古人认为：“春时有痟首疾，夏时有痒疥疾，秋时有虐寒疾，冬时有嗽上气疾”。四时各有流行的疾病，这些疾病和一年的阴阳五行变化直接相关。端午节是一年之中阳气最盛、火气最旺的特殊日子，因此是采撷草药与炼制阳性、火性的中草药最好的日子。
端午所采之药种类很多。其中草药常见的有兰、艾草和菖蒲等。古人认为兰草可以“杀蛊毒、避不详”，自古就有浴兰除秽的习俗，因此端午节又名“浴兰节”。艾草被称为“中医之草”，不仅在妇科疾病治疗中占重要地位，也广泛应用于针灸治疗。除了采草药，古人还在端午节捕蛇、蜥蜴和蟾蜍等。蟾蜍、蜈蚣、蛇、蝎、蜥蜴共属“五毒”，中医讲究“以毒攻毒”。在端午“阳之极”的日子里采集的五毒药材，被认为具有特殊的疗效。
端午节是季节交替之际，炎夏即将到来，此时药浴对防治疾病有更好的效果。药物选择多以清热凉血、祛风除湿等功效为主，可用苦参、蛇床子、生大黄、芒硝和黄柏等，这些中药无论对于小孩常见的痱子、皮肤瘙痒等，还是成人常见的湿疹、脚癣等效果都很好。
在此基础上，洗药浴还须根据自身体质额外加入适当药物辅佐。一般情况下，寒性体质的人，可加吴茱萸、肉桂和丁香等；温性体质的人，可加金银花、连翘等。
此外，中医还讲究在端午节制药、炼药，许多中药铺也常在这一天分发中药香囊。香囊常用具有芳香开窍功效的中草药，如芳香化浊驱瘟的苍术、白芷、菖蒲、麝香、苏合香、冰片、牛黄、川芎、香附和辛夷等，因此民间有“带个香草袋，不怕五虫害”之说。自制香囊的方法：中药苍术、藿香、吴茱萸、艾叶、肉桂、砂仁、白芷，各2克，另外再加1克丁香。将这几味中药研细，然后放在致密的布袋中缝合好。可以佩戴在胸前、腰际或肚脐处，也可以把香囊挂在门口、室内或车内。但要注意，并非人人适宜使用中药香囊。孕妇以及对花粉过敏的成人或孩子还是不佩戴为好。可以将菖蒲、艾条等插于门眉，有辟秽、消毒及驱灭蚊虫等功效，对净化居住环境有一定作用。
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