裸藻与水产养殖的关系
裸藻又称眼虫藻，主要生长在淡水环境中，水坑、渠道、池塘、溪流、湖泊和河流，动物污染或者腐烂有机质水域特别适合裸藻生存。海水裸藻比预想的普遍，双鞭藻和克雷伯氏藻完全存在于海域或者半咸水。与金藻、甲藻、隐藻、绿藻中有鞭毛的种类一起叫鞭毛藻。鞭毛藻即属于植物类，也属于原生动物类。因为它有色素，能进行光合作用，同时又有鞭毛能运动具有原生动物的特征。
裸藻的形态与体制
形态多样，单细胞，有鞭毛可以运动，个别种类形成暂时群体。
裸藻的细胞结构
裸藻的细胞壁裸露，无细胞壁，只有细胞膜，所以形态容易改变。细胞质内的色素体以叶绿素和胡萝卜素为主，呈草绿色，因而裸藻门的藻类在水中呈绿色，与绿藻门种类的颜色相近，所以单从水色中判断是哪种藻类是不够准确，也不够科学的。但水色与藻类有直接的关系。同化产物是副淀粉，副淀粉的形态、分布位置及多少是判断裸藻分类的依据。裸藻门的藻类都有鞭毛，一条鞭毛顶生，极少数种类有两条鞭毛，也有无鞭毛的情况。裸藻具有1个细胞核。
裸藻常见的种类
裸藻门是裸藻纲，裸藻目，主要有袋鞭藻科、双鞭藻科、裸藻科、杆胞藻科。
袋鞭藻科（属）：细胞活跃变形，在游动时形态稳定，表面有线纹，螺旋状，少数成纵向，副淀粉粒小，多数不定。鞭毛2条，伸缩泡1个或多个，无色素体，以动物的吞食营养为主。分布在有机质多的水体。在显微镜下观察袋鞭藻的形态像囊袋状，里面有细胞内的物质，表面上有线纹。
双鞭藻科（属）：细胞变形，常为纺锤形或棍棒形，表质具有螺旋形线纹，色素体圆盘形，多数无蛋白核或色素体众多。鞭毛2条，几乎等长。具有眼点，主要分布在海水和半咸水，淡水中也有分布。
裸藻科（属）：具有1条鞭毛，能运动，单细胞。细胞形状以纺缍形为主，少数圆形或圆柱形，后端多少延伸成尾状。色素体1个至多个，盘状、片状、带状或星状，多数呈绿色，少数因具裸藻红素而呈红色，还有的呈无色。本属是裸藻门中种类最多，最常见的属。在有机质丰富的静水水体中，大量生殖，形成膜状水华，使水体呈现绿色或红褐色。
绿裸藻：顶生鞭毛1~4倍体长，色素体1个，呈放射状，中央蛋白核，1个细胞核，后端有1个眼点，前端副淀粉常聚集在蛋白核周围，是自然水体最常见的种类，在显微镜下观察时形态不同。在鉴别绿裸藻时主要根据细胞核内的物质和顶生的鞭毛，标本鞭毛不能看到是因为鞭毛运动收缩到体内。
尖尾裸藻：主要特征是副淀粉2个环状，大型，色素体小盘形，多数无蛋白核，鞭毛短约为体长的四分之一至二分之一。
梭裸藻：两头尖，棒状副淀粉，色素体盘状，是自然水体中常见的种类。
血红裸藻：细胞容易变形，常为圆柱形或者纺锤形，前端略斜，后端渐尖，表质有螺旋状的纹，色素体星行，多个，呈红色。在自然水体中常见，对养殖品种有害。
囊裸藻（壳裸藻）属：单个细胞活动，具囊壳表面光滑或有点、瘤、刺等装饰物，常因含铁而成褐色。壳前有一孔，鞭毛由此伸出。基部有眼点，色素体盘状多数，在大量爆发时水体呈深褐色。
扁裸藻属：身体扁，横切面亦扁1~2个环状副淀粉，表面上有纵行或螺旋形排列的花纹或点纹，色素体盘状多数，是自然水体中常见的种类。
柄裸藻属：细胞前端有1个胶质柄，单细胞或连成树状群体，可脱离宿主成为游动个体。体形稳定，卵圆形、纺锤形或椭圆形，体外有水样胶质的包被；色素体圆盘形；同化产物为副淀粉。
