预缴土地增值税是否允许税前扣除
预缴土地增值税税前扣除方面，根据国税发[2009]31号文第十二条规定，企业发生的期间费用、已销开发产品计税成本、营业税金及附加、土地增值税准予当期按规定扣除。根据上述规定，房地产开发企业在项目清算前，按转让房地产取得的收入预缴的土地增值税，属于房地产企业发生的税金。预缴的土地增值税可在预缴年度税前扣除。
根据 国家税务总局公告2010年第29号等文规定，企业按规定对开发项目进行土地增值税清算后，当年企业所得税汇算清缴出现亏损且有其他后续开发项目的，该亏损应按照税法规定向以后年度结转，用以后年度所得弥补。后续开发项目，是指正在开发以及中标的项目。企业按规定对开发项目进行土地增值税清算后，当年企业所得税汇算清缴出现亏损，且没有后续开发项目的，计算出该项目由于土地增值税原因导致的项目开发各年度多缴企业所得税税款，并申请退税。
土地增值税清算后计算企业所得税退税，应当以该项目缴纳的土地增值税总额，应按照该项目开发各年度实现的项目销售收入占整个项目销售收入总额的比例，在项目开发各年度进行分摊，具体按以下公式计算：各年度应分摊的土地增值税=土地增值税总额×（项目年度销售收入÷整个项目销售收入总额）。所称销售收入包括视同销售房地产的收入，但不包括企业销售的增值额未超过扣除项目金额20%的普通标准住宅的销售收入。该项目开发各年度应分摊的土地增值税减去该年度已经在企业所得税税前扣除的土地增值税后，余额属于当年应补充扣除的土地增值税；企业应调整当年度的应纳税所得额，并按规定计算当年度应退的企业所得税税款；当年度已缴纳的企业所得税税款不足退税的，应作为亏损向以后年度结转，并调整以后年度的应纳税所得额。土地增值税分摊调整后，导致相应年度应纳税所得额出现正数的，应按规定计算缴纳企业所得税。企业计算的累计退税额，不得超过其在该项目开发各年度累计实际缴纳的企业所得税；超过部分作为项目清算年度产生的亏损，向以后年度结转。
举例：某房地产开发企业2014年1月开始开发某房地产项目，2016年10月项目全部竣工并销售完毕，12月进行土地增值税清算，整个项目共缴纳土地增值税1100万元，其中2014年—2016年预缴土地增值税分别为240万元、300万元、60万元；2016年清算后补缴土地增值税500万元。2014年—2016年实现的项目销售收入总计30000万元，各年度分别为12000万元、15000、3000万元，缴纳的企业所得税分别为45万元、310万元、0万元。该企业2016年度汇算清缴出现亏损，应纳税所得额为-400万元。企业没有后续开发项目，拟申请退税。具体计算如下：
首先，计算年度应分摊土地增值税:
2014年应分摊土地增值税 ：1100*（12000/30000）=440万元
2015年应分摊土地增值税：1100*（15000/30000）=550万元
2016年应分摊土地增值税：
1100*（3000/30000）=110万元
其次分年计算应退企业所得税：
2014年应调整的应纳税所得额：240-440=-200（万元）应退企业所得税200 × 25% = 50（万元）， 2014年仅交纳企业所得税45万元，小于50万元，只能申请退税45万元。剩余的5万元所得税对应的所得额20万元作为亏损向以后年度结转。
2015年应调整的应纳税所得额：300-550=-250（万元），加上2014年转来的亏损20万元，2015年应调减的应纳税所得额共为：250 20=270（万元），应退所得税额=270×25%=67.5（万元），2015年缴纳企业所得税310万元，大于67.5万元，67.5万元可全额申请退税。
2016年应调整的应纳税所得额60 500-110=450万元，调整前，2016年度亏损400万元，调整后，2016年度应纳税所得额为：-400 450=50万元，应补缴企业所得税：50*25%=12.5万元。
该企业应申请退税合计：45 67.5 - 12.5 = 100万元
来源：中汇武汉税务师事务所十堰所
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