如何实现lncRNA靶基因预测?

上次我们介绍了如何实现mIRNA的靶基因预测,今天给大家看一下,如何实现lncRNA靶基因预测?


一、lncRNA是什么?

长链非编码RNA(Long non-coding RNA, lncRNA)是长度大于 200 个核苷酸的非编码 RNA。 研究表明, lncRNA 在剂量补偿效应(Dosage compensationeffect)、表观遗传调控、细胞周期调控和细胞分化调控等众多生命活动中发挥重要作用,成为遗传学研究热点。

二、实现lncRNA靶基因预测网站有哪些?

一、starBase (http://starbase.sysu.edu.cn/index.php)

二、MEM(https://biit.cs.ut.ee/mem/)

......

三、功能分析

希望本文能对大家有所帮助。

(0)

相关推荐

  • 经典的miRNA靶标预测数据库

    "胡,starbase是干嘛的?" "不就是预测miRNA与mRNA结合的数据库嘛." "还有呢?" "......" ...

  • Starbase:研究RNA,有人不知道它吗

    Starbase数据库于2011年上线,目前更新到3.0版本,开发者是中山大学RNA信息中心的屈良鹄研究团队.Starbase是做lncRNA/circRNA/microRNA等研究常用的强大数据库, ...

  • LNCipedia:人类lncRNA数据库

    非编码RNA,根据其长度的不同可分为长链非编码RNA和短链非编码RNA.长链非编码并不编码蛋白,而是以RNA的形式在多种层面上(表观遗传调控.转录调控以及转录后调控等)调控基因的表达水平.研究表明,l ...

  • miRNA与mRNA、miRNA与mRNA、LncRNA与蛋白RNP相关结合预测分析

    本篇我们将介绍miRNA与mRNA结合预测.LncRNA与miRNA结合预测.LncRNA与蛋白RNP结合预测相关内容 一.miRNA与mRNA结合预测 miRNA是非编码调控小分子,通过抑制基因表达 ...

  • tRFs靶基因预测数据库

    在前几天的介绍当中,我们通过一篇综述了解到了tRNA的功能.其中在那篇综述当中提到了四个和tRNA有关的数据库.但是综述当中介绍的数据库基本上都是用于查询tRFs的基本信息或者查看tRFs在肿瘤当中的 ...

  • miRNA靶基因预测数据库

    好啦,小伙伴们,上次咱们刚介绍过神器starbase,那么今天咱们再来学习一下另一款神器:miRWalk(http://mirwalk.umm.uni-heidelberg.de/).在咱们预测的时候 ...

  • 综合性miRNA靶基因预测数据库

    写在前面 对于miRNA靶基因的预测而言,目前有很多数据库都可以做.这些数据库的区别基本上在于纳入的数据量以及预测的算法不同.预测的结果总是有一些不同的,所以也就导致各个数据库的结果可能不是很一样.我 ...

  • 如何实现miRNA靶基因预测?

    如何实现miRNA靶基因预测?

  • gutMGene | 肠道微生物/微生物代谢物靶基因预测数据库

    肠道菌群在最近的几年也开始成为了我们的研究热点.之前我们也介绍过一个关于肠道肠道菌群的数据库:[[gutMEGA-肠道微生物组学数据库]].在这个数据库当中,我们可以查看某一个菌群在哪些疾病当中存在差 ...

  • 使用miRNAtap数据源提取miRNA的预测靶基因结果

    今天我们比较一下另外的一个miRNAtap包,与multiMiR的结果的一致性,以及两个数据库的差异!首先安装miRNAtap包,代码如下: options(BioC_mirror="htt ...

  • 如何根据转录因子预测靶基因?

    我们以前写过如何寻找基因的启动子和预测转录因子:(工具篇):如何查找基因的启动子及预测转录因子?,今天我们反过来做一个事情:根据转录因子来预测靶基因. 其实我们知道很多转录因子的结合序列是相对保守的, ...

  • 如何预测转录因子靶基因!

    做完转录组分析完之后,一般会找到一些差异表达的基因.差异表达基因中如果有转录因子的话,可以研究一下转录因子调控哪些基因的表达.要预测转录因子调控的靶基因,需要两个步骤: 1. 首先需要知道转录因子的结 ...

  • 在线基因预测工具介绍-genewise

    基因组项目中基因预测是最重要的一个部分,目前常用的策略有三种,分别为从头预测,基于转录本预测,基于同源蛋白预测. 对于基于同源蛋白预测,最常用的软件是genewise软件.软件的特点是精度较高,但是运 ...