鳞孔藻属：鞭毛1条，体形稳定，呈球形、卵形、椭圆形或纺锤形，后端具有尾刺，色素体绿色，圆盘形，无蛋白核；同化产物为副淀粉，多数呈两个大形环状体，相对地位于细胞两侧。该属约100种，我国约50种。分布较广，为湖泊及小型静水水体中常见的浮游藻类。大量繁殖时，可使水呈绿色。本属常见种类有卵形鳞孔藻、椭圆鳞孔藻、纺锤鳞孔藻和编织鳞孔藻。
变胞藻属（素裸藻属）：细胞形态易变，常为纺缍形或圆柱形，表质具有线纹。具有1条鞭毛。营腐生性营养。
裸藻的生态分布
适污染环境，有机质丰富的小水体，大型水体是不会大量发生裸藻的现象；广温型，但喜强光及较高温度20~35℃，pH值为6.5~8.5。这种藻类的温度与蓝藻和绿藻比较相近，在自然水体中看到绿色就需要判断是绿藻还是裸藻，但是绿藻大量繁殖起来，量比较适合时，水质呈溶液状，而裸藻通常呈膜状；全为淡水产，海水少，裸藻特别容易倒藻，不好处理；在鱼虾安全浓度内，很难杀灭裸藻，裸藻属于鞭毛藻类，活动速度较快，用药物杀灭时，会迅速逃离高浓度药物区域，在药物浓度低的池塘中部和底部避难，等药性消失后，又可重新大量增殖，这也是药效不明显的原因。
裸藻与水产养殖的关系
裸藻容易倒藻，不好处理，是水产养殖过程中重点防控的种类。防控首先要清塘，彻底杀有害生物和青苔；其次清塘后要重点定向培养有益藻。
治理方法主要有物理方法、生物方法、化学方法和综合方法。物理方法可以将水循环起来或换30%的水，中午增氧机；藻类的繁殖需要光照，可以降低光照强度，抑制藻类的生长，可以采用草木灰和腐植酸钠；改变盐度，裸藻多数在淡水中，增加盐度可以控制藻类，一亩8~10斤盐；生物方法主要是藻类（有益藻类）+微生物（复合菌）；化学方法主要是局部杀藻+解毒+增氧+培藻+施肥+微生物分解；综合方法是指可以采用两种方法综合进行处理。
上面的水色图都是裸藻水，在显微镜下能观察到裸藻。对于出现裸藻的水体，通常根据裸藻量的大小采取以下三个步骤：
一期表现：水色变化不大，只是在下风处有绿色或褐色藻沫，是少量裸藻死亡的结果，水质指标无变化，基本正常，鱼虾摄食、生长正常。处置方法：补充有益藻类，调整藻类比例，补施有利于绿藻生长的生物肥剂，加大增氧机开机时间，密切监测藻类的生长状态。也就是用定向培养有益藻控制有害藻。
二期表现：水色变化不大，只是颜色发暗，下风处藻沫很多，氨氮、亚硝态氮略有升高，水质混浊，悬浮有机质多，镜观裸藻活力差，有死体，鱼虾摄食差，但大部分能抢食，部分呈浮头状，散布于全池，无围增氧机现象。处置方法：停止投喂，投放增氧剂，使用解毒药解毒，待鱼虾好转投一次消毒剂，控制细菌数量，三天后可重新调整生态系统。
三期表现：水色变化很大，由蓝绿色或红褐色变为灰绿色或灰褐色，下风处藻沫很多，面积很大，腥臭味很浓，悬浮的有机质多，水质混浊似稀粥状，鱼虾基本不摄食，多在水面，呈浮头状，死亡增多。处置方法：到了三期已经处于晚期阶段，无法进行用药，最好的办法是过塘、拉网、卖鱼。
对于经常起水华、老化、过肥的池塘，在消毒时建议使用氯制剂，而不要使用碘制剂。因为水肥的池塘使用碘制剂消毒效果不好。用药后有条件的进行换水，没有条件的注意增氧，保证溶解氧充足。隔4~5天后使用芽孢杆菌调水一次，对于老化、淤泥多的池塘隔15~20天再进行二次调水，让有益菌尽快生长起来，占据种群优势，抑制裸藻的生长，同时定向培养有益藻，使有益藻大量繁殖。在前期发现裸藻及时进行处理是能控制住的，当大量繁殖起来，整个池面铺满裸藻，就不利于处理，应采取用药物处理。因此倡导大量定向培养有益藻，控制有害藻，如果没有定向培养在发生裸藻时要在初期进行控制，不要等到中后期再进行控制。