ShinyApp | 有料的 TBtools-Barplot 插件 - 自拆机械表始

导语

老铁邵扬，边带娃边鼓捣，快速搞出了一个精美插件！在我看来，我最关心的还是... 感觉这个插件可以拿来分析荧光定量数据？当然，这个似乎不太重要。 重要的是，后面搞大田数据，做品种性状比较时... 似乎会方便很多。-- CJ

写在前面

春节期间跟家里人聊天的时候，再一次提到了小时候的时候拆家里手表的事。然后又是对我一阵数落。孩童时的我对这个结构复杂、设计精巧的玩意充满了好奇，总是想要机会拆开看看里面到底装着什么。父母知道我的心思自然不敢把手表轻易放在外头。但机会这东西，等一等总会有的。终于还是被我逮到了机会。拆开容易，拼回去就难了。结局免不了一顿暴揍，然后被父母记到现在......手表某种程度上代表了人类制造工具的某种极致，而拆手表嘛则是小孩子极致的好奇心了。至于挨揍嘛，纯属活该了......扯远了。

一个画柱状图的插件

本来我是准备当一个安静的鸽子，等陈博士把rserver插件完善了（起码写一个可用的交互界面吧）。但，架不住博士小姐姐shawn有特别的姿势。一顿骚操作就把shiny包搞定了，加上陈博士写个网页弹出功能，shiny的最后一块拼图算是齐了。工头喊一嗓子，开工了......这次的插件主要功能是画柱状图......柱状图算是科研作图的基础，任何一个杂志随便翻翻都能看到柱状图。之前也写过几篇关于柱状图的文章检验自己对R语言的学习程度。新的一年了，正好是时候检验一下对r和ggplot2的认识又到了什么水准了。这次，我们用shiny折腾了一个柱状图。我才不会说是因为Barplot这个名字看着就会排在前面呢。如果那样子，我肯定会改名叫A barplot了，你细品，你仔细品。总之这次的插件主要能画三种图，分别是带星号标记的，带字母标记的分组柱状图和堆积柱状图。

下载地址点这里: Barplot_shiny

（https://github.com/barnett874/barplot_shiny/blob/main/Barplot_shiny.plugin）

PS：输入文件参考鸢尾花数据集。如果你还不清楚，直接去rstudio里输入iris就能看到了。大概类似下面的结构。

界面

先从最左边的菜单开始做起。

左边侧边栏第一个是输入数据的地方，默认CSV文件（既默认数据以半角逗号分隔）。然后选择数据是否已经整理为透视表，这个选项不常用。一般默认第一列是分组名，如果不是，第三个选项可以换一下。已经设定好会读取输入的文件的列名并自动更新到下拉菜单里。

此外，因为没有改默认设置，数据文件默认不超过5 M。

然后就是选择是分组柱状图或者是堆积图，需要星号标记或者是星号标记。这里未来会给更多的选项让你选择到底用t检验，ANOVA，还是非参数检验。此外标记默认数据服从正态分布并且满足方差齐性。未来可能把对应的检验也加进去（感觉又在给自己挖坑了）。另外字母标记对所有的可能性还是没做到遍历，这部分未来还需要改进，希望得到用户的反馈。

# t检验stat.test <- dta_barplot %>%  group_by(key) %>%  t_test(value ~ group) #遇事不决t检验stat.test <- stat.test %>%  adjust_pvalue(method = "bonferroni") %>%  add_significance("p.adj")# 两因素ANOVA（如果需要请自行魔改）anova <-  aov(value ~ group + key, dta_barplot) #ANOVAposthoc.test <-  LSD.test(anova, c('group', 'key'), p.adj = 'bonferroni')posthoc <-  posthoc.test$groups %>%  mutate(name = row.names(.)) %>%  separate(name, into = c("group", "key"), sep = ":")# 单因素ANOVAkey_name <- dta_barplot %>% distinct(key) %>% .$keyposthoc <- data.frame(  value = double(),  groups = character(),  key = character(),  group = character(),  stringsAsFactors = FALSE)for (i in 1:length(key_name)) {  anova <- dta_barplot %>%    filter(key == key_name[i]) %>%    aov(value ~ group, .)  posthoc.test <- anova %>%    LSD.test(., "group", p.adj = 'bonferroni')  posthoc <- posthoc.test$groups %>%    mutate(key = key_name[i],          group = rownames(.)) %>%    bind_rows(., posthoc)}

第三个菜单是设置颜色和主题，这里集成了ggpubr，ggprism和ggthemes的部分主题，如果你有更好的，不妨自己加到代码里。

#set themeswitch( input$slider_theme, theme_set(theme_few()), theme_set(theme_bw()), theme_set(theme_classic()), theme_set(theme_pubclean()), theme_set(theme_pubr()), theme_set(theme_minimal()), theme_set(theme_prism()))#set palettemypal <- switch( input$slider_palette, pal_npg()(9), pal_jco()(9), pal_lancet()(9), pal_locuszoom()(9), prism_fill_pal(palette = "prism_light")(9), prism_fill_pal(palette = "floral")(12), prism_fill_pal(palette = "prism_dark")(10), prism_fill_pal(palette = "viridis")(6), prism_fill_pal(palette = "warm_and_sunny")(10), prism_fill_pal(palette = "black_and_white")(9))

接着是柱子的设定，分别是柱子宽度，间隔（不一定可设置），这里设定误差线的宽度是柱宽度的1/3，如果觉得丑，请用意志力挺过去。Y轴最小值，这个也是准备取消的东西，因为变了会造成差别很大的错觉，想不从0点开始请选择箱线图。然后是柱形边框颜色和颜色填充的类别。颜色填充这块也没有覆盖到所有情况，所以，在改了在改了......

分面的选项，嗯。

其实星号标记的柱状图没有设定不分面，如果选否起始是设定为行数为1，固定y轴的分面图，本人发际线实在不够用了。

另外三个是facet里比较有意思的选项，自行体会吧。

最后就是X，Y轴标题和标签的标题（这个ggprism填了也不出东西，神秘，可能有更具体的修改选项吧）。这块没有写expression函数，估计是不支持特殊的字符和上下角标了......然后就是图的尺寸，整个图（除了字母和星号标记）的字号，字母和星号标记的尺寸，标签的位置（起始还可以有个坐标选项的，下次加上吧）和最后的x轴标签角度。

大概就介绍这么多吧，想要做的选项还有很多。例如：Y轴的tick，Y轴是否使用log_scale以及上面提到的......TBtools的界面方面，毕竟有shiny了，就这么简化着吧......

最后

当初学习R的动力就是想画个柱状图，学会后才发现如果学R只是为了画图那就买椟还珠了。R语言提供了从数据载入、清洗到统计分析再到作图的全套流程。特别是dplyr提供的整套类似thinking flow的数据处理流程和purrr简化的匿名函数，分析数据的整个流程如水流般水到渠成。如果这个小程序能够激发起你学习R的兴趣，如果你好奇R到底是怎么把数据变成图表的，索性就拆开这个包，看看里面的函数都是做什么的，最后尝试自己用R处理数据吧。希望拆开这个小插件后能在里面发现自己的好奇心。还能孩子多久......

PS：今天用别的电脑打开才发现，插件里的中文注释都是乱码......我有一句mmp不知当讲不当讲