2019年度回顾 | 微生态环境微生物类微文大合辑
一眨眼，2019过去，2020年就来了。
今天是新年的第一个工作日，在这里，小编先祝大家：
新年快乐！科研顺利！
综述
重大综述 | Nature ReviewsMicrobiology：土壤微生物组和气候变化的全方位阐释
综述 | Science：全球土壤群落及其对生物地球化学的影响
综述 | Nature ReviewsMicrobiology：微生物构成的氮循环网络（IF:26.819）
综述 | Nature子刊: 科学家对人类的警告：微生物与气候变化
综述 | EnvironmentalMicrobiology：生物膜复杂群落中种间的异质相互作用的研究技术
综述 | 浙江工业大学靳远祥：微塑料与微生物（包括肠道微生物菌群）的相互作用：一项对环境、动物和人类健康的思考
综述 | 中国科学院生态环境研究中心朱永官：土壤生物、抗菌素耐药与全球健康
综述 | AEM：土壤团聚体微生物群落：了解生物学相关尺度下微生物群落的相互作用
综述 | NAT REV MICROBIOL：气候变化下微生物学的问题和展望
SBB-土壤微生物hotspots:概念&综述
综述 | ANNU REV MICROBIOL:植物微生物组的生态学与进化
综述 | 控制病害—结合有机改良剂，有益微生物和土壤微生物区（完整版）
综述 | 下水管道中的意外栖息地，用于传播微生物群落及其在城市水域的印记
土壤
重大综述 | Nature ReviewsMicrobiology：土壤微生物组和气候变化的全方位阐释
综述 | Science：全球土壤群落及其对生物地球化学的影响
科研 | Nature Communications：真菌细菌群落多样性及复杂性预测生态系统功能
科研 | Science：多种全球变化因素在驱动土壤功能和微生物多样性中的作用
综述 | Nature子刊: 科学家对人类的警告：微生物与气候变化
科研 | 河北大学和清华大学联合发文：微生物功能性状可作为轻度羔羊放牧扰动下的敏感指标
科研 | Nature Communications：草地土壤中微生物残体和植物木质素组分积累的差异
科研 | SBB: 气候变暖显著改变了青藏高原高寒草甸土壤总真菌和活性真菌的群落结构(国人作品)
科研 | Frontiers inmicrobiology | 甘薯连作对根际土壤真菌群落结构的影响（国人作品）
综述 | AEM：土壤团聚体微生物群落：了解生物学相关尺度下微生物群落的相互作用
科研|SBB:土壤含水量间接驱动干旱生态系统土壤细菌群落演替
科研 | ISME ：中国东部农业土壤微生物群落形成过程的平衡介导了物种的共存(国人作品)
科研 | Frontiers inMicrobiology | 西北干旱黑河流域不同土壤生态系统中放线菌群落组成和潜在功能变化
科研 | 南京土壤所孙波：生物炭负激发效应的微生物关键物种竞争作用机制
回顾：100个最重要的生态学基础问题
科研 | Soil and Tillage Research：青藏高原高寒草甸退化斑的形成显著改变了土壤微生物的群落组成
科研 | SBB：宏基因组学解析了中国腾格里沙漠两种不同生物土壤结皮微生物
科研 | ISME：解密——多物种生物膜中细菌互作和空间组织之间的潜在联系
科研 | 南土所褚海燕等：盐分是决定沙漠生态系统中土壤微生物群落结构的关键因素
综述 | NAT REV MICROBIOL：气候变化下微生物学的问题和展望
SBB-土壤微生物hotspots:概念&综述
科研 | EM：从青藏高原分离的冷适应芽孢杆菌能够在极端环境中促进植物生长
科研 | Nature：气候与土地利用之间相互作用以塑造热带山区生物多样性和生态系统功能
科研 | 中国环境科学研究院席北斗：土壤微生物群落结构对长期废水灌溉和土壤深度的响应
