R语言中连接dplyr的join系列与merge函数
欢迎来到医科研,这里是白介素2的读书笔记,跟我一起聊临床与科研的故事, 生物医学数据挖掘,R语言,TCGA、GEO数据挖掘。
在数据分析过程中,仅仅涉及一张表格的情况是非常少见的,我们经常需要联系到其它表格的数据,整合这些表格的信息。这时我们需要常见的三类操作来完成。
合并连接:根据观测合并表格
筛选连接:根据观测,筛选保留或者删去变量
集合操作:不常见(暂不详述)
R语言中用于连接的函数
一是dplyr中的join系列,又包括
内连接
与外连接
内连接-inner_join
是指仅仅保留x,y中相匹配的观测,下面用几张图来说明,相当于是做了一个交集
1inner_join(x,y,by="key")
外连接
外连接又包括了:
左连接:保留x中所有观测,y中保留匹配的观测(交集但有包含X中所有)
右连接:同理保留y中所有观测(交集但保留y中所有)
全连接:x,y中所有观测都保留
下面一一用图片的方式展示,加深理解
左连接-left_join
y中未匹配的观测丢弃,x中未匹配的观测保留,y中以NA填充
1left_join(x,y,by="key)
2
右连接-right_join
与左连接同理,保留y中所有观测,x中仅保留匹配的观测。
1right_join(x,y,by=key)
全连接-full_join
x,y中观测全部保留,相当于取了并集
1full_join(x,y,by="key)
2
dplyr中的筛选连接
筛选连接包括:包括 半连接与反连接
半连接-semi_join
保留x中与y匹配的观测,它与内连接的不同在于,取交集但是并不合并y而仅仅是保留了x,y的作用是做了筛选而已。
1semi_join(x,y,by="key)
2
反连接
是半连接的反向操作,用y做筛选,找出非相交的部分保留下来
1anti_join(x,y,by= “key”)
merge函数
dplyr中的join系列函数与base::merge函数其实相似
merge函数也能实现这四种合连接的操作,但相对来讲,dplyr中的表达更清晰,更易让人理解并记住。
内连接
1merge(x,y,by=“key”)
左连接
1merge(x,y,all.x=TRUE,by="key")
右连接
1merge(x,y,all.y=TRUE,by="key")
全连接
1merge(x,y,all.x=TRUE,all.y=TRUE,by="key")
-----------------------------------------------------------------------------------------------------------