突变对表达影响预测数据库

某一个基因的突变不一定影响自己基因的表达，这个基因的突变有可能会影响这个基因的功能进而影响其他基因的表达。所以我们在进行多组学分析的时候，对于基因的突变也可以看一下是否影响其他基因的。

对于利用TCGA数据库分析突变和基因表达之间的关系的数据库。目前之前介绍的类似于GEPIA是实现不了的。同时Cbio一般也是看自己基因和自己基因突变的的关系的。所以今天就介绍一个可以用来分析基因突变和基因表达关系的数据库：muTarget(http://www.mutarget.com/)

数据库运算背景

数据库提供了两种输入选项，输入想要查看的的基因突变或者输入那个想要查看的基因的表达。同时选择目标癌种(TCGA数据库)。

同时对于基因突变的定义，数据库把基因的突变按照基因的位置分成了四种：所有突变分析、蛋白编码突变、非编码突变以及破坏性突变。对于每一个组里面的具体突变类型(错义，同义，移码等)，这个数据库则是没有进行详细分组的。

如果输入的是突变，则基于输入的基因的突变类型分成有突变和没有突变，然后对其他基因进行Mann-Whitney非参检验。进而来确定哪些基因到突变的影响。

如果输入的是表达，那则把这个基因的表达和所有基因突变来进行分析。统计方法和上面的一样。

数据库操作

整个数据库的操作就比较简单了，我们需要做的就是基于数据库提供的界面，一步一步的选择即可。例如我们想要看TP53的突变在乳腺癌当中对哪些基因表达产生影响。这个时候就可以在Genotype模块里面输入TP53。然后点击START ANALYSIS即可。

在选择完之后，即可和突变相关的所有基因的表格和前几的图形的结果。这些结果都是可以下载下来的。

数据库使用场景

以上就是这个数据库的主要使用的功能。如果想要分析突变对于那些基因的表达有影响的话，可以通过这个数据库来进行分析的。但是有一些不足的地方在于对于基因的突变的具体类型没有进行细分。如果想要知道具体突变对于基因表达的影响的话，这个可能就得自己分析了。如果想要具体分析的话，可以参考使用UCSC XENA来下载具体的数据，然后进行分析。