科研 | 中科院梁超等：次生演替林经历土壤微生物群落结构和土壤有机质的紧密耦合变化
ISME | 华南师大束文圣等：通过宏基因组学和元转录组学探究新δ-变形菌目的生态作用
Nature Communications | 土壤性质而非气候条件驱动全球土壤有机碳周转时间(国人作品)
Environmental Pollution | 通过提高植物硒含量和改变土壤微生物群落及功能属性，降低油菜菌核病的发病率
AEM | 土壤微生物群落: 在生物学相关的尺度上理解微生物群落的相互作用
科研 | Nature子刊：植物多样性竟能增加微生物量和呼吸！？（国人作品）
科研 | ISME：微多态性确保了在不断变化的环境条件下维持微生物群落的功能
科研 | 森林生态系统中土壤真菌与植物的纬度多样性及两者共生模式的对比研究（国人作品）
观点 | Nature ReviewsMicrobiology: 气候变化微生物学—问题及展望
The ISME Journal | 群落构建过程的平衡可介导中国东部农业土壤微生物群落中物种共存（国人作品）
科研 | 植物功能群的去除对不同生态系统土壤群落结构和功能的影响
科研 | 重金属总量和有效性对不同土地利用模式下土壤微生物群落功能和组成的显着影响（国人作品）
四川农大李廷轩等：不同年龄茶园中土壤团聚体相关细菌代谢活动与群落结构
科研 | ISME：宏基因组和宏转录组学揭示新目deltaproteobacterial的生态功能
科研 | mBio ：利用盐度作为环境过滤因素将微生物结构与微生物性状分布和功能相互关联
EST | 宏基因组学揭示了稻田土壤中厌氧亚砷酸盐氧化和硝酸盐还原过程中细菌群落和功能基因的响应
科研 | Frontiers inmicrobiology：两种禾本科植物内生菌群落结构的保护
科研 | Microbiome：地理和管理塑造了葡萄园土壤的微生物群落
科研 | 土壤微生物群落驱动全球旱地生态系统多功能应对全球变化的耐受性
科研 | 不同温带土壤生态系统中微生物和动物生物多样性的差异（Nature子刊）
Microbiome：土壤微生物群落对有机和无机土壤改良剂和细菌入侵的恢复力
科研 | 不同的农业土壤中原生动物群落对氮肥的敏感性高于其他微生物（国人作品）
科研 | 弗吉尼亚理工大学Sun Shan：森林生态系统恢复过程土壤宏基因组中微生物功能基因的变化
Global Change Biology | 火灾影响土壤微生物群落的分类和功能，并对草地生态系统功能产生级联效应（国人作品）
Microbiome | 海洋三所曾润颖等：红树林土壤病毒多样性及其对生物地球化学循环潜在影响力
科研 | Microbiome：微生物组驱动甜菜采后病害的微生物指标
ISME | 浙大徐建明教授组发文：长期养分输入改变不同农田生态系统中的微生物磷素循环功能特征
科研 | SBB：在黄松林中野火发生13年后，大面积、高度严重的烧伤斑块限制了真菌的恢复
SCI TOTAL ENVIRON | 西农安韶山等：干旱地区森林土壤细菌的生物地理学及其驱动因素
SCI TOTAL ENVIRON | 东北师大杨海军，高英志等：农业对生物群落的资源利用效率和功能多样化产生了强烈扰动
SBB | 农科院范分良等：有机肥替代部分化肥稳定土壤有机质的新机制
SCI TOTAL ENVIRON | 土壤硼对土壤微生物群落的微生物生物量，组成和活性的影响
ISME | 培养中与实际土壤中细菌生长的对照预测基因组特征
科研 | ES&T：不同碳纳米管对土壤细菌群落组成和结构的影响（国人作品）
ISME | 在大陆和全球尺度上对土壤真菌群落相似性的时空控制
科研 | ENVIRON INT：草地林地恢复的细菌指标能否为生态系统评估和微生物介导的人类健康提供信息？
