通路绘制软件介绍:PathwayMapper
昨天我们介绍了两个基于现成数据库来可视化通路的工具。同时也说到这两个工具有两个不好的地方:1. 数据结果到处是png格式的;2.通路会显示所有相关的基因,有可能会造成可视化信息的混淆。这个时候其实最好的就是自己来绘制通路图,所以这两天就给大家介绍了几个自定义可视化通路的工具。今天就介绍这个PathwayMapper(https://www.pathwaymapper.org/)吧。
对于通路的可视化,我们最常见的时候通过类似logFC这类的数据来进行基因的标注。但是对于突变的数据,也是可以标注的通路上的。例如下面这个图。
对于这个数据库的时候,作者团队在youtube上传了很详细的使用视频。这里我们就搬运过来,有需要了解的话,可以直接的看视频即可。
以上就是这个通路绘制工具的基本用法,如果有绘图通路的需要的同学可以试一下哈。对于这类的工具,这个只是可以画一些简单的通路图,但是对于通路当中的修饰比如磷酸化这些的,这个网站就不能标注出来了。如果想要在通路当中把修饰情况标注出来,可以参考我们明天的帖子哈。
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