batchType报错

Error in ComBat(dat = exp, batch = batchType, mod = model, par.prior = TRUE) :

At least one covariate is confounded with batch! Please remove confounded covariates and rerun ComBat

解答：batchType=c(rep(1,6),rep(2,10)) modType=c(rep("normal",3),rep("tumor",3),rep("normal",5),rep("tumor",5)) 原因出在这里，batchType是让你标注哪些样本属于第一个数据集，哪些属于第二个，而且normal和tumor要放在一起且分开写 比如你c(rep("normal",3),rep("tumor",3),rep("normal",5),rep("tumor",5))从这里看出你数据没放在一起，首先你把数据集重新排序normal放一块，tumor放一块，也就是前面8个样本都是normal，后面八个都是tumor 然后定义batchType=c(rep(1,3),rep(2,5),rep(1,3),rep(2,5)) 意思就是前面8个tumor其中三个属于数据集1，另外5个属于数据集2，normal也是这个意思 然后定义modType=c(rep("tumor",3),rep("tumor",5),rep("normal",3),rep("normal",5))就行了 总结为先把样本按类型放在一起，然后重新定义modType和batchType