通路绘制软件介绍:PathwayMapper

昨天我们介绍了两个基于现成数据库来可视化通路的工具。同时也说到这两个工具有两个不好的地方:1. 数据结果到处是png格式的;2.通路会显示所有相关的基因,有可能会造成可视化信息的混淆。这个时候其实最好的就是自己来绘制通路图,所以这两天就给大家介绍了几个自定义可视化通路的工具。今天就介绍这个PathwayMapper(https://www.pathwaymapper.org/)吧。

对于通路的可视化,我们最常见的时候通过类似logFC这类的数据来进行基因的标注。但是对于突变的数据,也是可以标注的通路上的。例如下面这个图。

对于这个数据库的时候,作者团队在youtube上传了很详细的使用视频。这里我们就搬运过来,有需要了解的话,可以直接的看视频即可。

以上就是这个通路绘制工具的基本用法,如果有绘图通路的需要的同学可以试一下哈。对于这类的工具,这个只是可以画一些简单的通路图,但是对于通路当中的修饰比如磷酸化这些的,这个网站就不能标注出来了。如果想要在通路当中把修饰情况标注出来,可以参考我们明天的帖子哈。

(0)

相关推荐

  • 收藏贴之一 | 写过热图工具的人,给你理清热图数据标准化

    写在前面 热图,或称热力图,是外文 Heatmap 的直译.在几乎所有数值分析相关工作中都可以看到.生物信息学数据,自然躲不过.无论是形态数据,还是基因拷贝数数据,或是基因表达量,都可以使用热图来进行 ...

  • 把可视化放到年终报告里,到底有多赞?

    "小张啊,年底了,要对过去一年的事情做个总结了,你个人做了什么,为企业做了什么,企业的数据上有哪些增长,我希望你能以新颖的形式汇报出来." 新颖的方式?我想了半天,只想到了可视化大 ...

  • 技术贴 | MetaboAnalyst 4.0,代谢组学研究利器的升级

    本文由面瘫的猫编译,董小橙.江舜尧编辑. 原创微文,欢迎转发转载. 导读 MetaboAnalyst是一款基于网络的用于代谢组学数据分析.注释,并整合其他组学数据的工具套件.本文介绍了这一实用工具的更 ...

  • 大佬出品的可视化工具,推荐一下

    官网:www.youquhome.cn 今天给大家推荐一款由蚂蚁金服的可视化团队出品的在线图表制作工具,为啥推荐这个,因为它太良心了,无需注册,打开即用,操作简单,免费! 图表魔方 网址:https: ...

  • 通路可视化软件介绍

    在昨天介绍的KEGG数据库当中,我们可以看到,对于基因通路的可视化,最简单的就是通过类似流程图一样的形式来进行可视化的.例如下面的自噬通路图.

  • 管道单线图(轴测图)绘制与管理软件 管道单线图绘制软件

    怎么用pipeline diagram studio pro软件画单线图 如果你喜欢简单有效而小巧的工具,如果你需要的不仅仅是绘图还需要将图纸进行归类管理,如果你希望将近1000 张图纸按照工程结构集 ...

  • 多种组态软件介绍及优缺点

    多种组态软件介绍及优缺点

  • 学术干货 | Endnote 系列之软件介绍及基本功能演示(附带大招)

    文献管理还在用文件夹?那你就out了! 小编之前听同学讲过一个故事:某"老板"自从被学生教会了Endnote之后,每次实验室来了新学生,都要说:"嘿嘿嘿,Endnote好 ...

  • 音乐人练功 5个实用网站/软件介绍

    写歌遇到困难的话可以先缓一缓,说不定网络上有好用工具可以帮你解决难关 想让自己更加进步,需要反复的练习与改进 做音乐亦是如此,除了知识更需要实战练习! 或许你没办法长时间在工作桌前制作音乐,让自己累积 ...

  • 2009年:国内常见的PKM工具软件介绍

    PKM 2   PKM2 是基于内容的个人知识管理系统,它可以将您看到的所有文字.图片信息全部转储为 HTML 格式文档保存到数据库中.这些信息包括:你的笔记.网上的网页内容.本地机器里的文档内容.P ...

  • 一款好用的气泡图绘制软件

    气泡图即以气泡形状(不同大小的圆圈)为主展示信息的图示.可用于展现思维发散的过程,也可与坐标系结合展现多变量关系,整理人物关系,统计数据等,具有较为广泛的应用. 气泡图软件 传统的气泡图借助思维导图发 ...

  • 收藏!超好用的国自然流程图绘制软件,科室主任都在用!

    周末了,小编想着该给你们发点什么福利呢!聪明的我灵机一动,想到了最近同事和我说的很火的一款国自然流程图软件EdrawMax,火速给你们带来了最新的下载安装教程. 什么是Edrawmax,现在就带你研究 ...

  • 流程图绘制软件 | EdrawMax 10.5.2 下载和安装教程

    软件介绍 亿图图示是一个简单易用的图形表达工作台,既能实现流程图.架构图.工程图.思维导图等数百种专业领域图形图表的绘制,又能提供一个白板进行头脑风暴和任意编排,轻松实现数据和创意的可视化呈现.支持W ...