2020单细胞天地年度推文汇总

天地风霜尽，乾坤气象和；
历添新岁月，春满旧山河。
梅柳芳容徲，松篁老态多；
屠苏成醉饮，欢笑白云窝。

新的一年马上到了，在此做一个小小的总结。也祝各位朋友在辛丑年牛转乾坤，巨噬成纤维，Happy NewYear；如虎添翼，投稿即见刊，新的一年，愿世间美好与你环环相依。2020一年度单细胞天地累计原创推文218篇，再次感谢各位小编的辛苦付出。累计新增关注人数10225。关注人数的增多，也预示着单细胞技术的火热。下面我将这一年来的推文进行了一个分类汇总，也方便大家收藏学习。（注：数据统计自2020年1月25日-2021年2月11日）

首先是入门基础篇

• 单细胞测序基础知识

• 单细胞转录组数据处理之上游分析流程

• 说清楚你的单细胞转录组课题多少个样品，测序数据量如何

• 过滤不合格细胞和基因（数据质控很重要）

• 过滤线粒体核糖体基因

• 去除细胞效应和基因效应

• 单细胞转录组数据处理之降维聚类分群

• 单细胞转录组数据处理之细胞亚群注释

• 单细胞转录组数据处理之细胞亚群继续分群

• 单细胞转录组数据处理之细胞亚群比例比较

• 实战出真知——单细胞基础流程

• 单细胞转录组基础分析一：分析环境搭建

• 单细胞转录组基础分析二：数据质控与标准化

• 单细胞转录组基础分析三：降维与聚类

• 单细胞转录组基础分析四：细胞类型鉴定

• 单细胞转录组基础分析五：细胞再聚类

• 单细胞转录组基础分析六：伪时间分析

• 单细胞转录组基础分析七：差异基因富集分析

• 单细胞转录组基础分析八：可视化工具总结

进阶篇

• 单细胞进阶数据分析技巧一网打尽

• 单细胞转录组高级分析一：多样本合并与批次校正

• 单细胞转录组高级分析二：转录调控网络分析

• 单细胞转录组高级分析三：细胞通讯分析

• 单细胞转录组高级分析四：scRNA数据推断CNV

• 单细胞转录组高级分析五：GSEA与GSVA分析

• 单细胞转录组高级分析六：TCGA生存分析

• 单细胞转录组高级分析七：整合scATAC数据

• 单细胞转录组高级分析八：整合V(D)J数据

单细胞空间转录组

元旦前后，我们持续推出了一系列单细胞空间转录组的内容。均已收录于 #空间分析 这个话题，欢迎大家订阅

• 空间信息在空间转录组中的运用

• 10X Visium:空间转录组样本制备到数据分析

• 空间基因表达解决方案

• scanpy教程：空间转录组数据分析

• Giotto|| 空间表达数据分析工具箱

• SPOTlight || 用NMF解卷积空间表达数据

• stLearn ：空间轨迹推断

• 应用空间统计学分析空间表达数据

• 纵论空间转录组前世今生

• 什么样的组织适合做空间转录组？

• spotBinning 在空间数据中的应用

• SpatialExperiment || 空间数据管理

• 用ImageJ处理空间成像数据

• 用BayesSpace提高分群和基因分辨率

• STUtility || 空间转录组多样本分析框架（一）

• STUtility || 空间转录组多样本分析框架（二）

• trendsceek || 识别基因空间表达趋势

• 空间转录组如何寻找感兴趣区域（ROI）

• SPATA：基因集驱动的空间转录组分析框架

• 空间转录组听课收获

CNS图表复现

• CNS图表复现01—读入csv文件的表达矩阵构建Seurat对象

• CNS图表复现02—Seurat标准流程之聚类分群

• CNS图表复现03—单细胞区分免疫细胞和肿瘤细胞

• CNS图表复现04—单细胞聚类分群的resolution参数问题

• CNS图表复现05—免疫细胞亚群再分类

• CNS图表复现06—根据CellMarker网站进行人工校验免疫细胞亚群

• CNS图表复现07—原来这篇文章有两个单细胞表达矩阵

• CNS图表复现08—肿瘤单细胞数据第一次分群通用规则

• CNS图表复现09—上皮细胞可以区分为恶性与否

• CNS图表复现10—表达矩阵是如何得到的

• CNS图表复现11—RNA-seq数据可不只是表达量矩阵结果

• CNS图表复现12—检查原文的细胞亚群的标记基因

• CNS图表复现13—使用inferCNV来区分肿瘤细胞的恶性与否

