、三好三人众*决定罢黜将军足利义辉。
永禄8年（1565年），三好三人众及松永久秀率领的叛军包围义辉所在之二条御所，虽然足利义辉得到当时著名剑客上泉信纲与冢原卜传等人传授的剑术，有剑豪将军的美名，但依旧因寡不敌众而被弑。足利义维之子义荣被拥立为第十四代将军。足利义辉死后，室町幕府就此完全失去实权，也失去中兴的机会，直到1573年灭亡。
注1：下克上（或作下剋上）在日本历史中，是指低位阶的人通过政治或军事的手段，取代原本的统治者。这个术语最早出现在镰仓时代。在战国时代，朝廷权力被武家夺取，天皇并无实权，开创了以幕府为主的武人统治。
注2：三好三人众，是日本战国时代阿波国三好氏的三名武将——三好长逸、三好政康及岩成友通的统称。