科研 | 森林砍伐降低土壤细菌群落的空间异质性并改变分子生态网络（国人作品）
ISME | “direct mineral cycling”的重新思考：AMF定殖在落叶中？
SCI TOTAL ENVIRON | 玫瑰入侵引起了土壤养分和微生物群落的变化
Molecular Ecology | 土地利用方式是植物病原体alpha并非beta多样性的决定性因素
Nature子刊 | 生物多样性热点：坎波斯-鲁佩斯特磷贫瘠土壤中翡若翠科植物的微生物群落
ISME | 在易干旱苏格兰松林里的根系凋落物分解的微生物演替
科研 | J ECOL：火灾历史和植物群落组成超过了年代际多因素的全球变化，成为草地微生物组成的驱动因素
综述 | 控制病害—结合有机改良剂，有益微生物和土壤微生物区（完整版）
科研 | 马铃薯疮痂病的发生与土壤微生物组之间的关系（国人作品）
科研 | 气候变暖下多年冻土融化对细菌群落及潜在有氧呼吸的影响
SBB | 森林生态系统恢复过程中土壤宏基因组内微生物功能基因的变化
SCI TOTAL ENVIRON | 中科院朱永官等：饮食对土壤弹尾虫肠道菌群的影响
EES | 利用盐度作为环境过滤因素将微生物结构与微生物性状分布和功能相互关联
New Phytologist | 沿着异质性的松树-稀树草原景观，频繁火烧重组了土壤真菌组成并降低了分解
科研 | 活跃层冻土解冻和冻结过程中细菌和原生动物的动态变化
SBB | 土壤羰基硫交换与微生物群落组成的关系：管理草地土壤改良试验的启示
SCI TOTAL ENVIRON | 茎泽兰入侵与土壤微生物介导的生物地球化学循环差异有关
SBB | 宏基因组学揭示了混合树种凋落物对细菌和真菌木质纤维素降解功能的影响(国人作品)
农科院曹坳程等创造新型土壤熏蒸方法：通过氯化苦与生物熏蒸剂(CAB)联用提高作物产量且改变土壤微生物群落
Microbiome：蓝细菌微鞘藻在地表结皮微生物组构建中的重要性
根际
科研 | Nature Communication：根系代谢物塑造根际微生物群来驱动土壤对植物生长和防御的反馈
科研 | Genome Biology(IF:14.028)：根际微生物-植物互作中植物如何影响根际微生物
科研 | Nature：连接树木的地下微生物网络地图被科学家们绘制出来了
科研 | Journal of Ecology：高温干旱对植物-土壤微生物相互作用的生态学和演化的影响
Genome Biology | 揭秘根际微生物-植物互作中植物如何影响根际微生物
科研 | Journal of Ecology：植物种内变异通过其地下根际微生物组调节养分循环
科研 | 南农韦中、沈其荣等：植物根际菌群间的“便利关系”同样会为病害入侵提供“便利”
科研 | Frontiers inMicrobiology：耐盐盐生植物的根际细菌可促进苜蓿在高盐环境下的生长
科研 | Nature子刊：根系分泌物和微生物底物偏好驱动根际微生物群落组装模式
科研 | Microbiome: 解析哥伦比亚天然土壤和农耕土壤中菜豆的根际微生物组成
根际文献包免费领取 | 45篇近3年根际微生态相关的高影响因子文章
科研 | 根系相关微生物伴随生长胁迫抗性权衡重新规划植物生活史
Science | 中科院白洋课题组：拟南芥三萜类化合物调控根系微生物组机制
综述 | ANNU REV MICROBIOL:植物微生物组的生态学与进化
科研 | Nature子刊：全球柑桔根际微生物群的结构与功能（国人作品）
科研| Microbiome: 植物防御策略可部分驱动微生物分类群特异性定殖和组装模式
New Phytologist | 远亲植物之间通过菌根共生的植物促进作用更强
科研 | PNAS：干旱延缓了高粱根际微生物组群的发育并富集了单相细菌
