TCGA数据挖掘网站-UALCAN
一款操作简单、快速有效的TCGA数据挖掘分析的网站工具---UALCAN 。
UALCAN （http://ualcan.path.uab.edu/index.html）是一个基于PERL-CGI、javascript和css所搭建的，能够有效进行癌症数据在线分析和挖掘的网站。它主要是在TCGA数据库中的相关癌症数据进行分析，帮助医学人员对相关基因进行biomarker鉴定、表达谱分析，生存分析等等，还可以通过相关链接查询其他数据库中的相关信息。
具体功能如下：
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提供对公开的癌症组学数据(TCGA和MET500)； |
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评价启动子甲基化对基因表达的表观遗传调控，并与基因表达的相关性； |
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提供描述基因表达的图表和基于基因表达的患者生存信息； |
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通过连接HPRD、GeneCards、Pubmed、TargetScan、human protein atlas、DRUGBANK、Open targets和GTEx，提供有关所选基因/靶标的额外信息。 |
进行泛癌基因表达分析；
一起来开始探索如何使用吧！
网址：http://ualcan.path.uab.edu/index.html
TCGA analysis
进入首页，点击TCGA analysis数据分析页面。
后往下拉可以看到：
功能一
Scan by genes
Scan by genes可以直针对筛选出的目标基因进行表达鉴定、biomarker的鉴定、生存分析等等。例如此处选择一个目标基因S100P举例（如果研究多基因的话要用英文逗号隔开）：
①输入框中输入S100P
②选择研究的癌症类型Thymoma，
③点击Explore，结果如下：
针对输入的基因将跳转出相关可分析项目：表达分布、生存分析、相关性分析，以及基因在其他数据库中的信息链接等。点击其中表达效果图如下：
基因表达谱
Kaplan meier图
甲基化水平
功能二
Scan by gene Classes
在基因分组中，我们看到有各种类型的gene class，通过查询可以获得预编译的基因类。
也就是说，我们可以直接查看这一类基因在TCGA中的数据情况，这里我们以KEGG为例，选好后直接单击explore，这是我们看到的结果（部分）：
左侧是基因名，移到后会显示基因在不同肿瘤中的表达和预后结果，UALCAN列出了所有的激酶编码基因，并显示了它们在不同癌症中的表达状态和生存效果。右边是数据库链接，最上面的search for genes还可以直接对这个表格里面的基因进行搜索。
可以点击这些链接中可以进行可视化表达和生存配置文件
可根据需求在右上方选择需要的图表类型
其实UALCAN数据库的逻辑也是值得学习的。表达差异，生存分析，甲基化，相关性等，也是我们生信分析的思路。希望大家好好掌握，今天就到这里，更多内容请持续关注本公众号。