Science发表长穗偃麦草基因组
昨天Science上发表了山东农大孔令让团队的最近科研进展,我们有幸邀请到文章的第一作者兼共同通讯作者王宏伟老师给我们带来一作解读“《Science》一作解读∣Fhb7基因水平转移塑造小麦赤霉病抗性”。该成果受到了广泛的赞誉,贾继增研究员对该成果给与了高度评价。
Science昨天也发表了一篇评论
今天我们主要关注这篇文章中的长穗偃麦草基因组部分的结果。
为了组装出一个高质量的基因组,这里采用了多种类型的数据(下图),加起来达到236倍的覆盖度。
除了上表列出的数据之外,还包括Bionano和Hi-C数据,最终获得了一个质量很好的基因组,相关的统计相关信息如下表所示。
One more thing,
在孔老师的支持下,小麦多组学网站同步在线了该基因组资源,欢迎大家使用。该基因组在本网站的名称是Thinopyrum elongatum genome(D-3458)。
1、在线blast
(http://202.194.139.32/blast/viroblast.php),支持基因组,基因以及蛋白。
2、在线调取序列(http://202.194.139.32/getfasta/),支持基因组、基因和蛋白。
3、JBrowse(http://202.194.139.32/jbrowse-1.12.3-release/?data=Thinopyrum_elongatum)
参考文献
Wang H, Sun S, Ge W, Zhao L, Hou B, Wang K, Lyu Z, Chen L, Xu S, Guo J, Li M, Su P, Li X, Wang G, Bo C, Fang X, Zhuang W, Cheng X, Wu J, Dong L, Chen W, Li W, Xiao G, Zhao J, Hao Y, Xu Y, Gao Y, Liu W, Liu Y, Yin H, Li J, Li X, Zhao Y, Wang X, Ni F, Ma X, Li A, Xu SS, Bai G, Nevo E, Gao C, Ohm H, Kong L (2020) Horizontal Gene Transfer of Fhb7 from Fungus Underlies Fusarium Head Blight Resistance in Wheat. Science:eaba5435 doi: 10.1126/science.aba5435