生信软件安装神器 Mamba [conda加速器~]

导言

来自师妹的投稿，几年前，生物信息数据分析，一个最大的问题即生物信息学软件安装。但现在绝大多数安装问题都可以通过使用conda，一键解决。如果要挑 conda 的毛病，那么就是速度不够快。于是就有了 Mamba。

以下内容，即简单介绍 mamba 的安装及使用。-- CJ

简介

Mamba是在c++中对conda的重新实现,可以认为是更高级的conda。有以下特点
使用多线程并行下载数据和package，实现更高效的安装
libsolv能够更快地解决依赖关系，这是一个最先进的库，用于Red Hat、Fedora和OpenSUSE的RPM包管理器中
mamba的核心部分是用c++实现的，以获得最大的效率
当我们使用conda进行安装时，如果速度太慢，可以改用mamba进行安装

安装方式

1.用conda安装mamba

conda install mamba -n base -c conda-forge

2.用mamba安装需要的package（如安装funannotate），方法与conda一致

mamba create -n funannotate funannotate

额外的功能

1.mamba可以查看所安装的package需要依赖哪些库
如查看安装busco需要什么库

mamba repoquery depends busco

2.mamba可以查看所安装的packag的版本
如查看可以安装的busco版本

mamba repoquery search busco