基迪奥云平台工具
想要展示样本的基因/物种丰度,除了可以绘制热图和柱状图外,circos图也可以实现哦,联川生物云平台可以只需要上传一张丰度表格即可轻松绘制,还有其他更多应用场景供您探索。
云平台网站:https://www.omicstudio.cn/tool/50
1.打开云工具
首先打开联川生物云平台circos云工具:
https://www.omicstudio.cn/tool/50,选择cirocs绘图-丰度表类型。
2.上传数据
打开工具是默认使用示例数据,如果需要使用自己的数据进行图片绘制,需要先取消使用示例数据,然后点击上传文件,上传的文件必须是 xlsx 格式
示例表格格式如下,可以点击下载图标查看示例数据格式。
3.完成绘图
点击开始绘图按钮,稍等片刻即可完成图片绘制。
4.细节调整
输入表格的行和列分别对应着cirocs图的左右两侧,参数框内,可以选择分别修改左右文本的字号、方向和位置。
(1)字号调整:例如可以选择将左侧文本字号调大,然后点击开始绘图。
(2)文本方向调整:例如可以将左侧文本修改为垂直方向,点击开始绘图,条目过多时水平文本或许会出现文字遮挡,此时建议选择垂直方向。
(3)文本位置调整:例如可以将右侧文本与外圈距离调大,点击开始绘图。
输入表格的行和列分别对应着cirocs图的左右两侧,参数框内,可以选择分别修改左右的配色进行调整。
例如将左侧配色调整为红色系,右侧配色调整到绿色系,然后点击开始绘图。
可以在左侧参数框内选择是否显示图例、上下左右移动图例、及修改图例标题。
如果由于文本过长等原因出现文本超出图片边界的情况,如下图,部分文本没能完全展示,例如下图。
可以修改图片边距(上下左右),将上下边距调大,将文本完全展示。
5.图片下载
图片调整完毕后,可以点击工具右上角下载图标,选择需要的图片格式,点击图片下载即可。
联川生物circos图工具还有另一块功能,即绘制基因组类型的circos图,一般应用于展示基因组不同位置上的突变情况,之后会重点介绍,敬请期待。