科研 | 中科院白洋等：拟南芥三萜化合物调控根系微生物（IF:41.058）
科研 | Nature子刊：同属植物的土壤反馈强度与根系性状及线虫有关
AEM | 农业管理措施对番茄生产过程中根际微生物结构和功能的影响
科研 | Nat. Commun. 热带土壤不同植物的核心根系微生物群的进化保护
Journal of Hazardous Materials | 植物有益菌和丛枝菌根真菌在修复金属污染的盐渍土壤的潜力
SBB | 秸秆作为根际微生物的额外碳源，减少根系分泌物消耗
科研 | 中国科学院遗传与发育生物学研究所储成才＆白洋：水稻NRT1.1B基因调控根系微生物组参与氮利用
科研 | Cell子刊：根瘤菌微生物群落的模块化特征及其与共生根瘤菌的进化关系
科研 | 中科院储成才 & 白洋等：NRT1.1B通过调控水稻根系微生物组参与氮利用（IF：35.724）
SBB | 农科院李俊等：长期施肥改变了13C标记的小麦根际微生物群的组成，但不会影响其多样性
Microbiome | 首次揭示大豆根瘤中的细菌丰度因品种和水分状态而异
科研 | 树木，真菌和细菌：响应土壤污染的根际微生物的转录组学
科研 | Geoderma：豆科植物根际细菌群落的复杂性促使菲的降解
ISME | 冰河时代遗迹森林中外生菌根真菌群落与夏季温度相对应
转Bt基因棉花在不同生长阶段根际真菌群落组成的动态变化（国人作品）
科研 | Nature 子刊：菌根真菌影响全球植物生物地理格局
碳氮循环
氮循环
综述 | Nature ReviewsMicrobiology：微生物构成的氮循环网络（IF:26.819）
科研 | ISME：全球含水层土壤中厌氧氨氧化过程是氮流失的主要途径（国人作品）
科研 | 兰大生科院杜国祯和马晓军等：土壤微生物如何响应氮磷添加？多重资源共限制理论框架的应用
科研 | SBB：土壤微生物多样性的减少与氮素添加量的减少有关（国人作品）
科研 | ISME：亲和性决定了氨氧化古菌和厌氧氨氧化菌之间的环境合作
科研 | SBB：宏基因组学揭示了山地森林生态系统中反硝化细菌的模式
科研 | EI：多组学分析揭示了典型的反硝化微生物聚集中的生态位和适合度差异（国人作品）
科研 | Functional Ecology：草原生态系统中植物-细菌-土壤对不同氮素添加频率的响应
科研 | Soil Biology andBiochemistry:不同管理方式下山地草地中微生物碳和氮循环对干旱和温度的响应
科研 | 植物-植物互作与施氮肥对土壤细菌和真菌群落的影响（国人作品）
科研 | ISME：氮沉降对全球土壤微生物的负效应 (国人作品)
科研 | 杭师大李春阳等：植物-植物互作与施氮肥对土壤细菌和真菌群落的影响
科研 | NAT MICROBIOL：地中海草原土壤C-N化合物的周转依赖于降雨和深度，并且由基因组不同的微生物介导
科研 | 华东师大吴电明：解析土壤HONO排放机理 -硝酸盐还原菌驱动的高含水量土壤HONO排放
科研 | Ecology：磷和钼决定了热带森林冠层微生物的快速固氮
科研 | 中国农科院马鸣超＆李俊：中国黑土小麦根际长期施用氮肥后改变了13C标记的真菌群落组成但未改变其多样性
科研 | ISME：植物驱动全球干旱地区的氨氧化细菌和古菌的生态位分化
科研 | 中国林科院尚鹤等：提高臭氧对土壤细菌和真菌群落及碳氮动态的影响
科研 | 中国科学院遗传与发育生物学研究所储成才＆白洋：水稻NRT1.1B基因调控根系微生物组参与氮利用
科研 | PNAS:微生物生态系统动力学驱动海洋缺氧区氮损失的波动
ISME | 探究不同氮循环和广泛的化学梯度下Trichodesmium菌落的变化
科研 | 落叶林土壤中氧氮化物排放的微生物机制及生态系统通量估算
