MAC版: 保姆式SRA Toolkit下载原始数据

 本期和大家分享糯米饭在使用SRA Toolkit下载NCBI-SRA原始数据的一些Tips，时间宝贵，直接上干货。

1.明确Project：SRP119720，打开浏览器，输入：

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/study/?acc=SRP119720&o=acc_s%3Aa

2.下载：Accession List「获得SRR_Acc_List.txt」；其打开后格式如下「糯米饭使用的是TextMate软件」当然你用其他的txt编辑器也是可以的；

3.安装SRA Toolkit软件

  • 打开浏览器，输入

https://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi?view=software

  • 点击MacOS 64 bit architecture后下载得sratoolkit.2.9.6-1-mac64.tar.gz

  • 鼠标双击sratoolkit.2.9.6-1-mac64.tar.gz后解压

4.安装Aspera connect

  • 打开浏览器，输入

https://downloads.asperasoft.com/connect2/

  • 点击Download Aspera Connect 3.9.9「按步骤下载安装」

  • 鼠标双击IBMAsperaConnectInstallerOneClick-3.9.9.177872.dmg「安装」

5.添加Aspera connect在终端中路径「建议先学Linux中vim编辑和环境变量」

  • 打开终端

  • 输入

vim ~/.bashrc

  • 光标向下移动，按下键盘i「进入insert模式」

  • 复制

export PATH=/Users/apple/Applications/Aspera\ Connect.app/Contents/Resources:$PATH

  • 按下键盘ESC「进入安全模式」

  • 输入:wq后回车「保存」

  • 输入

source ~/.bashrc

  1. 改变SRA Toolkit软件下载默认路径『Optional』

若不修改，则下载到~/ncbi/public/sra 目录下

  • 打开终端

  • 进入sratoolkit中bin文件夹：输入

cd /Users/apple/Desktop/sratoolkit.2.9.6-1-mac64/bin./vdb-config -i

  • 按上下键移动，到Change，回车后选择对应的目录『该目录必须为空』，移动到Save回车后，移动到Exit回车

7.开始下载原始数据

  • 打开终端

  • 输入

for sample in $(cat /Volumes/RNAseq/SRP119720/SRR_Acc_List.txt) ; do /Users/apple/Desktop/sratoolkit.2.9.6-1-mac64/bin/prefetch ${sample} done

  • 解释：

    /Volumes/RNAseq/SRP119720/SRR_Acc_List.txt「放置SRR_Acc_List.txt文件的绝对路径」

    /Users/apple/Desktop/sratoolkit.2.9.6-1-mac64/bin「放置sratoolkit软件的绝对路径」

  • 然后你的电脑就开始嗖嗖嗖地下载原始数据啦~~

    • 编辑：糯米饭

    校审：糯米饭

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