TCGA数据分析系列 零代码富集分析：ClueGO+CluePedia（1）
前面我们出了一系列的TCGA数据分析教程
今天来介绍富集分析
富集分析的方法有很多，可编程可不编程，今天我们先介绍一个零代码的方法，使用cytoscape的插件ClueGO和CluePedia。
首先打开cytoscape，点击Apps
点击App Manager
安装这两个插件，我这里显示已经安装过了
这两个插件安装需要注册的，我用163邮箱注册，第二天就拿到注册码了
接着输入基因集，选择KEGG，点击最下面的start就可以开始了
得到结果如下
这里显示了KEGG通路之间的网络，不同的通路之间有共同的基因，所以他们之间会有联系。我们也可以把输入的基因反应在这个网络图中。
点击箭头所示
得到下面的图
可以看到现在通路太多了，我们可以通过设定P值过滤掉一些通路
得到下面的图
大家可以拖动调整一下，还可以选择Layout自动调整
点击Radial Layout会有如下效果，就问好不好看！
好了，今天就分享到这。
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