教学适配 | TBtools Genome Ks Dot Plot

写在前面

数日前，与昆植所朱老师和寸老师给四十来位朋友做了一场植物比较与进化基因组的培训。我负责的部分上，在具体演示时遇到了一点问题。快速绘制基因组点图时没问题，因为我早在一个月前，准备了一个插件“Quick Genome Dot Plot”。但简单的点阵图存在局限。好的解决办法，应是参考我的好基友 - 比较基因组小王子的 WGDI 。另外就是 Ks Dot Plot。
而这一步我没有做自动化，于是具体演示过程中，涉及到系列 Excel 表格操作，并最终使得绝大多数人不能重复。这不是一次成功的讲演。

完善已有代码

提前了四个来小时到机场，还是找了点事情做做。处理了一些积压的文件填写。累了就索性优化了一些 TBtools 值得优化的地方。而这个 Ks Dot Plot 就是其中之一。
前述版本 - “Quick Genome Dot Plot” 只能直接输出全基因组基因点图，如苹果内部的如下。

而在修改版本中

可以直接得到下述结果

换句话说，前几天我在培训讲演中进行的系列Excel操作，再也没有开展必要。

对比两图

可以明显地看到：

• 左图可以判断出苹果至少有两轮WGD

• 右图可以确定苹果（及其祖先）对应的两次WGD，红色线条一次，蓝色线条另一次

写在后面

时间有限，匆匆了结。我相信，这个功能还是有一定用处。当然，或许最合适的还是...用于教学演示。