• CNS图表复现14—检查文献的inferCNV流程

• CNS图表复现15—inferCNV流程输入数据差异大揭秘

• CNS图表复现16—inferCNV结果解读及利用

• CNS图表复现17—inferCNV结果解读及利用之进阶

• CNS图表复现18—细胞亚群的比例展示

• CNS图表复现19—多时间点取样的病人个免疫细胞亚群动态变化探索

• CNS图表复现20—第三次分群，以T细胞为例

Seurat

• Seurat4.0|| 单细胞多模态数据分析启示录

• Seurat 4.0 || 单细胞BMNC多模态参考数据集

• Seurat 4.0 || 单细胞PBMC多模态参考数据集

• Seurat 4.0 || WNN整合scRNA和scATAC数据

• Seurat 4.0 || 分析scRNA和膜蛋白数据

• Seurat 4.0 ||单细胞多模态数据整合算法WNN

• Seurat 4.0 ||您的单细胞数据分析工具箱上新啦

• Seurat包基本分析实战—文献图表复现

• Seurat教程 || 分析Cell Hashing数据

• Seurat小提琴图为什么有的只有点儿？

• Seurat教程上新||Mixscape : 用多模态单细胞数据筛选免疫检查点

• Seurat3教程: 自定义降维方法MDS

• 基于Seurat结果推断单细胞群肿瘤纯度之ESTIMATE

• 10X单细胞转录组理论上有3个文件才能被读入R进行seurat分析

• 单细胞免疫组库数据分析||Seurat整合单细胞转录组与VDJ数据

• Seurat包的findmarkers函数只能根据划分好的亚群进行差异分析吗

细胞间通讯

• 细胞通讯分析的背景知识

• cellphonedb 及其可视化

• 细胞通讯分析结果的解读

• RcisTarget || 从基因列表到调控网络

• CellChat作者开讲啦！

• 单细胞相互作用分析原理和应用

• CellChat：细胞间相互作用分析利器

• 细胞通讯-iTALK使用方法

单细胞分析相关知识点

• 过滤线粒体基因表达过高的细胞

• 单细胞数据中到底应该如何处理线粒体基因

• 大型单细胞数据分析解决方案

• 标准是需要因地制宜的

• 那到底该如何因地制宜呢

• 单细胞转录组研究的同时也可以加上传统bulk转录组

• 自己没有测bulk转录组数据难道不会找公共数据吗

• 单细胞转录因子分析之SCENIC流程

• 单细胞学习之细胞周期分析

• Scanpy进行单细胞分析及发育轨迹推断

• 分裂期的细胞分析时需要过滤吗？

• 单细胞病毒载量检测原理｜单细胞转录组技术应用

• 非正常数据读取——之仅有bam文件

• 快速可视化高表达基因的实现

• 隐藏在PC轴中的秘密

• 探索人类肠道免疫细胞图谱

• 细胞身份何以在分裂中得以保持？

• IRIS3 ：细胞类型特异的调节子分析框架

• 单细胞可以测 ecDNA吗？

• TISCH || 肿瘤免疫单细胞中心

• AUCell：在单细胞转录组中识别细胞对“基因集”的响应

• Network在单细胞转录组数据分析中的应用

• scHLAcount || 单细胞转录组HLA等位基因分析

• 提高单细胞分析准确度的工具之一：Self-assembling manifolds

• singleR的7个数据库文件下载失败的解决方案

• 单细胞测序如何指导临床问题？看这篇paper就够了

• 单细胞实验也了解一下？让细胞计数更加准确的7个步骤

• 单细胞交响乐8-marker基因检测

• 单细胞交响乐7-聚类分群

• 单细胞交响乐6-降维

• 单细胞交响乐5-挑选高变化基因

• 单细胞交响乐4-scRNA的归一化

• 单细胞交响乐3-scRNA的细胞质控

• 单细胞交响乐2-scRNA从实验到下游简介

• 单细胞交响乐1-理解scRNA常用数据结构

• 这可能是我见过的最草率的单细胞分群了

• R函数实现单细胞StackedVlnPlot

• Cell Ontology:解析细胞类型新维度

• 定量免疫浸润在单细胞研究中的应用

• 细胞图谱合集

• 如何读取单细胞数据

• 单细胞转录组数据分析||Seurat并行策略

• 是否是免疫细胞很容易区分那是否是肿瘤细胞呢？

