德州学院：EVLncRNA 2.0——经过实验验证的功能性长链非编码RNA的数据库
LncRNA在许多不同的生物学过程中起着重要的功能作用，但并非所有lncRNA都具有功能。因此有必要收集所有实验验证的功能性lncRNA（EVlncRNA）及其序列、结构和在中央数据库中标注的功能。来自德州学院生物物理研究院（山东省生物物理重点实验室）王吉华、周耀旗课题组的研究人员在Nucleic Acids Research杂志上发表文章，更新了EVLncRNA2.0数据库中的已验证的lncRNA信息，该数据库可从https://www.sdklab-biophysics-dzu.net/EVLncRNAs2/免费获得。
RNA编码的转录物（包括非编码RNA）比蛋白质多一个数量级，这为我们对基因组调控的理解提供了范式转变。特别是长链非编码RNA（lncRNA），已成为每个生物过程的关键参与者，并与许多人类疾病相关，包括癌症、心血管疾病和神经退行性疾病。LncRNA可以调节顺式基因表达并反式发挥功能。越来越多的研究表明，lncRNA通过调节靶基因的表达发挥功能，而遗传变异（例如单核苷酸多态性SNP）可能会影响lncRNA的表达。这些lncRNA分子也许是在分子水平上完成对生物体理解的最后一个难题。随着高通量技术的普及和发展，根据高通量数据（HTLncRNA）预测的lncRNA数量呈指数增长，可参考NONCODE数据库中的历史数据。相比之下，通过低通量实验技术验证的功能性lncRNA（EVLncRNA）数量直到2016年之后才出现增加。HTlncRNA数量与EVlncRNA数量之间的巨大差异需要一个独立而又全面的数据库，用于收集EVlncRNA的序列、结构和功能以及相关的表型，这与UniProt数据库对蛋白质所做数据库的相似。EVlncRNAs数据库是第一个接受这种挑战的数据库。
自发布以来，EVlncRNAs数据库仍然是经过实验验证的功能性lncRNA的唯一综合数据库。随着人们对lncRNA的兴趣日益增长，相关研究和出版物的数量呈指数增长，尤其是在这些年（从1990年到2020年8月），不断发现了新颖的功能和机制。例如，LINC-PINT是编码肽的环状lncRNA，可抑制胶质母细胞瘤中的致癌转录延伸。尿液中外泌体lncRNA MALAT1、PCAT-1和SPRY4-IT1的表达特征可以作为诊断和预测膀胱癌复发的非侵入性生物标志物。
在这篇文章里，研究人员报告了EVLncRNA 2.0版的重大更新，方法是从过去四年（2016年5月1日至2020年5月15日）的19245篇文章中手动提取信息。新版本现在包含40种EVlncRNA，共有124种，比以前的版本增加了一倍以上。具体来说，带注释的EVlncRNA的数量、相关疾病、lncRNA-疾病关联和相互作用记录分别比之前增加了260％、320％、484％和537％。此外，数据库增加了几个新类别：8个lncRNA结构，33个外泌体lncRNA，188个环状RNA和1079个耐药、耐化疗和抗应激lncRNA。此版本还带有高度交互的视觉交互网络，可帮助用户跟踪lncRNA、miRNA、蛋白质、基因和其他功能元件之间的潜在关系。此外，它提供了四个新的生物信息学工具的链接，这些工具具有改进的数据浏览和搜索功能。EVLncRNAs 2.0数据库可从https://www.sdklab-biophysics-dzu.net/EVLncRNAs2/免费获得。
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