16S专题 | 文章的撰写
编前语
一眨眼间，本专题已接近尾声了，感谢大家的陪伴，也谢谢江老师的理解与包容，同时也希望本专题有帮到大家。
我们16S专题一共四篇，已发表了《16S简介》、《16S结题报告解读》、《16S常见知识点补充》三篇，今天我们来学习最后一篇：文章撰写。
查文献
工欲善其事，必先利其器。在动手写一篇文献之前，我们往往需要阅读同类的参考文献，充分借鉴它们的写作思路和表达方式。小编在这里先献上免费下载文献的利器：sci-hub( https://sci-hub.org.cn/)。
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科研思路
在阅读文献时我们要关注别人是如何把一大堆分析数据串成清晰严谨的科研思路。建议大家至少阅读15篇与目标主题相关的文献。以下是小编对微生物16S测序领域的一些文献的科研思路的总结，希望可以给大家提供到借鉴意义。
1、微生物与疾病研究
思路：样本（粪便或口水）微生物物种组成分析+临床指标与菌群的关联分析+疾病预测模型+功能预测分析
对正常组样本与疾病组样本进行扩增子测序，通过Alpha多样性分析观察疾病组和正常组中微生物菌群多样性是否存在显著差异，同时对两者进行物种组成分析，可看出正常组和疾病组中何种微生物丰度分布存在显著差异，可初步得出该微生物是否与该疾病存在相互作用的关系。然后对临床指标与菌群进行关联分析，观察临床指标和菌群的关系（是否存在正负调控）。接着使用显著差异的物种构建疾病预测模型进行监测（或者可以验证该差异物种是否是引起该疾病的因素）。最好对正常组和疾病组进行KEGG功能预测，观察正常组和疾病组的功能富集差异情况，然后对差异功能基因进行物种注释，找出致病的关键物种。
注意：若16S测序中显著差异的OTUs没有物种注释信息，则可以考虑进行宏基因组分析组装成更完整更长的scaffold片段，进行功能挖掘，查看相应OTU的物种注释信息，从而推测其功能信息。
2、微生物与环境防治类
思路：16S测序（物种鉴定、差异物种分析）+菌株分离+物种鉴定（确定分类水平）+生物学实验（例如抗性实验验证）+ 机制研究（比较基因组）
例如害虫共生菌与杀虫剂抗性关系的研究，首先利用16S测序的物种组成分析和差异分析相结合，找出潜在目标物种；然后对潜在目标物种进行分类学鉴定，不仅要鉴定其物种信息，更要了解目标物种是否具有普遍性和广泛性，以保证基于该物种研发的产品可广泛应用。接着围绕目标物种，开展抗性相关研究，探索目标物种的作用。最后，对菌株分离所得的目标物种基因组测序，通过比较基因组分析探索目标菌种的作用机制，再通过qPCR验证。
3、微生物多样性与理化因子的研究、
思路：门水平丰度情况+属水平丰度情况+环境因子相关性分析
取样，进行16S rDNA测序，然后进行菌种组成分析，观察其门水平及属水平接着进行Alpha多样性分析和Beta多样性分析，最后进行cca分析。
文章结构
文献读完了，科研思路也理清楚了，接下来建议大家动手列个文章提纲，提纲一般包括摘要、引言、方法、结论、讨论等几大部分。
1、摘要(Abstract)
摘要主要是简明扼要地交待清楚研究目的、研究方法、研究结果、研究结论四部分内容。研究方法需要简要说明研究对象（包括分组情况，有多少组，每组多少个数等）以及材料与方法（用了什么测序仪，采用什么测序策略等，设了多少生物学重复次数等），研究结果要求列出主要结果（包括测序得到多少条序列等概述，以及各主要的分析要点对应的结果等），研究结论需要简要说明从研究结果得到的科学观点、理论意义等。
注意，摘要莫过于简约，且尽量莫使用累赘词语，包括“略知一二”、“本文”、“本研究”等，直接采用“对......进行了研究”等表述方式即可。
2、引言介绍(Introduction)
引言部分主要是交待文献写作的背景、目的和意义等，列出相关领域内已有的研究概况及存在的问题，说明本次研究的创新点，以及本次研究的意义，向读者引入本文的主题，说明本研究的合理性和必要性。
需要注意的是，引言的内容不能和摘要内容雷同。
3、方法(Method)
这部分内容包括实验方法及分析方法，实验方法涉及到实验对象、分组情况、样品处理方法、测序策略，分析方法则涉及到相关软件及其参数设置、相关算法原理等，这些都是这部分内容需要交待清楚的。
4、结果(Result)
结果无非是结果概述（即测序数据统计情况）+分析结果（针对科研思路的各要点得到的结果，例如微生物物种组成成分分析、分类学鉴定、理化因子关联分析、功能预测等分析结果）
5、结论(Conclusions)
结论不是对结果中各要点的简单重复，而是应该严谨、完整、准确、精炼地提出结果中所揭示的科学理论。该部分内容宁缺勿滥，若研究不能获得结论，则可以不写，直接讨论即可。
6、讨论(Discussion)
讨论这部分内容主要是针对现有的不足+未来展望展开的。
文章撰写
这部分内容主要是展开提纲来写，我也帮不到大家了，祝大家好运！文章越发越高分，科研之路越走越顺畅！
本文由柯柯供稿，莫秋芬、江舜尧编辑。