坑5 WSL下使用bowtie2 建立基因组索引

首先，下载所需物种的参考基因组

大概可以去

UCSC   http://www.genome.ucsc.edu/

或者

ensembl   http://asia.ensembl.org/index.html

等等……

放官方的bowtie2的使用手册的索引部分 链接如下：

http://bowtie-bio.sourceforge.net/bowtie2/manual.shtml#the-bowtie2-build-indexer

建议新建一个环境在新环境内操作……

当然你不想也没关系。

看图：

先进入自己新建的环境。环境名字自己取……

再进入windows的硬盘读取文件……

先找一个磁盘空余空间大的磁盘新建一个文件夹，名字自己取。

进入这个新建文件夹

运行命令如下：

bowtie2-build /mnt/d/参考DNA/Danio_rerio.GRCz11.dna.toplevel.fa/Danio_rerio.GRCz11.dna.toplevel.fa sb

bowtie2-build为bowtie2建立索引的命令 一个空格后接下载好的参考基因组的具体路径 一个空格后加上你想为生成索引命的名字即可

成功后会生成四个文件……

如图：

建立完毕。