Nextflow快速搭建生信分析流程(二)-Tower

在第一节中,我们介绍了nextflow的平台支持和安装方法，这一节我们将介绍流程监控的利器nextflow tower。

相信之前自己搭建过生信流程的小伙伴对流程监控的重要性都非常清楚，俗话说：“工欲善其事，必先利其器”。Nextflow tower 能够帮助我们非常便捷地监控样本的执行情况。包括执行程序的命令、参数、占用内存、运行时间、运行日志、流程执行进度等等。如果自己写代码把这些功能都加到分析流程中，那我们估计要写几万行代码了。利用nextflow tower，只需要简单的几行代码，便能够快速地将我们的分析样本进行监控。

上图（引自https://help.tower.nf/）便是Nextflow tower进行监控的过程（病毒基因组分析示例），我们每次运行一个pipeline时，都可以通过Tower进行监控，下面我们介绍nextflow tower的配置过程：

一、注册nextflow tower：

注册链接为https://tower.nf/，点击sign in进行注册，注册过程非常简单，我们不用输入注册详细信息，只要一个邮箱地址就可以完成注册，输入邮箱地址后，tower会发送一个登录链接到你的邮箱。

邮箱接收到注册链接后，通过链接就可以登录tower。

二、创建Access Tokens：

按照图中提示的步骤创建自己的Access Tokens。

三、配置环境变量：

export TOWER_ACCESS_TOKEN=eyxxxxxxxxxxxxxxxQ1ZTE=

export NXF_VER=20.10.0

其中Tower_Access_Token为步骤二中创建的Access Token，配置完成之后我们就可以在运行pipeline的时候使用tower啦！

四、运行程序：

nextflow run hello.nf -with-tower

第三节我们将使用nextflow创建我们的第一个pipeline！