• 单细胞小提琴图自己画

• 如果你的单细胞转录组项目只有一个稀疏矩阵如何下游分析呢

• BatchBench比较scRNA批次矫正方法

• 特殊物种cellranger基因组质量评估

• 10X Cell Ranger ATAC 算法概述

• sc-ATAC-seq细胞类型注释策略

• Smart-Seq2建库原理

• 看再多再诚意满满的综述，也不如你自己翻译

• 10X单细胞3'转录组建库原理

• 处理单细胞? Bioconductor就够用了

• 单细胞技术梳理（四）

• 单细胞转录组技术梳理（三）

• 单细胞转录组技术梳理（二）

• 单细胞转录组技术梳理（一）

• 单细胞数据质控-双细胞预测-scrublet使用教程

• 一文了解单细胞基因调控网络（GRN）

• 单细胞转录组数据分析并不一定要过于个性化

• scanpy教程：使用ingest和BBKNN整合多样本

• scanpy教程：PAGA轨迹推断

• scanpy教程：预处理与聚类

• 热图在单细胞数据分析中的应用

• 一文了解TooManyCells

• 桑基图在单细胞数据探索中的应用

• 你想在笔记本上跑CellRanger么?

• 庚子鼠年春单细胞直播潮观后

• dyno使用教程--1个R包实现59种单细胞轨迹推断分析

• SCENIC | 以single-cell RNA-seq数据推断基因调控网络和细胞功能聚类

• 即使你想研究的物种没有参考基因组也可以做单细胞转录组

• 生信工程师的自我修养

• 不同批次矫正方法的比较分析

单细胞免疫组库

• scRepertoire||单细胞免疫组库分析：R语言应用(一)

• scRepertoire||单细胞免疫组库分析：R语言应用(二)

• 10X Genomics单细胞免疫组库VDJ分析必知必会

• 使用igblast进行免疫组库分析

• 使用MiXCR进行免疫组库分析

• 认识免疫组库测序数据

单细胞技术进展

• 单细胞技术画像一览

• 期待单细胞工具的大浪淘沙;洗尽铅华

• 单细胞技术在临床上的应用方向

• 单细胞数据科学的十一个重大挑战

• 举一反三 | 总结单细胞文章分析框架及软件

• 单细胞RNA测序综述汇总—肿瘤研究的新工具

• 你想了解的国家自然基金单细胞项目统计分析

• 单细胞项目有哪些--2019

• 单细胞项目有哪些--2018

• 单细胞项目有哪些 — 2017

• 单细胞项目有哪些—2016

文献阅读

文献阅读是必不可少的。来看看我们这一年度的成果，扩充下知识面吧！

• 万字长文+诚意满满 | 单细胞转录组分析最佳思路综述

• 综述：高维单细胞RNA测序数据分析工具（上）

• 综述：高维单细胞RNA测序数据分析工具（中）

• 综述：高维单细胞RNA测序数据分析工具（下）

• 多组学揭示COVID-19发病机制中的代谢调节异常

• scRNA-seq分析鉴定半月板祖细胞并揭示半月板变性的进展

• 癌症起源和治疗中的细胞死亡

• ENCORE 单细胞聚类新算法

• MOF乙酰基转移酶的时空表达启动转录因子网络调控红系命运

• 单细胞测序揭示小鼠纤维化肺部的fibroblast异质性

• 单细胞转录组分析揭示胚胎毛囊发育过程中的真皮、表皮细胞命运

• 单细胞蛋白质组学 | SCoPE-MS

• 单细胞测序在肿瘤异质性以及CTC耐药中的探究与应用

• 以毛玻璃样结节为特征的肺腺癌单细胞转录组图谱

• 单细胞测序揭示小鼠皮肤炎症中多种免疫反应

• SCCAF 单细胞聚类评估框架

• 通过单细胞RNA序列揭示乳腺癌的功能异质性

• 单细胞分析揭示结肠癌髓系靶向治疗机制

• 一千个读者心中有一千个哈姆雷特

• 月经周期过程人类子宫内膜的单细胞转录图谱

• Ebf1缺陷的MSC能引发HSCs潜能的持续改变

• 六个样本的单细胞数据如何发一篇10分以上的文章

• 原汁原味读 | 单细胞肿瘤免疫图谱

• 单细胞技术揭示成纤维细胞异质性及其鉴定和区分特性

• Nature综述|骨骼发育与修复的机制

• 人骨髓（BM）和脐血（UCB）单细胞转录组揭示红细胞连续分化的调控因子

• 以复现图表的方式来学习一篇文章

• 单细胞技术研究小鼠胚囊发育

• 你到底想要什么样的umap/tsne图?

