综合性基因组CRISPR筛选数据库

前段时间我们在对 [[CCLE-肿瘤细胞系百科全书 v2.0-数据下载]] 新的使用方式进行了系统的讲解。其中提到了 [[DepMap Portal-肿瘤细胞系综合分析数据库]] 这个工具。在这个工具里面，除了可以分析每个基因在各个肿瘤细胞系基本情况。同时 DepMap 这个组织还对每个细胞系进行了基因组的 CRISPR 筛选。来发现每个基因系当中的关键基因。

但是以上的这些 基因组 CRISPR 筛选的数据只是对基因的细胞系进行检测获得的，随着研究的增多也出现了很多基于不同实验目的的基因组 CRISPR 数据。数据很多了相对应了也就有汇总这些数据的的数据库了。所以今天就给大家介绍一个综合性 CRISPR 查询的数据库：BioGRID ORCS: https://orcs.thebiogrid.org/

基因组CRISPR

关于基因组的 CRISPR 的基本原理：可以查看这个视频：CRISPR screening - Explain Everything Drive: https://drive.explaineverything.com/thecode/WBLAHKC 。在这个视频当中，作者对这个整个 CRISPR 筛选流程进行了详细的介绍。十分的通俗易懂。强烈推荐。

背景数据集

在最新的 BioGRID ORCS 当中，作者收录了四个物种的 215 篇文章当中的基因组 CRISPR 筛选的数据。经过对这 215 文献的数据分析汇总。最终得到了这个 BioGRID ORCS 这个数据库

数据库使用

数据库的使用的话，就直接在检索窗口输入我们想要检索的内容即可。这里可以输入基本，药物等等。

例如我们想要检索 TP53 有关的基因组 CRISPR数据。

结果主要是通过表格的形式呈现的。在表格当中，显示了具体的研究者，使用的细胞系，主要的研究内容以及目标基因在具体研究当中的排序。

另外如果不清楚这个基因具体的影响的话，可以在后面的✨ 看到具体的影响。

总的来说

以上就是这个数据库的基本用法了。关于基因组 CRISPR 而言，可以高通量的方式了解哪些基因是某一个表型(比如细胞增值)的重要基因。另外，对于 BioGRID ORCS 而言，数据库也提供了数据下载的功能。我们也可以下载相关的数据来进行 DIY。

最后，关于 BioGRID，这个是一个用来预测蛋白相互作用的数据库。所以和BioGRID ORCS属于机构的。有兴趣的可以了解一下这个:[[BioGRID-单个蛋白质相互作用的数据库]]