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文章题目：

Exploring and comparing of the gene expression and methylation differences between lung adenocarcinoma and squamous cell carcinoma（DOI: 10.1002/jcp.27240）

文章摘要：

肺癌是世界上最常被诊断出的恶性肿瘤之一，也是癌症相关死亡的主要原因，而由两种亚型组成的非小细胞肺癌：肺腺癌（LUAD）和鳞状细胞癌（LUSC）负责估计占所有肺癌的85％。目前的研究旨在探索LUAD和LUSC之间的基因表达和甲基化差异。 EdgeR用于鉴定分别从癌症基因组图谱（TCGA）提取的LUAD和LUSC中正常和癌症之间的差异调节基因，而SAM用于在LUAD和LUSC中发现正常和癌症之间具有差异甲基化的基因。 。最后，进行了京都基因和基因组百科全书（KEGG）富集分析，分析了这些基因富集的功能。共获得了LUAD和LUSC中具有相反甲基化模式的391个基因和4个功能途径（错误发现率（FDR） ）<0.1）。这些途径主要包括脂肪消化和吸收，苯丙氨酸代谢，胆汁分泌等，这些都与机体营养代谢途径有关。此外，还发现了两个基因CTSE（组织蛋白酶E）和溶质载体家族5成员7（SLC5A7），其中CTSE在LUAD中过表达和低甲基化，对应于正常肺组织，而SLC5A7在LUAD中显示相反的情况。总之，本研究调查了LUAD和LUSC中基因表达和甲基化模式之间的差异，并探讨了它们的不同生物学特征。进一步了解这些差异可能会促进肺癌预防，诊断和治疗的新的，准确的策略的发现和发展。

这篇文章的思路：

1、从TCGA上下载LUAD和LUSC的RNAseq数据和甲基化数据

2、分别对肺腺癌和肺鳞癌的RNAseq数据和甲基化数据进行差异分析

3、LUAD与LUSC中甲基化程度相反的391个基因进行KEGG功能富集分析。

4、筛选到两个基因（CTSE在LUAD中表达上调和低甲基化程度，而在LUSC表达下调和超甲基化程度；SLC5A7在LUAD中表达下调和超甲基化程度，而在LUSC表达上调和低甲基化程度）

4、对CTSE的甲基化水平进行生存分析

5、CTSE甲基化位点进行cox回归分析

文章中出现的图：