ggpubr添加的显著性标记不能使用ggplot主题修改

ggpubr可能对于我们做差异分析带来了方便，但是遗憾的是其对出图添加的显著性标示并不能通过R语言ggplot主题系统进行修改。

我们应该如何修改呢，参考： stack overflowde 方法进行解决。

第一种方法

第一种方法我们在作图之前在函数stat_compare_means中直接设置size或者font参数。

library(ggpubr)
data("ToothGrowth")
compare_means(len ~ dose, data = ToothGrowth)

# Visualize: Specify the comparisons I want
my_comparisons <- list( c("0.5", "1"), c("1", "2"), c("0.5", "2") )

# Plotting
ggboxplot(ToothGrowth, x = "dose", y = "len",
color = "dose", palette = "jco")+
stat_compare_means(comparisons = my_comparisons)+ # Add pairwise comparisons p-value
stat_compare_means(label.y = 50)


your_font_size <- 10

p <- ggboxplot(ToothGrowth, x = "dose", y = "len", color = "dose", palette = "jco") +
stat_compare_means(comparisons = my_comparisons) +
stat_compare_means(label.y = 50, size = your_font_size)

p$layers[[2]]$aes_params$textsize <- your_font_size
p

第二种方法

phyloseq包整合了ggpubr，所以我们我们只能在完成出图之后进行修改，这里就可以使用list的方式修改。这也是我们在phyloseq中修改图形使用的很多的方法。


library(gginnards)
# install.packages("gginnards")
which_layers(p, "GeomSignif")
## [1] 2
your_font_size <- 2
p$layers[[which_layers(p, "GeomSignif")]]$aes_params$textsize <- your_font_size
p

目前许多工具在整合，各种pipeline的出现必然将许多的分析和出图函数都封装起来，掌握使用list方式修改ggplot出图外观十分重要。