研究方法系列 | 菌群丰度差异分析-spass小技巧（下）

小伙伴们，上一篇中我们留了一个问题，Bacteridoes的标注方法是1，2*，3，4，你答对了吗？这一篇中将讲解当数据方差不齐的时候，如何用非参数检验比较组间差异，特别提醒下面演示的功能，只有spass22.0以上版本才具有。

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3. 非参数检验

3.1无基底组多重比较

当数据方差不齐时，通常选用非参数检验，这种检验方法不受数据是否符合正态分布的限制。操作时，选择【分析】 → 【非参数检验】 → 【独立样本】，在弹出的对话框中有三个小标签，【目标】中默认选择【自动比较不同组间的分布】。

【字段】中选择【使用定制字段分配】，将分析变量Actinabacteria放入【检验字段】框中，将分组变量VAR001放入【组】中。

【设置】中选择【自定义检验】， 如果是无基底多重比较，则勾选【Kruskal-Wallis单因素 ANOVA（k 个样本）】，选择【所有成对比较】。最后点击【运行】按钮。

结果如下，报告中Kruskal-Wallis检验结果，P=0.003，即拒绝H0假设，至少有一对两两比较组差异显著。双击此结果表格，出现详细的两两比较检验结果如下图。

左边为Kruskal-Wallis检验结果，右边为各分组之间的对比情况，在【查看】选项中选择【成对比较】，即可出现两两比较的结果。

P值<0.05即为差异显著，因此结合上面的箱型图，Actinobacteria在4个组的差异情况可标注为1ab，2b，3b，4a。

3.2 有基底组多重比较

如果是有基底多重比较，数据填充需要进行如下改动，即每一个比较列只有两个组，下图为以4组为基底组的数据填充和【字段】选择。

【设置】中勾选【Mann-whiteney（两样本）】或者【Kolmogorov-Smirnov（两样本）】，最后点击【运行】按钮。

由图可知，以第4组为基底，Mann-Whiteney检验结果显示1组、2组和3组对于4组均有显著差异。

由图可知，以第4组为基底，Kolmogorov-Smirnov检验结果显示2组和3组对于4组均有显著差异，而对于1组没有差异。

这两种检验方法的原理不同，因此结果会有差异。小编推荐大家根据自己的数据情况选择合适的检验方法，但是一旦选择，则在各个菌群比较需始终保持一致。

好了，到这里我们使用Spass进行菌群丰度比较分析，标注差异显示的小技巧就分享完了。在此提醒各位小伙伴，使用Spass22.0以上版本哦，下面以一张图总结我们的分析策略吧！

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