蛋白质的ADP-核糖化修饰

ADP-核糖化(ADP-Ribosylation)是将ADP-核糖(ADPR)基团与目标蛋白酶促共价连接的过程。作为修饰物的ADPR是由NAD+裂解产生的,可以在蛋白质上添加一处或多处,称为单(mono)或多(multi)ADP-核糖化。

根据修饰基团是ADPR单体(MAR)还是其聚合物(PAR),又可分为单ADP-核糖化(mono ADP-ribosylation, MARylation)和聚ADP-核糖化(poly ADP-ribosylation, PARylation)两类。也有文献将短链聚合物修饰称为寡(Oligo)ADP-核糖化。与修饰位点结合,就有多种修饰模式。

ADP-核糖化的不同模式。Nat Commun. 2019; 10: 1182.

ADP-核糖化是一种动态可逆的PTM(翻译后修饰)系统,借用表观遗传调控中常用的说法,有一套writer、reader、eraser等酶系进行调控。writer即催化形成ADP-核糖化修饰的酶,统称为ADP-核糖基转移酶(ADP-ribosyl transferase,ADPRT或ART),是一类具有单或多ADP-核糖基转移活性的蛋白质。

ADP-核糖化修饰系统。Genes Dev. 2017 Jan 15; 31(2): 101–126.

ART是个超家族,可以按反应类型分为催化MARylation的单ADP-核糖转移酶(mono ADP-ribosyl transferases,MART)和催化PARylation的聚ADP-核糖聚合酶(poly ADP-ribosyl polymerase,PARP)。

细菌ART常按保守的核心基序分为HYE(His-Tyr-Glu)和RSE(Arg-Ser-Glu)两类,分别以白喉毒素和霍乱毒素为代表。真核生物常按亚细胞定位分为分泌型(ARTC)和胞内型(ARTD)。其中C代表cholera toxin-like(霍乱毒素样),结构类似于RSE ART;D代表diphtheria toxin-like(白喉毒素样),类似于HYE ART。ARTC是膜锚定的,所以也称为ectoART。

人类有17种ARTD,称为PARP1-16(5有AB两种)。不过其中3、4、6、10、14-16其实是MART。之所以这样,是因为它们在关键位置发生突变,导致延伸活性消失,仅保留起始活性,用于催化MARylation。为了区别这两种PARP,有人称之为monoPARP和polyPARP,也有人称之为PARP monoenzyme或者ARTD polyenzyme。

两类ART fold。Nat Chem Biol. 2018 Feb 14; 14(3): 236–243.

PARP活性的核心是ART结构域,或称ART fold。Fold是折叠子,指蛋白质中可独立折叠的局部结构。ART fold具有结合NAD+的功能,是已知的两个NAD+结合结构之一。另一个是Rossman fold,但它对NAD+的专一性较弱,还可以结合NADP和FAD,常见于氧化还原酶中。

ART fold结合NAD+的特异性很高,其中HYE三个残基起着关键作用。谷氨酸不仅起定位底物的作用,还参与催化过程。它与核糖的2’羟基形成氢键,从而促进聚合物的延伸,即将ADPR添加到已有的ADPR链上。所以谷氨酸的突变可导致延伸活性消失,只能将ADPR转移到氨基酸上,就转变为MART了。

PARP1可以形成二聚体,其中一个亚基作为催化亚基,给另一个受体亚基添加PAR修饰。此过程中还需要其它残基协助稳定受体的ADPR链。下图为此过程的延伸机制。

PARP催化剂机制。Nucleic Acids Res. 2019 May 7; 47(8): 3811–3827.

ADP-核糖化修饰可以改变蛋白质的活性、稳定性和配体结合能力,对细胞功能产生重大影响。细菌利用单-ADP核糖化防御病毒侵染,也用来对抗宿主免疫系统,甚至作为细菌毒素攻击真核宿主细胞关键分子,在细胞中产生灾难性的后果。

白喉毒素通过修饰真核延伸因子2(eEF2)而使其失活,从而阻断蛋白质合成并诱导细胞凋亡。毒素分子包含3个结构域,其中两个结构域负责结合细胞表面抗原和进入细胞,最终进入细胞并催化MAR修饰的是其结构域C。实验证明,只要有一个结构域C进入胞浆,就可以杀死细胞。

白喉毒素结构模型。Sci Rep. 2020; 10: 571.

当然,ADP-核糖化不仅仅用于毒素,而是具有多种功能,所以人体仅PARP就有17种之多。PARP在多种组织细胞中都有表达,其功能涉及DNA修复、转录调节、信号转导以及代谢调控等多个方面。

PARP家族的创始成员PARP-1参与DNA损伤修复,包括碱基切除修复(BER)和双链断裂(DSB)修复。PARP-1响应DNA损伤,修饰组蛋白并募集染色质重塑和损伤修复的相关因子,如CHD2、NHEJ组件等,是修复过程的关键介体。

ADP-核糖化需要消耗NAD+,所以会降低NAD+浓度,影响氧化还原平衡。这会抑制糖酵解、三羧酸循环和氧化磷酸化,减少ATP合成。因此,ADP-核糖化对物质和能量代谢都会产生影响。

ARTD与糖代谢。Cells. 2019 Aug; 8(8): 890.

ADP-核糖化还会影响蛋白质的泛素化降解。RNF146(一种E3泛素连接酶)可以通过其WWE(Trp-Trp-Glu)结构域结合PAR,从而被募集到有PAR修饰的目标蛋白,促进其泛素化降解。这里,RNF146起着“阅读”PAR,启动下游反应的作用,所以是一种reader。

另一种reader,泛素连接酶CHFR,可以通过其PBZ(PAR结合锌指)结构域结合被自PAR修饰的PARP-1,并促进随后的PARP-1泛素化降解。这是PARP调控自身数量的一种方式。这些reader中识别ADPR的结构统称为ADP-核糖结合结构域(ADP-ribose-binding domain,ARBD)。

常见ARBD与readers结构。Genes Dev. 2017 Jan 15; 31(2): 101–126.

负责清除ADPR修饰的eraser包括多种水解酶,如ADP-核糖基水解酶3(ARH3)、PAR糖水解酶(PARG)、TARG / C6orf130、MacroD1和MacroD2以及NUDIX水解酶家族等。

这些eraser作用方式不同,PARG和ARH3催化PAR链断裂,保留末端ADP-核糖部分;NUDIX水解酶家族保留磷酸核糖部分;TARG,MacroD1和MacroD2可以将ADP-核糖完全去除。它们有不同的底物,也有不同的亚细胞定位,这使得PAR可以局部更新,产生复杂的调控。

PARP单酶和无活性PARP参与的生物过程。Genes Dev. 2017 Jan 15; 31(2): 101–126.

除蛋白质外,DNA和RNA也可以发生ADP-核糖化反应。有研究表明,RNA可以被单ADP核糖化,人类的PARP10、PARP11、PARP15以及PARP同源物TRPT1作为writer参与RNA磷酸化末端的ADP-核糖化,细胞ADP-核糖基水解酶(PARG、TARG1、MACROD1、MACROD2和ARH3)等可以作为eraser。

参考文献:

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8. Ann-Katrin Hopp, et al. Regulation of Glucose Metabolism by NAD+ and ADP-Ribosylation. Cells. 2019 Aug; 8(8): 890.

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