Microbiome | 中科院郭良栋等：红树植物叶际中附生真菌和内生真菌群落和网络结构的不同
中科院郭良栋等人于2019年4月9日在《Microbiome》上发表题目为《Phyllosphere epiphytic and endophytic fungal community and network structures differ in a tropical mangrove ecosystem》的文章。该研究通过使用Illumina MiSeq测序技术探究了中国南方六种红树植物（桐花树，白骨壤，木榄，秋茄树，红海榄，海漆）叶子相关的附生真菌和内生真菌群落结构的差异。
文章摘要
背景：揭示植物与真菌之间的关系对于了解生物多样性，菌群稳定性和生态系统功能非常重要。然而，目前对叶际附生真菌和内生真菌的群落和网络结构差异的了解还较少。本研究使用内部转录间隔区2（ITS2）序列的Illumina MiSeq测序分析了与六种红树植物叶子相关的附生真菌和内生真菌群落。
结果：在97％的序列相似性水平上总共获得了635个内生真菌和附生真菌的操作分类单位（OTU）;它们分别以Dothideomycetes和Tremellomycetes为主。植物种类对内生真菌的OTU丰富度有显著影响，但对附生真菌没有影响。附生真菌和内生真菌的群落组成有显著差异，植物种类对内生真菌的影响大于对附生真菌的影响。网络分析表明，附生真菌和内生真菌网络结构都具有显着高度专业化和模块化但低连接和抗嵌套特性的特征。此外，内生网络具有较高的专业化和模块化水平，但比附生网络具有更低的连接性和更强的抗嵌套性。
结论：这项研究表明，叶际附生和内生真菌群落不同，植物种类对内生真菌的影响大于对附生真菌的影响。这些发现证明了宿主植物种类在驱动植物圈附生和内生群落结构中的作用。
关键词：内生真菌，附生真菌，Illumina MiSeq测序，ITS2，红树林，网络结构
文中主要图片说明
图1 红树林植物叶际中真菌的相对丰度。a 附生真菌。b 内生真菌。
图2 红树林植物叶际中附生真菌和内生真菌的操作分类单位（OTU）丰富度。
图3 热图描绘了红树林植物叶际中真菌操作分类单位的相对丰富的分布。a 附生真菌。b内生真菌。
图4 红树林植物叶际中附生真菌和内生真菌群落组成的非度量多维尺度（NMDS）排序。a 附生和内生真菌。b 附生真菌。c 内生真菌。
图5 植物-真菌相关性中观察到的联系。a植物-附生真菌相关性。b植物-内生真菌相关性。
图6 植物-真菌网络的结构。a 附生网络的可视化。b内生网络的可视化。在a，b中，节点的大小粗略地表示真菌操作分类单位的相对丰度。c H2'网络级交互专业化的度量。d Barber的模块化度量。e加权连接。f基于重叠和减少填充（WNODF）的加权嵌套度量。g棋盘分数代表植物群落中避免真菌重叠的程度。h棋盘分数表示在真菌群落中避免植物重叠的程度。i标准化的网络属性，具有附生和内生网络的Z分数归一化。
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