Nature 子刊：地中海气候区草地土壤中微生物的基因组分异调控降雨和土壤深度对土壤碳氮化合物周转的影响
科研 | 在有/无凤眼莲的条件下大气CO2浓度升高对富营养化水体中氮循环的影响（国人作品）
SCI TOTAL ENVIRON | 微生物对生物炭的响应增强了潜流人工湿地氮素的去除：微生物结构和代谢产物特征
SCI TOTAL ENVIRON | 茎泽兰入侵与土壤微生物介导的生物地球化学循环差异有关
ISME | 海洋氨氧化古菌N. maritimus SCM1菌株对Fe的需求与吸收策略
科研 | 微生物利用熏蒸剂熏蒸土壤产生氧化亚氮排放的生化途径（国人作品）
碳循环
科研 | 西北农林科技大学上官周平:土壤微生物碳循环功能基因丰度随着长期次生演替逐渐下降
科研 | SBB：在森林生态系统土壤微生物碳和养分的限制主要受气候和土壤理化性质所驱动而非养分的添加(国人作品)
前瞻性 | ISME: 基于性状定义气候变化下与土壤碳循环相关的微生物策略
科研 | NAT MICROBIOL：地中海草原土壤C-N化合物的周转依赖于降雨和深度，并且由基因组不同的微生物介导
SBB | 南信工+加州大学：气候变暖增加了高寒草甸土壤微生物残体对土壤有机碳的贡献
科研 | 中科院梁超：森林恢复加速了土壤有机碳的积累：来自微生物标志物的证据
科研 | Nature子刊：土壤微生物温度敏感性和生物量变化诠释变暖背景下土壤碳损失
科研 | 温带雨林土壤中有关DOC、CO2和CH4通量的活性微生物种群的季节和生态水文调控
科研 | 中国林科院尚鹤等：提高臭氧对土壤细菌和真菌群落及碳氮动态的影响
SCI TOTAL ENVIRON | 草地轮作时间改变温带农业生态系统土壤微生物群落组成和功能，增加了土壤固碳潜力
科研 | SSB:气候变暖促进微生物残留物对土壤有机碳的贡献
SBB | 四川农大徐振峰等：土壤霜冻增加对地下生物碳循环过程的影响
Nature 子刊：地中海气候区草地土壤中微生物的基因组分异调控降雨和土壤深度对土壤碳氮化合物周转的影响
科研 | 在极高浓度二氧化碳下土壤的碳转换过程及微生物组的变化
FEBS Journal | 新发现——极端环境中超稳定的碳水化合物活性酶
科研 | 中科院梁超：森林恢复加速了土壤有机碳的积累：来自微生物标志物的证据
水生态环境
科研 | EnvironmentalMicrobiology ：高山湖泊区域群落组装驱动因素和微生物环境源对浮游细菌的影响
科研 | PNAS：淡水中微生物多样性和化学多样性共同影响生态系统功能
科研 | Nature Communications：相隔很远的碱水湖共享核心微生物群
科研 | Microbiome：宏基因组学揭示了水生生态系统中以噬菌体为中心的生态相互作用
科研 | 江南大学与中科院南京地湖所：物理、化学和生物因子驱动高原湖泊底栖细菌相对丰度沿水深梯度变化
科研 | Environmentalmicrobiology：细胞宏基因组揭示了深淡水湖中潜在的关键病毒-宿主相互作用
科研 | Nature Microbiology：细菌是沿海沉积物中二甲基磺酰基丙酸盐的重要生产者
科研 | BMC Biology：宏基因组和宏转录组揭示了西伯利亚苏打湖中微生物介导的硫循环（国人作品）
科研 | MT：16S rRNA基因扩增子深度测序揭示挪威水体中与粪便污染有关的水生微生物多样性
Environmental Microbiology | 近岸到近海沿海断面的微生物群落主要由距离和温度决定
科研 | PNAS:微生物生态系统动力学驱动海洋缺氧区氮损失的波动
科研 | Nature Communications：海洋酸化过程中海绵微生物组代谢潜能的变化
Microbiome | 中科院邓晔等人通过epicPCR技术揭示西藏咸水湖沉积物中硫酸盐还原原核微生物（SRP）多样性
