万历皇帝聪明而敏锐，他自称早慧似乎是有根据的

自张居正死后，朱翊钧开始通过向各地征收矿税银的方式，增加内库的内帑。在此以前，内库主要收入为金花银，即依靠南直隶地区的田赋。不过，内库所有收支最终仍由户部负责，并对皇帝的使用进行严格的干预和管理。矿税银除补贴内帑用于宫廷膳食以外，更多则用于国家开支，尤其是边镇用钱。

万历二十年（公元1592年）十一月初四日，甘肃巡抚田乐上疏，因河西地区边疆用兵，需数十万钱粮，请拨内帑，朱翊钧批复同意。

万历二十七年（公元1599年）十二月十二日，户部因京师库银减少，边饷告急，奏请拨内帑，朱翊钧虽然责怪户部未提前做好库银储备，并且不要因为有内帑而有恃无恐，但是，仍迅速拨发内府库银救急。

万历三十一年（公元1603年）四月，户部更是因北部边疆兵饷告急，请拨内帑百万两，朱翊钧最顾及边情，所以，同意照数拨用。

另外，含矿税银的内帑也用于国家救灾，如万历二十二年（公元1594年）三月初九日，因河南饥荒，拨内帑三万三千两用于赈灾。

学校为养士基地，“人才所系”。为了培养新的人才，万历二年（公元1574年），朱翊钧命令吏部严格选用提学官。次年三月，张居正进呈《请申旧章饬学政以振兴人才疏》，提出选用提学官和整顿学校的十八条方案。朱翊钧以为“深切时弊”，下诏命“各官着实遵行”，并大量裁减府、州、县学的学生数。

在明代，“科举必由学校”。人口不断增加，学校招生人数反而减少，不但与社会发展大势背道而驰，对于那些追求功名利禄者更是当头一棒。朱翊钧还根据张居正的建议，诏毁天下书院，迫害士人，实行文化专制。这些都是倒退行为，所以，一开始就遭到激烈反对，难以贯彻执行。

张居正本人更为此付出了沉重代价：大邑士子多怨之，或谓他“千虑一失，在汰郡县诸生”，成为后来惨败的祸根之一。

朱翊钧是明代在位最久的皇帝。明代历史中以万历纪元的时间，持续将近四十八年之久。朱翊钧在位期间，前十年奋发图强，中间十年由勤变懒，最后近三十年“万事不理”。

他的主要特征：贪酒、贪色、贪财而又贪权，始终“魁柄独持”，可谓操权有术，从这一点说，他不是一个庸人。但是，他又缺乏明太祖、明成祖那样的雄才大略。他即位于十六世纪七十年代初，终于十七世纪二十年代。当时，正是整个世界处于翻天覆地的大变动时期。中国封建社会也已经发展到晚期，“天崩地裂”，新的生产关系开始萌芽，生产力有了巨大发展，也同样处于由古代社会向着近代社会转型的剧变前夜。

在这个历史的大变动中，由于几千年中国封建制度的顽症根深蒂固，加上他沉溺酒色、财货的心理病态，非但未能使中国跟上世界新潮流，迎来新时代的曙光，相反，在他的手里把明朝推向绝境，加快了其终结的历史进程。

《明史》评论：“神宗冲龄践阼，江陵秉政，综核名实，国势几于富强。继乃因循牵制，晏处深宫，纲纪废弛，君臣否隔。于是小人好权趋利者驰骛追逐，与名节之士为仇雠，门户纷然角立。驯至悊、愍，邪党滋蔓。在廷正类无深识远虑以折其机牙，而不胜忿激，交相攻讦。以致人主蓄疑，贤奸杂用，溃败决裂，不可振救。故论者谓明之亡，实亡于神宗，岂不谅欤。”

而当时的朝鲜使臣却对神宗评价颇高，许篈这样称赞神宗皇帝：“今日臣等望见天威甚迩，龙颜壮大，语声铿锵。”朝鲜使臣对万历皇帝执政前期的勤政，是极为称道的：“因闻皇上讲学之勤，三六九日，则无不视朝，其余日则虽寒暑之极，不辍经筵。四书则方讲孟子，纲目至于唐纪，日出坐殿，则讲官立讲。讲迄，各陈时务。又书额字，书敬畏二字以赐阁老，又以责难陈善四字，赐经筵官，以正己率属四字，赐六部尚书，虚心好问，而圣学日进于高明。下怀尽达，而庶政无不修，至午乃罢，仍赐宴于讲臣，宠礼优渥云。呜呼！圣年才至十二，而君德已著如此。若于后日长进不已，则四海万姓之得受其福者。”

著名历史学家范文澜评价：“神宗亲政以后，独揽大权，怠于政事而耽于享乐，日益挥霍侈靡，不知遏止。”

崔瑞德《剑桥中国明代史》评论：“万历皇帝聪明而敏锐；他自称早慧似乎是有根据的。他博览群书；甚至在他最后的日子里，在他已深居宫廷几十年，并已完全和他的官吏们疏远了时，按照他时代的标准，他仍然博闻广识。”