• 13种人体组织的单细胞RNA测序鉴定人类冠状病毒感染的细胞类型和受体

• Hedgehog在伤口愈合过程中通过制造可被诱导的真皮促进HF新生

• COVID-19患者恢复阶段的单细胞免疫图谱

• COVID-19病人支气管免疫细胞单细胞测序分析

• 长期限制卡路里的摄入可以延缓衰老吗？

• 阿兹海默症和小胶质细胞：人和小鼠脑细胞核转录组测序

• 魔鬼与天使：CD4 +效应记忆性T细胞在生命早期促进肠道发育并介导炎症

• 多组学技术揭示人视网膜调控动力学

• 文献分享——NCB-干细胞移植早期的"黑匣子"

• 单细胞分析揭示葡萄膜黑色素瘤新的进化复杂性

• 致癌物（HPV-）和病毒介导的（HPV +）HNSCC免疫图谱

• 单细胞测序揭露小细胞肺癌化疗后瘤内异质性

• 青春期睾丸发育的动态转录细胞图谱

• 单细胞助力分析靶向治疗药物性超敏反应综合征

• 使用scHCL探索单细胞转录组细胞类型

• 溃疡性结肠炎患者的细胞内和细胞间重排

• 胃癌前病变和早期胃癌的单细胞转录组研究

• 细菌性败血症的免疫细胞特征

• 单细胞多组学联合分析鉴定鼠乳腺上皮新调节细胞

• 单细胞转录组揭示人类胚胎肠道发育过程中自噬相关的基因动态表达

• 单细胞转录多样性是发育潜能的一个标志

• 单细胞谱系分析重建人类肺末梢祖细胞分化过程

• 解码人胎儿肝脏造血功能

• 文献分享——SingleR包来源

• 头颈癌免疫状况研究

HBC课程学习

• 单细胞RNA-seq分析介绍

• 单细胞RNA-seq的设计和方法

• 从原始数据到计数矩阵

• 基因表达差异分析前的准备工作

• scRNA-seq—读入数据详解

• scRNA-seq—质量控制

• 质量较差样本的QC

• 为什么需要Normalization和PCA分析

• scRNA-seq聚类分析(一)

• SCRNA-seq聚类分析（二）

• scRNA-seq Clustering

• scRNA-seq Clustering(二)

• scRNA-seq Clustering quality control

• scRNA-seq Clustering quality control（二）

• scRNA-seq marker identification(一)

• scRNA-seq marker identification(二)

• DESeq2差异表达分析

• DESeq2差异表达分析(二)

资料&福利分享

• 新春福利一

• 新春福利二

• 新春福利三

• 新春福利四

• 新春福利五

• 北大李程老师的基因组学分析课程

• Analysis of RNA-Seq Data

• Single cell RNA-seq analysis workshop

• 学习资料推荐—LCBC单细胞课程

• 加州大学圣地亚哥分校的7门生物信息学公开课（让你一次性学个够）

• 剑桥大学5天功能基因组培训课程全套资料（含单细胞转录组）

• 美国辛辛那提大学的商业分析专业R语言

• 华盛顿大学8天的生物信息学培训全部资料大放送

• 影像组学教学视频

• 什么，腾讯课堂的免费单细胞公开课录屏马上就要删除了

• 两年过去了，你们的单细胞文章终于发出来了

• 不仅仅是单细胞转录组，更有单细胞ATAC-seq教程

• Single cell RNA-seq data analysis with Chipster course

• Single cell RNA-seq data analysis with R

• 5天单细胞转录组培训仅需300欧元而且是包食宿哦

• 一大波CNS级别单细胞文章等你来读

其他

• 号外！号外！单细胞天地logo换新啦

• 2020也不差-单细胞天地编辑团队全体成员有话说

• 欢迎加入生信技能树小圈子

• 什么，SRA测序数据要收费了

• 为什么同样的人类病人遗传隐私保护政策各个科学研究团队遵守情况不一样

新春系列预告

春节不打烊，后面我们持续更新一个“单细胞时代”，来作为开年系列。敬请期待！

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如果你对单细胞转录组研究感兴趣，但又不知道如何入门，也许你可以关注一下下面的课程

• 2021生信学习班起航，先送福利

• 96核心384G内存的超级服务器(共享)使用权一年

看完记得顺手点个“在看”哦！

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