Environmental Microbiology | 海洋细菌类群和功能基因中高度可变的mRNA半衰期
科研 | AEM：借助蛋白组学揭示赤潮异弯藻和东海原甲藻的功能差异
Nature | 全球变化使现代浮游生物群落有差别于其在工业化前的状态
ISME | 未培养的Nitrospina-like菌是海洋低氧区主要的亚硝酸盐氧化菌
ISME | 深海热液喷口环境中未培养微生物中的碳固定功能基因RubisCOs
Nature子刊: 海洋生物膜中隐藏的微生物多样性和功能潜力（国人作品）
Nature Reviews Microbiology | 水生态系统中病毒感染的代谢和生物地化循环作用
科研 | 在有/无凤眼莲的条件下大气CO2浓度升高对富营养化水体中氮循环的影响（国人作品）
Nature子刊 | 深海沉积物中与石油代谢相关的不可培养细菌与古细菌的代谢潜力
Science of the Total Environment | 新西兰峡湾原核和真核微生物群落结构受水深和位置的影响
ISME | 中科院杨军等探究真核浮游生物群落对蓝藻生物量循环的响应
mBio | 借助宏基因组技术探究沿海海洋沉积物中Loki-和Thorarchaeota生态作用和细胞特征
综述 | 下水管道中的意外栖息地，用于传播微生物群落及其在城市水域的印记
The ISME Journal | 副热带环流中浮游植物缓解营养胁迫的策略
Nature子刊 | 深海烃渗漏沉积物中非培养细菌和古菌的代谢潜力
科研 | 华南农业大学范兰芬&邹记兴等：淡水和海洋养殖环境下凡纳滨对虾肠道和沉积物的微生物群比较
水处理
Nature子刊 | 清华大学周集中等：污水处理厂细菌群落的全球多样性和生物地理学特征
科研 | WaterResearch：污水的可生物降解性决定了污水处理厂微生物的构建机制(国人作品)
科研 | WaterResearch：接种厌氧氨氧化污泥颗粒的三种废水处理系统中复杂的微生物氮转化网络(国人作品)
Water Research | 宏基因组学等技术揭示了污水处理反应器中的功能微生物及其代谢机制(国人作品)
Water Research | 宏基因组学揭示了在不同氮负荷速率下厌氧氨氧化反应器微生物群落的差异导致硝酸盐产量的差异
科研 | WaterResearch：高质量处理废水仍会引起自然微生物群落和intI1基因丰度的显著变化
科研 | WaterResearch：淡水和饮用水中的微塑料：数据质量的审查与评估
科研 | WaterResearch：温度对活性污泥系统中可溶性微生物特性，尤其是溶解性有机氮的影响
科研 | WaterResearch:医院和社区污水中E. coli与城市污水处理厂废水中E. coli的多样性和耐药性的比较
科研 |Chemosphere：宏基因组学方法揭示了改良序批式低温反应器强化营养去除的微生物群落结构和机制
ENVIRON SCI TECHNOL | 污水处理工艺减少废水中的有机微污染物和病原体含量：生菜和萝卜污染物吸收量的评价
ISME | 城市污水处理厂铜与有机物的络合抑制了古细菌硝化反应
EST | 宏基因组揭示了大型饮用水处理厂不同消毒策略对抗生素耐药性的影响(国人作品)
Chemosphere | 宏基因组学方法揭示了改良的序批式低温反应器中强化营养去除的微生物群落结构和机制(国人作品)
Nature communications/基于宏基因组学分析监测全球城市污水中的抗菌素耐药性
抗生素抗性
Ecotox Environ Safe | 猪场废水及周边河流抗生素抗性基因丰度与微生物群落抗性的相关性
Frontiers in Microbiology | 抗生素暴露期间物种间的相互作用和选择性的碳添加可以提高细菌的存活率
