不研究肿瘤,就用不了TCGA的测序数据库,那要用啥……
要分析测序数据,一般都会想到的是TCGA
(当然GEO上也有部分的测序数据)。但TCGA上只有肿瘤的相关研究,我们如想要研究其他疾病,甚至研究其他物种的测序数据,
其实可以看点别的,比如上EMBL-EBI:
夜明 佐藤康夫 - 陰陽師
也就是欧洲生信研究所
,他们有一个基于测序的表达数据库:
差不多是这样,虽然数据不算特别多,
但也涵盖了多个物种.主要功能三种,第一个是分析基础表达,第二个是分析差异表达,第三个是基因的聚类分析。基础表达的话,只要输入个你想要分析的基因就行了
,比如P53:
这里不光有人的,甚至还有狒狒的,老鼠的,
等等其他动物的P53表达情况……
差异表达分析的话,
是对这个基因所在的研究进行分组分析,然后获得表达差异,分组时按照每个测序实验的自带分组进行的,都会在结果中显示出来。
当你看到有你感兴趣的研究后,就能直接点击进去
,看具体的研究数据了……
不光是简单地显示差异表达的基因,
还能进行不同分组的聚类分析……
看看能获得什么样的GO term
,或者Pathway等等:
另一种的基因的富集,
找出同时有差异表达的基因的测序实验的聚类:
比如搜了一堆拟南芥的基因
……就得到了一堆拟南芥测序数据:
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