原创干货 | 如何测量植物根部形态-Smartroot插件介绍

在植物学研究中，暗环境的根部生长在形态学，遗传学，生理学研究中都有着重要作用。今天我们介绍一下如何利用图像处理插件进行根部形态学分析。SmartRoot是一个半自动化的图像分析软件，它简化了复杂根系的根系生长和结构的量化。该软件将根系对象的矢量表示与强大的跟踪算法相结合，可适应各种图像来源和质量。该软件支持对根系图像进行基于采样的分析，用户可根据具体的研究要求选择有限的根进行详细的信息采集。SmartRoot是一个独立于操作系统的免费软件，基于ImageJ，采用跨平台标准（XML、SQL、Java）与数据分析软件进行通信。要求电脑Java 1.5或以上，ImageJ 1.44或更高，至少1024M的内存SmartRoot功能特点可测参数根长根部直径根部插入角横向密度各支间距离增长根部方向操作系统windows,  mac, linux是否需要注册免费自动程度半自动植物材料要求幼苗或成熟植株导出格式sql, csv具体操作方法如下首先电脑需要安装imageJ和SmartRoot插件https://smartroot.github.io/SmartRoot-Installation/。接下来，按照实验要求在平面培养基上培养幼苗根部。例：

（来自https://bio-protocol.org/e1460）之后，使用扫描仪扫描平板，并转换成黑白图片。如下图。

黑白图片

之后打开imageJ，在Plugin中找到SmartRoot-SR explorer。

打开想要分析的图片。此时回到主界面发现多了四个选项，分别是主根，侧根，标记，添加标定点选项

选择第一个工具可以开始手动选择你的主根，也可以按住Alt让软件自动选择。注意，图片要放大足够倍数才能选择上并且给跟进行命名。

在主根上右键，Find laterals功能可以帮你找到其他侧根。

得到结果需要手动进行修改。之后回到SR explorer界面，可以找到你所命名的根及其数据。

数据可以根据需要进行导出不同格式。

参考文献1.Guillaume Lobet,Loïc Pagès and Xavier Draye. A Novel Image Analysis Toolbox EnablingQuantitative Analysis of Root System Architecture. 2011 Plant Physiology, Vol.157相关系列第四期请戳：分子钟校正进化树发方法简述相关系列第三期请戳：进化树美化网站：iTOL相关系列第二期请戳：MegaX进化树构建与分析方法介绍相关系列第一期请戳：贝叶斯统计法构建进化树步骤详解免费领取方法关注《微科享》公众号，然后将此微文分享到2个微信群（限50人以上生物或医学相关群，群里有人转发此微文后请不要重复转发，以免造成信息冗余），朋友圈可代替一个微信群（请不要设置分组可见），然后将分享截图发给微科享助理，微科享助理会在十二小时之内将此资源的链接发送给您。已经是微科享助理微信好友的朋友就直接把截图发给助理之一，注意！！只添加一个微科享助理即可，请不要重复添加多个助理；还不是微科享助理好友的就把截图发给微生态老师27（微信二维码见下图）。微生态老师27