ISME重磅 | 氨的生产—抗生素之外链霉菌的另一种抗菌策略
mBio | 宿主特异的益生菌与抗生素在家禽成长发育中发挥相似作用
Microbiome | 宏基因组分析揭示了抗生素氟苯尼考对水产养殖环境中微生物组和抗性组的影响
Microbiome：口服抗生素增加了鱼类肠道中抗性基因的潜在流动性
Nature communications/基于宏基因组学分析监测全球城市污水中的抗菌素耐药性
Nature Microbiology | 抗生素引起的霍乱弧菌生物膜降解破坏了群落屏障功能
Nature microbiology | 细菌代谢状态比生长速率更准确地预测抗生素致死率
Science | 低收入和中等收入国家动物抗药性的全球趋势
Science子刊 | 囊性纤维化中，丝状噬菌体与慢性假单胞菌肺部感染及抗生素耐药有关
The ISME Journal |病毒是环境中抗生素耐药基因的主要宿主
科研 | ENVIRON INT：塑料是海洋环境中抗生素和金属耐药基因(ARGs和MRGs)的重要传播和扩散载体（国人作品）
科研 | Environment International：抗生素抗性从有机肥改良土壤到植物微生物组的转移
科研 | EnvironmentInternational：城市绿地的抗生素耐药性反映了工业分布的格局
科研 | Water Research：宏基因组揭示了家庭饮用水样品中的小型微生物的抗生素抗药性
科研 | 农药与抗生素相遇，是否会放大农药的生物毒性效应（国人作品）
科研 | 在土壤生物电化学修复中，细菌、真菌和古生菌之间相互作用的转移促进了抗生素和抗生素耐药基因的去除
科研 | 浙江大学陈红: 抗生素耐药性的流行与传播和人与水环境中微生物菌群的关系
浙大医学院陈志敏和应颂敏组合作：生命早期万古霉素的使用可促进气道炎症并损害菌群稳态
综述 | 中国科学院生态环境研究中心朱永官：土壤生物、抗菌素耐药与全球健康
污染
科研 | 中国科学院南京土壤研究所滕应、甘信宏等：土壤无机胶体赤铁矿影响多环芳烃微生物降解界面作用机制
科研 | Environmental Science& Technology：海洋塑料碎片定植和降解的候选细菌
科研 | Environment International：基于宏基因组学揭示河口沉淀物中细菌菌群对多环芳香烃的共代谢
科研 | CHEMOSPHERE：长期施用不同类型氮肥对水稻镉毒害及稻田镉污染土壤微生物群落的影响（国人作品）
科研 | 河海大学李轶:确定污染严重的城市河流垂直和水平剖面下微生物群落构建的驱动因子
SCI TOTAL ENVIRON | 中国中部城市土壤中微塑料的特点及其与重金属之间的相互作用关系（国人作品）
科研 | JHM：在受金属污染的盐渍土壤中，植物有益细菌和丛枝菌根真菌在植物修复中的潜力
Journal of Hazardous Materials | 植物有益菌和丛枝菌根真菌在修复金属污染的盐渍土壤的潜力
科研 | EP：中国西北干旱地区湖泊的水体、沉积物和生物膜中，金属抗性基因的形成主因是细菌群落而非金属（国人作品）
Microbiome | 海洋沉积物微生物群落的分类、功能和抗性多样性随污染梯度而变化
Bioresource Technology | 固体废弃物分解过程中细菌群落结构和代谢功能的演替
科研 | 树木，真菌和细菌：响应土壤污染的根际微生物的转录组学
科研 | Geoderma：豆科植物根际细菌群落的复杂性促使菲的降解
Environmental Pollution | 在石油烃类污染土壤的生物修复过程中，铅复合污染对土壤毒性评价和细菌群落的影响
科研 | 海底沉积物细菌群落对墨西哥原油泄露的烃类降解和响应。
Nature子刊 | 深海烃渗漏沉积物中非培养细菌和古菌的代谢潜力
