茶的第一代单倍型图谱 (HapMap-1)

茶是一种异花授粉的多年生木本植物，这就是为什么传统育种的应用因其遗传改良而受到限制的原因。然而，全基因组高密度 SNP 标记和全基因组单倍型信息的缺乏极大地阻碍了茶叶遗传资源在快速茶叶育种计划中的利用。为了应对这一挑战，作者生成了第一代茶单倍型图谱 (Tea HapMap-1)。茶树的异交和高度杂合性质，使它们在 DNA 水平变异中变得更加复杂。

在本研究中，使用 369 个茶基因型的全基因组重测序数据生成 2,334,564 个双等位基因 SNP 和 1,447,985 个 InDels。产生了大约 2928.04 百万个双端读数，平均映射深度为 ~0.31X。本研究中确定的多态位点将有助于绘制负责茶叶重要特征的基因组区域。这些资源为未来的研究奠定了基础，以了解茶种质中的遗传多样性并利用决定茶叶品质的基因。这将进一步促进对茶基因组进化和茶代谢途径的理解，从而为茶品种育种提供有效的种质利用。