Microbiome | 玉米合成苯并恶嗪类化合物对宿主相关微生物群的影响
科研 | 高静水压（HP）下低TCA循环速率阻碍了烃的降解，并使深海微生物群落降解石油成为可能！
方法学
科研 | Nature Communication：基于16S rRNA基因测序评估在种水平和菌株水平的微生物组分析
前瞻性 | Frontiers inMicrobiology: 土壤采样方案和采样密度对微生物多样性的检测结果存在影响
综述 | EnvironmentalMicrobiology：生物膜复杂群落中种间的异质相互作用的研究技术
视频 | 10分钟教你采集植物根际，土壤样本及其DNA的提取
科研 | Microbiome：扩增子和宏基因组测序方法的比较分析揭示了动物metaorganisms进化的关键特征
科研 | 2019年不做实验也能发文章？系统评价了解一下（国人作品）
时隔1月，Nature再发对人类肠道菌群中未培养基因组的新见解
视频 | 10分钟教你采集植物根际，土壤样本及其DNA的提取
视频 | 12分钟教你高效提取核酸，PCR扩增并了解16S rRNA基因测序全过程
一作解读Microbiome：所谓的“富集培养”获得的微生物真的都是被“富集”出来的吗？
Nature Methods | 利用重复抽样研究绝对微生物群丰度的时空异质性和干扰
视频 | 8分钟教你对小鼠口服抗生素并通过qPCR定量粪便细菌的方法！
科研 | Nature子刊：与培养法相比，扩增子测序在健康儿童中提供了更准确的微生物组信息
科研 | 结合基因组及肠道菌群的培养以改善宏基因组分析（IF：35.724）
GENOME BIOL | 结合宏基因组和可培养技术分离新型肠道双歧杆菌
Nucleic Acids Research | 使用AnnoTree交互式探索微生物生命之树
综述：一个可用于根据功能特性对活细胞进行分类的基于拉曼技术的自动化平台
EM | 对欧洲太平洋牡蛎在死亡事件爆发期间病理种群动态的评估：基于16S rRNA基因谱和新型靶向富集NGS测序
Nat. Rev. Genet. | 临床中的宏基因组学（IF: 41.465）
食品&农牧
科研 | 南昌大学熊涛：通过16S rRNA高通量测序，揭示了浆水、酸菜的细菌群落和组成
科研 | mSystems：云南农业大学赵明组整合多种宏组学技术揭示了传统普洱茶发酵的微生物组
Nature Communications | 链霉菌、草莓和授粉蜜蜂的相互作用
Microbiome | 中山大学曹理想和张仁铎等：香蕉工程内生菌提升香蕉枯萎病抗性
Food Microbiology | 高通量测序法研究腐乳生产过程中细菌和真菌群落及其动态变化（国人作品）
Food Chemistry ∣不同微生物发酵剂发酵大豆的代谢产物差异性表达
首株以“老窖”命名的新菌株从百年窖泥中分离，“老窖出好酒”多了一项科学依据
科研 | Food Microbiology ：冷藏条件下苜蓿和绿豆芽细菌群落的动态变化
Food Research International | 韩国寺庙泡菜发酵过程中细菌多样性的研究
INT J FOOD MICROBIOL | 16S rRNA高通量测序揭示浆水菜、酸菜的细菌群落及组成
科研 | 麦草生物炭改良鸡粪堆肥过程中真菌多样性的动态变化及与环境因素之间相互作用关系（国人作品）
Food Microbiology | 采用依赖和非依赖培养的方法探究中国豆瓣酱发酵期间的理化性质和微生物群落动态
空气
科研 | PNAS：宏基因组学揭示了热带空气生态系统中的微生物群落遵循一个精确的循环
The ISME Journal | 微生物氧化大气中的一氧化碳是维持其生存的普遍方式
Frontiers in Microbiology | 东京上空空气细菌群落的季节性变化与当地气象因子的影响